会议之后，各所领导人组织人员携公私物资陆续向上海撤退，“静观待变”。与此同时，根据蒋介石和国民政府行政院院长翁文灏的指令（按：翁接替宋子文任该职，11月26日辞职），南京的故宫博物院分院、中央博物院筹备处、中央图书馆、中央研究院历史语言研究所等四家机构所藏的珍贵文物、图书和历史档案，全部装箱运往台湾，由教育部次长、故宫博物院理事会秘书、中央博物院筹备处主任杭立武全权指挥。待一切准备就绪后，海军司令部派来“中鼎号”运输舰与一团官兵协助装运。此时整个国统区已是人心惶惶，流言四起，纷纷设法出逃。据当时参加装运的故宫博物院南京分院人员那志良说：“海军部人员听说有船开往台湾，大家携家带眷带了行李，赶来搭便船，船上挤满了人。我们觉得对文物安全是有问题的，由杭立武先生找来海军司令桂永清解决这事。他上了船，百般劝慰，说另有船疏散眷属，他们才相继下船。”此船共装运四家机构运来的古物和历史档案、标本、仪器等772箱，由李济担任押运官，全程负责运输、装卸事宜。这时李济已辞去中央博物院筹备处主任之职，此次以故宫博物院理事与史语所考古组主任的身份负责这项事务。在搬迁之前，中共已得到消息，急派一位李济的学生、秘密加入中共地下党的人物出面劝阻，但李并未听从，并告之曰：“保护这批古物是我的职责，自卢沟桥事变之后，我已护送这批珍宝跋涉了大半个中国，终得以保全。现在我同样不能眼看着祖宗留下的国宝毁于战火。国共之战我管不了，但如果我能保全这批文物而撒手不管，是为不忠不孝，对不起后世子孙。”③
劝阻者怏怏而去，中共方面又转而找到倾向共产党的陶孟和对李济委婉相劝，但李仍不买账，呈慷慨激昂状对陶说：“如果你陶孟老能保证这批古物不在战争中被毁，并有科学证据说服众人，同时能担当起这个责任，那我就放弃。”陶氏当然拿不出科学证据，更不敢担当这份与江山社稷紧密相连的“国之重器”存亡之重责，乃罢。李济以讥讽的口气说道：“你陶孟老不是也带人跑到上海躲起来了吗？对于我们做的事又横加指责，这不是五十步笑百步吗？台湾与上海同为中国的领土，并不是外国人的领地，在整个大陆都笼罩在炮火的非常时刻，中华民族的珍宝放到祖国领土最安全的地方，乃我之责也。”④陶孟和听罢，不再与之辩论。
1948年12月20日，满载国宝的“中鼎号”军舰拔锚起程，由上海进入激流汹涌的台湾海峡，向陌生、神秘的基隆港驶去。据随李济押运的那志良回忆说：在行程中，因“这一只船是平底的，遇到风浪，船摇摇摆摆，颠簸不定，船上的箱子又没捆好，船向左倾，箱子便滑到左边来，向右倾斜，箱子又滑到右边去了，隆隆之声，不绝于耳。海军司令又托船长带了一条狗。它又在那里不住地狂吠，加以风声、涛声，这些押运人员直觉得是世界末日要到了。”军舰在大海里颠簸一个星期，直到27日才到达基隆。由于前方战事吃紧，海军一时无船续派，第二批箱子就租赁招商局一只海沪轮进行起运，由于商船本身船舱较大，仅史语所的古物、资料就装载了934箱。该船于1949年1月6日起航，仅三天即到达基隆。
满目山河空念远（2）
第三批是海军部派来的“昆仑号”运输舰。当古物装载时，海军部人员眷属拖儿带女呼呼隆隆地拥向船舱抢占座位。杭立武仍用老办法请桂永清前来劝阻。此时国军战事更为不利，人心越发焦灼慌乱，当桂永清命令众人下船时，“大家都哭了，希望老长官原谅他们，帮他们的忙。那种凄惨的样子，使得总司令也落了泪。他没有办法可想，只有准许他们随船去了”。该舰自1949年1月29日开出，直到2月22日才抵达基隆。至此，四家机构共4286箱古物、资料、珍贵图书、档案等全部运完，无一件损坏。故宫博物院南京分院运去的珍贵文物就多达2972箱，这批文物后来存放于新建的台北故宫博物院，成为这个博物院展品的重要支柱。史语所仅“内阁大库”档案就多达311914卷（册），其中明代档案3000多卷（件）。档案先借放于台北杨梅铁路局仓库，后转南港史语所办公大楼资料库永久保存。
就在四家机构的古物、图书、档案等仓皇运台之时，朱家骅奉命动员中央研究院各所人员全部迁台。出于各种复杂的考虑，大多数人员不愿随迁，仍要在南京、上海“静观待变”。以陶孟和为首的部分人员私下坚决反对迁台，坚持要留在大陆，静候共产党军队的到来。1948年11月30日，陶孟和参加在京人员谈话会时，毫不客气地对朱家骅说：“搬不搬要同全所同仁商量，以多数人意见为依归。”12月9日，面对朱家骅催促，陶孟和以所务会已开过，“全所人员多一票”决定不迁，以此对朱作了简单的答复。朱家骅听罢，认为陶氏明显是在与自己作对，又急又怒，当场以“出席人员中包括助理研究员，不符合规定”为由，强令对方搬迁，陶置之不理，并以各种理由拖延下去。面对朱家骅步步进逼，陶孟和给手下的同仁打气说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”意思是你们这些小的们不要怕，一切事由我这棵大树顶着。社会学所人员听从了陶的建议，继续拖延下来。
1949年3月6日，陶孟和在《大公报》发表署名文章《搬回古物图书》，明确表示反对迁台。文中说：“对于这些古物、图书、仪器迁台，我们积极的反对，我们严厉的予以斥责。我们主张应该由政府尽速将它们运回，发还或分配给所属的机关。”陶所列举的理由，除了运输条件与存放地点极不适宜外，还说“最根本的反对理由，就是我们不承认任何人可以随意决定搬运并处置这些古物与图书。我们相信这些古物与图书决不是属于任何个人、任何党派，就是政府也不能对于它们要求所有权。它们是属于国家的，属于整个民族的，属于一切的人民的”云云。文中认为“政权的冲突，政权的更迭，都不应牵涉国家民族的宝藏”，强烈要求“政府立刻筹最妥善的方法，将运到台湾的各项古物图书仪器运回大陆，分配给各应该接受的机关”。这个时候，陶氏的呼吁在外人看来无异于痴人说梦，一厢情愿。但陶孟和心中却清楚地知道，这个梦呓般的声明是会帮他在现实政治中得到一个实实在在的分数的。5月，竺可桢由杭州潜往上海，听任鸿隽、陈衡哲夫妇说：“陶孟和颇赞成共产，近来大发议论，于首都陷落前赴京”云云。此时的陶孟和整个身心显然已倒向共产党一方，因而朱家骅的一切努力皆成徒劳，社会科学研究所最终未被拖走而留了下来。
1949年4月23日，陶孟和以极其兴奋的心情迎接中国人民解放军占领南京的仪式。第二天，第三野战军司令员陈毅身着灰布军服，带一位警卫员，来到中央研究院社会研究所办公楼看望陶孟和。由于陶事先不知道陈氏到来，像往常一样身着长袍至会客室相见，待互道姓名以后，乃知对方身份。据陈毅说，他早年在北平中法大学读书时，曾读过陶孟和发表的一些文章，受到启发，并留有印象云云。到底读过什么具体的文章，陈氏没有说出，或许已不必说出。在解放军渡江前夕，陶孟和与几位同道者在报纸上陆续发表的文章，已被这位陈司令员所闻并表示赞赏。
同年5月17日，中国人民解放军南京军管会文教会派赵卓到中央研究院总办事处，召集员工联谊会理事会，陶孟和积极出面支持军管会的工作。9月，中国人民政治协商会议第一届会议在北京召开，陶孟和以“特别邀请人士”身份出席会议，被选为政协全国委员会常务委员。
1949年10月19日，成立未久的新中国中央人民政府委员会第三次会议，任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为中国科学院副院长。当时的中国科学院乃新政权接收国民党中央研究院及北平研究院组建而成，调整后有16个研究单位。陶氏能挤进新生的中国科学院并出任高级职务，据说是陈毅出面向中共中央力荐的结果。
满目山河空念远（3）
这年11月1日，中国科学院在北京正式办公，后来即以此日为中国科学院成立日。建院之初，科学院下设办公厅和研究计划局、国际合作局（联络局）、出版编译局等三个局，陶孟和为副院长兼编译局局长。
有些巧合的是，中国科学院于1950年迁入文津街3号，正是三十年代原社会调查所与静生生物调查所旧址。陶孟和被分配的办公室就在他原任社会调查所所长的那间屋内。几十年光阴匆匆流过，大半个中国转遍，想不到又回到了事业起点的位置。旧地新任，陶孟和百感交集，尽管他不再像当年那样年轻，不再为自立山头和是否归附水泊梁山，以及是否与中基会总干事任鸿隽不惜一战等问题伤脑筋，不再整日战战兢兢，如履薄冰。但面对自己坐下的那把级别显然有所增高的新交椅，内心感到不太踏实的同时，也伴有对新政权由衷的感激。正是怀揣这样一个感恩戴德的梦想，在红色政权刚刚成立之时，他与同时被任命为副院长的竺柯桢从北京返回南京、上海等地，凭借在学术界的声望和影响，同时以新任党国大员的赫赫声威，召集收拢已散落于各派系山头的旧部与科学界好友留在大陆，共为红色政权效力。只是出乎陶孟和预料，当他环顾四周，突然发现面临的处境并不乐观，且越来越明显地陷入有苦难言的尴尬境地。当陶孟和坐上中国科学院副院长交椅的时候，他一手经营的社会科学研究所，依然设在被视为蒋介石老巢的南京，工作、生活方面诸多不便，经批准于1952年底迁到北京。这个时候，社会学已经被红色政权当作伪科学遭到了否定，该所到北京后即被改为学术性质和研究方向大不相同的经济研究所，整个社会学专业被无情地取缔。正如陶的部下巫宝三所说，“到1952年底，可以说社会调查所和社会研究所完成了它的历史使命”。这个由陶孟和顶着各方压力一手创建、中途经过改编和重组，历经风雨坎坷并始终由陶氏掌舵达26年之久，且最初是以研究人民生活问题为主要方向的社会调查所，就这样如一缕轻烟无声无息地消失了。无论是陶孟和本人还是他手下的研究人员，几十年的打拼奋斗，最后落到学术成果无人理会，甚至连自己的专业都保不住的悲怆境地，其内心的痛苦与精神上的打击可想而知。
更令陶孟和为之扼腕的是，抗战期间他与他的同事辗转几万里，含辛茹苦，耗时八年，以国际通用的科学计算方法调查研究出的战争经济损失科学报告，因抗战胜利后国共两党与日本政府的复杂关系，这批研究成果竟成了一堆废纸，被当局弃之麻袋，不再理会。最后的结局是：中国人民八年艰苦卓绝的抗日战争打赢了，但国共双方分别代表自己所统领的人民大众，主动放弃了向日本方面的战争索赔，中国在战争中折合当时计算数额高达1000亿美元以上的经济损失，全部付之东流。……这是当时在李庄时期的陶孟和与社会学研究所的全体人员所没有料到的。更为不可思议的是，1985年，一个年轻工人在废品站收购了一麻袋文件，后来经中国社会科学院近代史研究所专家鉴定，这正是当年陶孟和等人在李庄时期所撰成的《抗日战争期间中国损失调查报告》之一部分。但对这堆“废物”作何处理，仍无人理会，任凭这名已是老汉的工人处置了事。悲夫！⑤
落花风雨更伤春（1）
落花风雨更伤春
既然社会科学研究所已不复存在，陶孟和的兼职所长也自然随之化为乌有。名义上，作为中国科学院副院长这一职位，与他此前的学术声望，以及后来政治态度的转变是相称的。但此一时彼一时，既然新政权已经建立并渐趋牢固，陶的学术价值与当年为中共所做的一切，已经不值一哂了。据当年与陶共事的中科院人士回忆：陶孟和是文科出身，解放后不兴文科，他在科学院没多少实际的工作，只是分管出版和图书阅览，开会也可以不叫他来等等。这个话从担任中国科学院党组书记兼副院长的张稼夫回忆中可以找到相应的证实，张说：“在科学院工作时期，我们相处得十分融洽，科学院的重大事项，郭老、李老、竺老、范老（范文澜同志）和我都事先交换意见，统一思想，然后再交院务会议通过。”⑥在张氏提到的几位科学院领导中，唯独没有陶孟老，这当然不是作者的疏忽。既然陶孟和还坐在副院长那把尽管有些摇晃但尚未彻底翻倒的椅子上，这“事先交换意见”的程序按院章规定也应有他的一份，可遗憾的是陶孟和确实已经没有“份”了。一位中科院的老科技干部后来也有类似的回忆：郭沫若因有副总理头衔，事情多，交往忙，平时难有时间顾及科学院的事。张稼夫1956年因病调出后，张劲夫入主中科院，从1956年到1967年，张劲夫实际领导科学院，成为事实上的一把手。陈伯达、李四光都在科学院外有事忙，做事务的副院长就是竺可桢、吴有训（按：1950年12月出任副院长）。这位老科技干部又说，科学院的副院长通常也没有掌大权，大权是科学院党组，党组成员行政职位可以不高，但是决策权在党组。如果党组书记愿意，可以给科学家院长副院长一些权。如果现在谁以为当时的副院长在决策圈里面，那就搞错了。实际上张劲夫的党组成员有裴丽生、杜润生、秦力生、谢鑫鹤、武衡、郁文等。
这个时候的陶孟和显然被排在了中科院权力圈子之外，成了一个被架在空中的光杆副司令，晚年的人生也随之步上了另一段高耸云端、摇晃不止、虚无缥缈的天梯。他在忽忽悠悠的腾云驾雾中，身心俱疲，也许会再次发出久积于心的“梦想是人类最危险的东西”的呼喊吧。尽管他的呼喊有些声嘶力竭，但没有人乐意回首一听。时过境迁，痛失地盘和人马的陶氏自知再度拉杆子转战二龙山，重登梁山聚义厅或忠义堂的时代已经一去不复返了，只好把花白的头颅埋于中科院图书馆（按：陶兼图书馆馆长）一摞又一摞的故纸堆中寻找一丝精神的慰藉。但慰藉也不是那么容易找到的，有时不但找不到慰藉，反而带来更大的苦恼甚至羞辱。曾在中科院编译局任职，后为山东大学、兰州大学历史学教授的赵俪生，晚年有一部叫做《篱槿堂自叙》的回忆录出版。此书用一篇篇短小精悍的篇幅，回忆了与他交往的人与事，在述及郭沫若时，有一段描述，转录大意如下：
我从小对他的文章有好感，所以一开始对他并无反感。反感，是自到北京科学院以后的事。我是院长副院长学习小组组长，曾亲眼看见他拍着桌子训斥吴有训和陶孟和。吴有火性，不服，跳起脚来同他吵；陶则安安稳稳地承受这种凌辱，其状甚惨。于立群当时并不是科学院人员，但也搬了一把椅子坐在郭老背后帮腔，说三道四。我忍不住了，就给《人民日报》写信，说有情况要反映，他们打电话约我晚七点到报社，当时还没有录音机，有四五台打字机围在我身边啪啦啪啦地打。但最让我吃惊的是，事隔一月，我收到一封回信，前一段是“应酬”，后一段“但是”就厉害了（一个“但书”，毛泽东就几次阐发过“但书”的重要作用），说毛主席教导说，假如拿敌对的态