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所谓“特种研究事业”，是指清华大学在战前办的农业、航空工业、无线电三个研究所，以及到昆明之后增办的金属学及国情普查等两个研究所。为便于统筹管理，清华校方把五个所组成一个“特种研究事业委员会”，叶企孙为主任，主持全面工作。为了不驳朱家骅的面子，梅贻琦最后答应如果中研院非要叶出山赴重庆就任，最好不脱离清华而两边兼顾。这一条件令朱家骅未置可否，表示与同仁商量后再作决定。
到了这年的9月29日，朱家骅致信梅贻琦，说已同翁文灏与傅斯年二人商量，不同意叶企孙两边兼顾，只能放弃清华而专任中研院总干事职。其理由是按中研院章程规定，凡院内专任人员不能兼职。为使问题更加清楚明了，在朱家骅的授意下，1940年10月15日，翁文灏以中研院评议会秘书的名义致信梅贻琦：“叶企孙兄至渝后接理中央研究院各事，朱骝先及傅孟真诸君均热诚匡助，可以顺利进行。惟有一事窃愿以友谊奉商者：兄前次至渝时，曾经谈及企孙兄于短时间内暂兼清华教务名义，但可以随时商停。此事固仅为一名义问题，但事实上亦有若干影响。中研院总干事一职向为专任，丁在君兄初受院聘时，方任北京大学教授，当经商定，俟功课教毕，完全离开北大（教授名义亦辞卸），然后方至院内任事。企孙兄最好能免兼大学教授（但如聘为名誉教授则似尚可行）。此事弟与企孙兄面谈时亦经提及，并已奉陈，敬希察照酌采，至为企幸。”梅贻琦接信后，对这种“霸王条款”表示不能接受，遂置之不理，坐看朱、翁等人如何处理。
1941年5月16日，梅贻琦因公再赴重庆，想起几个月来朱、翁二人书信不断，为叶企孙事纠缠不休，便想借此机会就此事来个彻底了结。据梅贻琦日记载：5月21日“六点半至牛角沱资源委员会访翁咏霓，谈企孙就中央研究院总干事问题”，2日“五点往巴中组织部访朱骝先部长谈企孙问题”，5月30日“十点一刻至中央医院门前，往返园中一刻许，寻得傅孟真所住病室，渠于前日曾割扁桃体腺一半，说话不便，未敢与之多谈”。
傅斯年重病在身，中研院总办事处急需有人接替料理，在朱、翁、傅等人的恳切要求下，梅贻琦终于同意叶企孙以请假的名义离开清华专任中央研究院总干事职。朱、翁、傅等人听罢，各自长出了一口气。
1941年9月11日，梅贻琦致信叶企孙：“足下之去中研院，在清华为一重大损失，在琦个人尤感怅怅，但为顾国内一重要学术机关之发展起见，不应自吝，乃不得不允君请假，暂就该院职务。”9月底，叶企孙离开昆明飞赴重庆，正式接替傅斯年出任中央研究院总干事职。傅则于同年12月初，携妻带子离开重庆，迁往李庄史语所。想不到叶企孙上任不久，就因为聘请陈寅恪之事，冷不丁地吃了傅斯年一记闷棍。
雾都遥念陈寅恪（1）
雾都遥念陈寅恪
1939年春，陈寅恪被英国皇家学会授予研究员职称，并收到牛津大学汉学教授聘书，请其赴牛津主讲汉学。为陈氏此行，对方已安排该校1939年，陈寅恪与家人在香港
汉学家休斯副教授充任其助手。……这是牛津大学创办三百余年来首次聘请一位中国学者为专职教授。面对这一极具荣誉的礼聘，陈寅恪曾两度辞谢，后考虑一直住在港岛的夫人唐筼患严重心脏病，不能携家抵昆团聚，自己又患眼疾甚重，欲借赴英机会一并医治，遂答应就聘。在得到西南联大常委、主持校务工作的梅贻琦同意后，陈寅恪乘车由安南转往香港作赴英的准备。抵港后，欧洲战火突起，地中海不能通航，何时能够起程，杳无可知。无奈中的陈寅恪只好由香港重返昆明西南联大，等待可行的机会。
1940年暑假，听说欧洲方面战况稍有好转，陈寅恪再返香港等候赴英之机。想不到这次又出了差错，刚到香港不久，忽得中国驻英大使郭复初发来电报，谓因时局关系，赴英之事需延期一年。心灰意冷的陈寅恪欲再次孤身一人返回西南联大。恰在此时，日军为切断广西与越南之间的国际交通线，出兵攻占南宁，昆仑关陷落，滇越交通中断，致使陈寅恪无法回昆，而夫人唐筼除心脏病外又患子宫病。陈氏走投无路，一面写信请傅斯年“如本所及联大有迁地之消息，乞速示知”，一面做携家眷迁川之打算，并通过时在香港大学任中文系主任的许地山，在港大暂时谋得一客座教授职位，以换取微薄的薪金维持生计。
当陈寅恪在势如牢笼的港岛左冲右撞，总是突不出重围之时，1941年12月8日，震惊世界的珍珠港事件爆发了。此时已辞去中央研究院总干事、刚刚携妻带子乘船抵达李庄的傅斯年为陈寅恪一家的命运忧心忡忡，拖着病体连续拍发电报，请求中英庚款负责人杭立武等人设法营救。经过杭立武、朱家骅等人一番苦心孤诣的秘密筹划，陈寅恪于被困香港近半年后的1942年5月5日，终于突出重围，携家登船逃离坟墓般的孤岛，取道广州湾（即湛江）返内地，一路艰苦跋涉，于6月抵达桂林，落脚于中央研究院物理研究所。1938年初，长沙临时大学与中研院史语所、社会科学研究所等机构撤离长沙迁往昆明时，物理所、地质所、心理所等三个研究所也随之撤离。鉴于各方面原因，三个所抵达桂林后不再前行，在离桂林市40华里外的良丰镇郊外山脚下安营扎寨住了下来。多亏这个营寨的人员鼎力相助，陈寅恪一家于艰难跋涉中暂时有了一个歇脚之地。
按照陈寅恪长女陈流求的说法，“父亲原打算继续上路赴四川李庄历史语言研究所”，而史语所的同仁也翘首以待，渴盼着这位“三百年仅此一人”（傅斯年语）的史学大师到来，为抗战期间中国四大学术中心之一增添新的活力与砝码（另三处学术中心是重庆、昆明、成都）。遗憾的是，陈寅恪夫妇身体状况均不允许继续前行，使这一计划随着岁月的流逝而渐渐偏离了前行的轨道，终致大师的身影与李庄擦肩而过。
1942年8月1日，陈寅恪给傅斯年信中道出了自己不能继续前行的详情：“然二月之久，舟车劳顿，旅舍喧呼，俟到山中，稍获休息。岂知久劳之后，少息之余，忽觉疲倦不堪，旧病如心跳不眠之症，渐次复发。盖神经兴奋既已平静，大病又将到而尚未到矣，此时必须再长期休息，方可渐复健康。若短期内再旅行，重受舟车劳顿之苦（旅费亦将无所出，此姑不论），必到目的地，恐将一病不起矣！前上一书言，欲与中英庚款会商量，设一讲座于广西大学，即是此旨，想蒙谅解。”信中可见，身心俱疲的陈寅恪极想在桂林这个山清水秀的古城小憩一阵，等身体稍好一些之后再做他图。此前，陈寅恪已致信中英庚款负责人杭立武，商量设讲座事，已蒙同意。所聘薪金由中英庚款与广西大学合出，为两家合聘之局，每周开课三小时。虽“月薪则不多”，但虑及“半年或数月之内，弟个人及全家皆不能旅行，又不可无收入以维持日食，授课之时既少，可整理年来在港大讲授旧稿，藉此暂为休息过渡之计，作渐次内迁之准备”。
雾都遥念陈寅恪（2）
陈寅恪对自己面临的窘境和日后的打算说得极为清楚，只是在此信尚未发出时，重庆方面的中央研究院新上任的总干事叶企孙，已命人于前一日将聘书匆匆发往桂林，请陈寅恪出任“中央研究院历史语言研究所专任研究员”。而这一切，正在李庄主持工作的史语所所长傅斯年却蒙在鼓里。当得知叶企孙竟瞒着锅台上了炕，置自己这位史语所掌门人于不顾，擅自聘陈寅恪为“专职”后，傅斯年怒火顿起，立即以笔当炮向叶企孙讨伐起来。
陈寅恪与叶企孙在北平清华园时期就来往密切，堪称挚友。卢沟桥事变前后，叶与陈曾就战争局势与南迁之事多有商谈，可谓患难与共，直到迁往长沙、昆明仍保持深厚的交情。当陈氏携家由港抵达桂林的消息报到中央研究院总办事处时，叶企孙遥望东南，以极大的热情和爱心关注着这位史学大师的命运。未等陈寅恪伏笔作书报告详情经过，叶以上海人特有的细腻与精明，开始为陈氏一家未来的生活打起了算盘。1942年6月9日，叶致书傅斯年，大意说：陈寅恪已到桂林，史语所是否有聘其为专任研究员的打算？月薪多少？又说：“薪似可从一月份支起，但从六月起实付寅恪，以首五月薪抵销旅费之一部分。以寅恪夫妇之身体论，住昆明及李庄均非所宜，最好办法，似为请彼专任所职，而允其在桂林工作，不知尊意如何？”
傅斯年接信看罢，表示不能同意，因为专职与兼职有根本区别。在复叶企孙的信中，傅说：“陈寅恪来史语所任专职，则是傅氏本人及全所同人渴望日久之事，但由于中央研究院和本所有严格的制度和服务规程，故陈寅恪不能常住在桂林而遥领本所专任研究员之薪水，必须来李庄住在史语所租赁的房中办公，才可以拿专任之薪。如果陈果能来李庄，其薪金自应为六百元又临时加薪四十元。否则，不能为之。”
傅斯年进一步解释说：“弟平日办此所事，于人情之可以通融者无不竭力，如梁思永兄此次生病，弄得医务室完全破产。寅恪兄自港返，弟主张本院应竭力努力，弟固以为应该，然于章制之有限制者，则丝毫不通融。盖凡事一有例外，即有援例者也。”此信写罢，傅斯年似觉仍有话没有解释清楚，又在信笺上端一空白处特地注明寅恪何以历来称为“专任研究员暂支兼任薪”之故云云。
叶企孙接信后，觉得傅斯年所言有理，于6月30日回信说：“关于寅恪事，尊见甚是，请兄电彼征询其意见，倘彼决定在李庄工作，清华方面谅可容许其续假也。寅恪身体太弱，李庄昆明两地中究以何处为宜，应由彼自定。”傅斯年接信，没有按叶企孙所言去做，理由是：“以前此已两函与之商榷此事，而电文又不能明也。然寅恪来信，未提及弟信，来信嘱弟托杭立武兄设法在广西大学为彼设一讲座云云”，索性把叶信扔到一边不再搭理。
可能是对陈寅恪的处境关照心切，叶企孙对此种变局却视而不见，热情不减，坚持聘陈寅恪为史语所专职研究员。按他的想法，既然在李庄的傅斯年不再理会，那就自己以总干事的名义做主直接颁发聘书寄往桂林。7月下旬，中央研究院总办事处办事员刘次箫在致傅斯年的信中附一消息说：“叶先生函商院长聘陈寅恪先生为专任研究员，月薪六百元外加薪四十元，院长已批准照办。俟叶先生将起薪月日函复核，聘书即当寄贵所转寄桂林也。”
雾都遥念陈寅恪（3）
傅斯年看罢此信，如同冷水泼头，当场把信摔在地下，大喊一声“他凭什么！”跳将起来。傅斯年此前已说得非常明确，陈寅恪如任史语所专职，就必须来李庄，但陈氏尚未表态，自己亦未强行令其来川，两边当事者皆静观其变，以待形势的发展。作为一个远在重庆的中研院“闲曹”……院长手下的总干事，每天要处理的事务如此之多、之杂、之紧急，何以迫不及待地跳将出来，踏着鼻子上脸，旁若无人地发号施令？如此不把自己这位号称“黄河流域第一才子”、“学界大鳄”放在眼里，①这不是故意找事吗？尽管自己大病在身，但还没有行将就木，或者真的像孔祥熙之流期盼的那样“快不行了”（按：傅在重庆住院治病时，与之不睦的孔祥熙放风，说傅“快不行了”，傅大为恼怒），说不定哪一天会百病俱痊，返老还童，再度窜出深山老林，笑傲江湖，号令中研院各诸侯以威天下。如今，叶企孙竟公然蔑视自己这只卧虎的存在，岂不是欺人太甚？想到此处，傅斯年满怀悲愤之情，提起如椽大笔，于8月6日向叶企孙发出了一通连珠炮式的“声明”：
一、弟绝不承认领专任薪者可在所外工作。在寅恪未表示到李庄之前，遽发聘书，而6月份薪起，即由寅恪自用，无异许其在桂林住而领专任薪。此与兄复弟之信大相背谬。
二、自杏佛、在君以来，总干事未曾略过所长直接处理一所之事。所长不好，尽可免之；其意见不对，理当驳之。若商量不同意，最后自当以总干事之意见为正，但不可跳过直接处理。在寅恪未表示到李庄之前，固不应发专任聘书，即发亦不应直接寄去（以未得弟同意也），此乃违反本院十余年来一个良好Tradition之举也。
三、为弥补寅恪旅费，为寅恪之著作给奖（或日后有之，彼云即有著作寄来），院方无法报销，以专任薪为名，弟可承认。在此以外，即为住桂林领专任薪，弟不能承认。
此事幸寅恪为明白之人，否则无异使人为“作梗之人”。尊处如此办法，恐所长甚难做矣。弟近日深感力有不逮，为思永病费，已受同人责言。今如再添一个破坏组织通则第十条之例，援例者起，何以应付。此弟至感惶恐者也。
如此言词激烈的檄文作完后，傅斯年仍觉尚有千头万绪的言语没有尽情说出，继续挥动大笔，以家长对孩子、老师对学生、长辈对晚生的口气教训：
即令弟同意此事，手续上亦须先经过本所所务会议通过，本所提请总处核办。总处照章则办理。亦一长手续也。又及与此事有关院章各条文：组织通则第十条“专任研究员及专任副研究员应常川在研究所从事研究。”第二条“本院各处所及事务人员之服务均须遵守本通则之规定”。此外，间接有关者尚多，故领专任研究员薪而在所外工作，大悖院章也。
傅斯年将一连串的“炮弹”淋漓尽致地倾泄而出，愤懑之情渐渐缓解，突然觉得应该以最快的速度打消陈寅恪就聘的念头，否则将出现不必要的麻烦。他拟了“总处所发聘书，乃假定兄到李庄者”的电文，请那廉君连同信件一同发了出去。
8月14日，傅斯年的激愤心情已趋平和，经过理智思考，怕陈寅恪接到电报后产生误会，“此固以寅恪就广西大学之聘已解决，然或有得罪寅恪太太之可能”。于是又即刻修书一封，先是促其尽速迁川，“瞻念前途，广西似非我兄久居之地”，“若不早作决意，则将来更困难矣”，然后对自己不满叶企孙发聘书之事，又向陈寅恪作了解释：“此事在生人，或可以为系弟作梗。盖兄以本院薪住桂，原甚便也。但兄向为重视法规之人，企孙所提办法在本所之办不通，兄知之必详。本所诸君子皆自命为大贤，一有例外，即为常例矣。如思永大病一事，医费甚多，弟初亦料不到，舆论之不谓弟然也。此事兄必洞达此中情况。今此事以兄就广西大学之聘而过去，然此事原委就不可不说也。”
陈寅恪接信后，于8月30日复信道：“弟尚未得尊电之前，已接到总办事处寄来专任研究员聘书，即于两小时内冒暑下山，将其寄回。当时不知何�