讲中，胡适颇动感情地道出了压抑在内心四年的一段话：“在民国三十八年，我感到抬不起头，说不出话。我曾对家人说：'不要以为胡适之在吃自己的饭。'我们家乡有句俗话：'留得青山在，不怕没柴烧！'以我几十年的经验，我感到青山就是国家。国家倒霉的时候，等于青山不在，青山不在的时候，就是吃自己的饭，说自己的话，都不是容易的事情。我在国外这几年，正是国家倒霉的时候，我充满了悲痛的心情，更体验到青山真是我们的国家。”又说：“这次出去我很苦痛，由于许多老朋友的失败心理，使我感到难于说话。所以在民国三十八年七月十六日，我通知中国驻美大使馆，取消一切约会，不接见任何政府或国会的领袖。因为大家成见太深，使我处处碰壁，也因为局势太大，不是私人间的谈话所能转移的。在这个时候，只有替国家保留一些尊严，替国家保留一些人格，所以我取消一切约会。就是自己作文章，说几句话，也是人家请我作，请我说话，才作才说的。因此，三年以来，我只是给国家留了一些体面，其他毫无贡献。即使局势有些好转，也是毛泽东发疯自己造成逼上梁山的局面，我没有功劳。”
正是缘于发自内心的切肤之痛，胡适萌生了回归台湾之意，并开始在美国与台湾之间飞来飞去。但每次回台湾，除了往访朋友，主要事宜便是到中研院史语所读书和借书，继续做他的学术研究，其间基本上靠自己的稿费和江冬秀打牌赢来的钱生活度日。1955年到1956年间，胡适曾两次给赵元任的信中提到：他不想向国外研究汉学的洋大人们“讨饭吃或抢饭吃”，一则因为这些洋学者在政治上往往是“前进”分子，与胡氏气味不合；再则这些洋学者多少有些“怕”像胡适这一类的中国学者。此时的胡适早已没有了当年作为中华民国驻美国特命全权大使的风光，只能以一个末流国家和一个战败党臣子的身份，在图书馆与菜市场等几个地方四处“看看”了。因江冬秀不懂英语，胡适不得不亲自料理日常生活，与其相识的人，经常看到胡氏抱个黄纸口袋到市场买菜买米，凄惶如一条丧家之犬，其内心愁闷的情绪一览无余。
令胡适心中略感慰藉的是，随着朝鲜战争爆发与美国的介入，台湾的安全问题得到了保证，社会秩序和人心逐渐稳定下来，“中央研究院”也陆续从杨梅镇搬到台北市南港区。中研院总办事处和下属史语所、数学所两个大所办公大楼以及研究人员及家属的宿舍相继在同一院落内建成，工作人员也分期、分批迁往南港开始有板有眼地工作和生活起来。整个台湾学术界显出了蓬勃向上的生机，学术前景也逐渐明朗起来了。流落到孤岛的书生们感到各个方面都发生了大的、好的变化，总体是向着进步的方向走去。据石璋如说，这个时候“院方也打算在台湾立足生根，不再回大陆，研究人员在南港配有眷舍，生活渐趋安定”。
鉴于这样的情形，胡适回归台湾的意识更加强烈，他写信请李济设法为其在傅斯年图书馆附近找一小块地方，（按：傅斯年去世后，史语所在办公楼旁专门修建了一座以傅斯年名字命名的图书馆。）由自己出资买下，盖几间小房以此安心读书写作。胡适首次回台北居住时曾有一个宏愿：想过两三年安静生活，将他的《中国思想史》和《白话文学史》写完。因此前胡适总在学政两界来回奔波，难以顾及著述，其作品往往只有上部而没有下部，曾被他在北大的老对头黄侃夫子称其为“太监”。胡适为了雪耻，也为了了却蛰伏在心中日久的学术心愿，决定借此空隙，埋头撰写“二史”，但直至临终，这一计划并未完成，成为胡适本人与中国文化史上的一件憾事。
1958年，胡适在“国民大会”中间与蒋介石休息闲谈
李济接到胡适这封轻描淡写的书信，却感到事关重大，并非自己能瞒着台湾当局就可擅自作主的，遂将此事向朱家骅作了汇报。朱家骅由大陆来台后，由于派系倾轧，加之与大权在握、日见走红的陈诚不和，渐渐失去了蒋介石的信任，原来担负的“行政院副院长”等要职皆被革掉，只被正式任命为“中央研究院院长”。而此时所谓的“中央研究院”只有迁到台湾的原史语所与数学所一部分，基本属于一个有名无实的空架子，如同一只被拔掉毛的老母鸡，徒有其形。为摆脱这一困局，朱家骅费尽心力，上下周旋，招兵买马，扩院建所，如从史语所中分出考古研究所、民族研究所、近代史研究所，迁台的数学所加以扩编，并着手组建物理所、化学所、植物所等等，企图恢复战时的规模和盛况。正在这个时期，接到了胡氏要买地盖房的消息，他同样不敢隐瞒和擅自作主，便直接向蒋介石作了禀报。蒋闻讯，当场表示在中研院旁边拨一块地为胡适建房，所需费用由自己的稿费中开销，以示对胡的照顾与敬重。这一下，搞得朱家骅和李济都有些尴尬，但又不能推辞。在美国的胡适闻知后更是惶恐不安，认为自己受主公之重托出来“看看”，结果什么也没“看到”，无尺寸之功却要接受厚禄，实感愧疚，乃明确表示不能接受如此盛情厚意，仍要自己出钱购置。就在双方为几间小房子你来我往商讨之时，一件意想不到的祸事发生了。
胡适的流亡生活（3）
据石璋如回忆：“四十六年（1957年）夏天，由于天气炎热，又没有外人，尤其在星期六快下班和星期天的时候，同仁常穿着拖鞋、汗衫上班。在八月四日星期六，是个闷热的阴天，下午五点多蒋总统突然偕蒋夫人，带着随扈来到院里，大概是要找朱家骅院长的麻烦。蒋一行人抵院时，院方已经下班了，多处门房深锁，卫队直接到所上，就碰到还没回家的严耕望先生。严先生先请一行人至会议室暂坐，随即来找我告知上事。我才刚到家脱下衣服，马上穿回衣服出来。我到所时只见到蒋总统一行人已出所的背影，无法对他们有所招待，谁知道这样就出错了。中央研究院有固定的上班时间，蒋总统来所时已属下班时间，不能说中研院偷懒不上班。后来不知道有谁说了什么话，朱家骅院长就在十一月辞职。”
关于朱家骅突遭横祸一事，庙堂与坊间滋生了许多说法，但似乎没有一件能摆到桌面上的铁证。有人说，在1948至1949年国民党大势已去的重要历史转折关头，李宗仁、白崇禧等桂系军阀联合阎锡山趁机拥兵自重，逼蒋介石下野。蒋于万般无奈中只得屈从，由李宗仁代理国民政府总统之职。蒋回到老家浙江奉化溪口暂时隐居。李、白等军阀集团拉阎锡山、朱家骅、王世杰、张治中、吴铁城等各色官僚合作，并以“卧榻之侧，岂容他人酣睡”的姿态，逼蒋出洋流亡，永远在中国这块地盘上消失。蒋于1949年3月3日接到张治中亲自上门敦促其出国的信息，甚感悲愤，勃然大怒曰：“他们（按：李宗仁、白崇禧）逼我下野是可以的，要逼我亡命就不行！下野后我就是个普通国民，哪里都可以自由居住，何况是在我的家乡。”4日，吴铁城再次派李惟果前往溪口，转达李宗仁集团要他们希望其尽快出洋之意，蒋更为盛怒，除了大骂李宗仁“不仁”之外，还差一点将李惟果抓起来“斩立决”。蒋介石背运至此，李、白逼宫至此，世道无常，由此可见。再后来，随着国民党军队弃守南京，李宗仁统率一干人马流窜到广州重新组建内阁，并由追随其骥尾的阎锡山、朱家骅出任行政院正副院长，以此掣肘蒋的权力。蒋把这一做法看作是对自己的叛逆，遂怀恨在心，伺机发难。1950年3月1日，蒋介石一脚踢开李宗仁，在台北正式复“总统”职。“登基”仪式完毕，老奸巨滑的阎锡山深感大事不妙，便主动向蒋介石提出辞去“行政院长”的请求，这一请求很快得到准许。
阎辞职后，由陈诚继任“行政院长”，自此，陈氏成为在台湾仅次于蒋氏的二号实权人物。未几，朝鲜战争爆发，美国第七舰队进入台湾海峡，岌岌可危的国民党当局稳住了阵脚。在这种急转直下的新形势下，一直忍而不发的蒋介石开始对撤退大陆前的“叛逆”者进行肃清。当王世杰的“总统府秘书长”被以“蒙混舞弊，不尽职守”的罪名整肃掉之后，一路排名查号便把视线转向了朱家骅。在各方权贵阴谋与阳谋的合力夹击、施压下，朱家骅终于心有不甘但又无可奈何地宣布辞去中研院院长之职，只剩了一个“总统府资政”的空冠。
朱家骅辞职后，国民党当局指令由李济代理“中央研究院”院长职。未几，中研院按照惯例召开评议会推选新任院长。众评议员提出了三个人选，即胡适、李济、李书华，由“总统”圈点，结果蒋最后圈点了胡适。据石璋如说：“做过驻美大使、北大校长的胡适先生，抗战中帮了中国不少忙，政治上坚决反共，四十几年大陆清算胡先生，台湾眼见大陆批胡，于是就捧胡，使台湾与胡先生合拍。若非大陆清算胡先生，以他的自由派立场，总统也不太放心的。当局既然有心安排胡先生出任中研院院长，自然就要虚位以待，朱先生必须辞职。”
从石氏的回忆中可以看出，蒋介石早就想收拾朱家骅了，只是没有一个适当的借口而迟迟未能得手，蒋氏决意要拿自己的稿费给胡适盖房一事，即是一个倒朱扶胡的信号。这个信号就当时的朱家骅而言，或许蒙在鼓里，或许已有警觉。但不管哪种情形，到了这个时候已经显得不重要了，重要的只是朱在什么时间下台的问题。当蒋介石等得不耐烦的时候，便抓住中研院人员“偷懒”这个不是问题的问题向朱开火。朱不堪重击，轰然倒地，胡适适逢其时地接掌了院长一职。而大陆的“反胡批胡”运动，又促使台湾方面大力“捧胡”。如此这般，胡适于纷乱的政治潮流中顺利坐上了台湾学术界第一把交椅，这个结果是胡适本人始料不及的。
胡适的流亡生活（1）
身死演讲台
1958年4月8日，胡适回到台湾，10日上午9时就任“中央研究院”院长一职，这是自1940年他作为候选人在重庆落选18年之后的正式当选。只是当年极力抬捧他的傅斯年已去世，无法与之同庆了。就职典礼上，蒋介石亲自出席并致词，以示敬重。只是在开幕之后，蒋对胡适1958年，胡适在台北机场怀抱专程前来迎接他的小孙子胡柏棠，身旁是李济
平时鼓吹的那一套自由主义理论学说不感兴趣，认为是小孩子玩闹的把戏，无法担当治国安邦的重任，反而在某种程度上对国家社会稳定不利。在致词中，蒋介石对胡适提倡的“五四价值”、“自由主义”等等说辞，于褒中暗含了讥讽、挖苦之意，搞得入会者惶恐不安，胡氏更是大为恼怒。当此之时，胡适尽管在美国生活极不舒心，而九年后又重返台湾从国民党手中谋得一个响当当的铁饭碗，但他并不以此就对蒋氏俯首听命，自轻自贱，而是毫不客气地对蒋介石的言词当场予以驳斥，以维护自己作为一个学者的人格。台下的众学者同样以自重自尊的态度随声附和，为台上的胡适打气壮胆。据亲历者石璋如说：“胡院长一发言就说'总统你错了'，台下立即鼓掌，没有几个人敢说这句话的。”
遥想当年，胡适在一篇题为《介绍我自己的思想》一文中宣称：“从前禅宗和尚曾说，'菩提达摩东来，只要寻一个不受人惑的人。'我这里千言万语，也只是要教人一个不受人惑的方法。被孔丘朱熹牵着鼻子走，固然不算高明，被马克思列宁史大林牵着鼻子走，也算不得好汉。我自己决不想牵着谁的鼻子走。我只希望尽我的微薄的能力，教我的少年朋友们学一点防身的本领，努力做一个不受人惑的人。”这一点，胡适本人确是做到了。当然，也有人，如胡在美国的学生、史家唐德刚说胡适不知不觉地，被他的老师杜威这个糟老头子牵着鼻子走了一辈子。此说或可讨论，至少胡在蒋介石集团里是基本做到了“不受人惑”。
1959年，作为新任“中央研究院”院长、学界领袖的胡适，公开反对蒋介石连任“总统”，同时反对为连任而冒天下之大不韪、置“党章国法”于不顾强行“修宪”。对此，蒋介石大不痛快，其子蒋经国更是异常恼怒，甚至有“收拾”胡的打算，只是忌讳胡本人的国际影响而迟迟未动手。
胡适在出任“中央研究院”院长的同时，于繁杂的公务中，仍没有忘记书生本色，在南港利用公务间隙，对研究了大半生的神会和尚穷究细研。1960年2月9日，胡在历史语言研究所演讲他的新作《禅宗史的假历史与真历史》。20日，出席“国民大会”第三次会议。3月10日夜，所著《神会和尚语录的第三个敦煌写本：南阳和尚问答杂征义……刘澄集》终于脱稿。正是这部耗损了胡适大量心血的著作，使其在脱稿的当夜即心脏病复发，延至19日，病情加重，不得不入住台大医学院就诊，直至4月5日才小痊出院。
1961年1月28日，“国家长期发展科学委员会”举行第五次全体委员会，时台海危机已趋平缓，台岛内的科技经济在美国的大力援助、扶持下，已摆脱了战后的阴影开始复苏，国民党对台湾的统治地位更加稳固。正是这诸多的缘由，胡适在致开幕词时兴致勃勃，充满乐观与信心地说道：“这是一个起点，一个有希望的起点。在这样艰难的情形之下，我们能够有一亿一千万台币用在'长期发展科学与技术的研究'的开山工作上面，我们至少可以说科学已开始得到'重视'，开始得到'资助'了。我们当然不可感到满足，我们至少应该感觉我们的责任之大。我们应该感觉古人说的'任重而道远'五个字的意义。”又说：“两年的工作，只做了一点探路的工作，开路的工作。从今天起，我们可以平心静气想想这条'远路'的蓝图了。”这是胡适晚年精神最好，内心充满希望与梦想，体力也呈回光返照状最为充沛的时期。自此便是“夕阳无限好，只是近黄昏”了。
2月25日夜，胡适心脏病复发，入台大医院救治。一个月后自台大医院迁居福州街台大招待所疗养。6月25日病情好转回南港“中央研究院”上班。到了11月16日清晨，心脏病再度发作，复入台大医院抢救，直到第二年1月10日出院，暂住福州街台大招待所疗养。此时胡适的生命已迈入衰朽之坎，即将灯熄香灭。
1962年2月24日，“中央研究院”举行第五次院士会议，选举新一届院士。胡适几位在海外的学生，或隔代门生如吴健雄、袁家骝、吴大猷、刘大中等皆从美国来到台湾，聚集一堂以示助势。胡虽身体健康不佳，但仍精神亢奋地出席了会议。下午5时，胡适又出席了中研院举办的酒会，入席者达一百余众。胡适满面含笑登台致词，曰：“今天是中央研究院迁台12年来，出席人数最多的一次院士会议。令人高兴的是海外4位院士也回国参加这次会议。中央研究院第一次院士是在大陆上选出的，当时被提名的150人，选出了81位。现在一部分是过去了，有的在大陆，只有20多位在台湾。中央研究院在此恢复时，只有19位活着在台湾。今天上午第五次院士会议，经过了三次投票，结果选出七位院士。二位在台湾，五位在海外。在台湾的是梅贻琦、陈槃，在海外的是任之恭、柏实义、程毓淮、李景均、何廉。十几年来，我们在这个孤岛上，可算是离群索居，在知识的困难、物质的困难情形之下，总算做出点东西。”又说：“我今天�