理论和中国革命的实际运动结合起来。他对实事求是作了精辟的阐述：
“‘实事’就是客观存在着的一切事物，‘是’就是客观事物的内部联系，即规律性，‘求’就是我们去研究。我们要从国内外、省内外、县内外、区内外的实际情况出发，从其中引出其固有的而不是臆造的规律性，即找出周围事变的内部联系，作为我们行动的向导。而要这样做，就须不凭主观想象，不凭一时的热情，不凭死的书本，而凭客观存在的事实，详细地占有材料，在马克思列宁主义一般原理的指导下，从这些材料中引出正确的结论。这种结论，不是甲乙丙丁的现象罗列，也不是夸夸其谈的滥调文章，而是科学的结论。这种态度，有实事求是之意，无哗众取宠之心。这种态度，就是党性的表现，就是理论和实际统一的马克思列宁主义的作风。这是一个共产党员起码应该具备的态度。”
然而，毛泽东这篇观点鲜明措词尖锐的重要讲话在党的高级干部中竟没有引起多少反响，宣传部门也没有在报上报道，好像什么事情都没有发生。这使毛泽东进一步意识到问题的严重性。他决定先从统一高级干部的思想入手。
一九四一年九月十日至十月二十二日，中共中央召开政治局扩大会议（又称九月会议）。这是党在准备整风时期的一次极其重要的会议。会前，中共中央作了充分准备，成立了调查研究局，毛泽东为主任，任弼时为副主任，调查研究局下设情报部、政治研究室、党务研究室，毛泽东兼政治研究室主任。中共中央还成立了思想方法学习小组，也由毛泽东任组长。根据毛泽东的提议，中共中央先后发出王稼祥起草的《关于增强党性的决定》和毛泽东起草的《关于调查研究的决定》。中央还把毛泽东主持编辑的历史文献集《六大以来》发给大家，要大家认真阅读，结合实际进行比较和分析，看看哪些是对的，哪些是不对的。
这一系列措施，特别是对《六大以来》的阅读和研究，对开好九月会议起了决定性的作用。胡乔木回忆说：“当时没有人提出过四中全会后的中央存在着一条‘左’倾路线。现在把这些文件编出来，说那时中央一些领导人存在主观主义、教条主义就有了可靠的根据。有的人就哑口无言了。毛主席怎么同‘左’倾路线斗争，两种领导前后一对比，就清楚看到毛主席确实代表了正确路线，从而更加确定了他在党内的领导地位。”“编辑《六大以来》就是为了解决政治路线问题”，“《六大以来》成了党整风的基本武器”。⑨毛泽东在一九四三年把采取这些措施后引起的变化说得很明白：“一九四一年五月，我作《改造我们的学习》的报告，毫无影响。六月后编了党书（指《六大以来》。——引者）。党书一出许多同志解除武装，故可能开九月会议。”⑩
九月会议时断时续开了一个多月，集中讨论了五次。会议重点是检讨党在十年内战后期的领导路线问题。毛泽东在第一天的会上，作了反对主观主义和宗派主义的报告。他一开始就说：党内有这样的历史传统：不切实际，按心里想的去办，这就是主观主义。他指出：“过去我们的党很长时期为主观主义所统治，立三路线和苏维埃运动后期的‘左’倾机会主义都是主观主义。苏维埃运动后期的主观主义表现更严重，它的形态更完备，统治时间更长久，结果更悲惨。”这是因为他们自称为“国际路线”，穿上马克思主义的外衣，其实是假马克思主义。他说：“遵义会议，实际上变更了一条政治路线。过去的路线在遵义会议后，在政治上、军事上、组织上都不能起作用了，但在思想上主观主义的遗毒仍然存在”。他又说：六中全会打击了主观主义，但仍没有引起一般的注意。主观主义已不占统治的地位，但还相当地存在着。毛泽东分析主观主义的来源主要是党内“左”的传统，苏联的德波林等的影响，以及中国广大小资产阶级的影响。他提出：克服主观主义要从政治局同志做起，研究马恩列斯的思想方法论，“以思想、政治、政策、军事、组织五项为政治局的根本业务”，强调“掌握思想教育是我们第一等的业务”⑾。
会上，有二十八人次发了言，谈了在中央内部开展反对主观主义和宗派主义的斗争有着极大的意义。许多人以自我批评精神认真检讨了自己历史上所犯的错误。
张闻天在发言中指出：“毛主席的报告，对党的路线的彻底转变有极大的意义。过去我们对苏维埃后期的错误没有清算，这是欠的老帐，现在必须偿还。”他还说：“对中央苏区的工作，同意毛主席的估计，当时路线是错误的。政治方面是‘左’倾机会主义，策略是盲动的。军事方面是冒险主义（打大的中心城市、单纯防御等）。组织上是宗派主义，不相信老干部，否定过去一切经验，推翻旧的领导，以意气相投者结合，这必然会发展到乱打击干部。思想上是主观主义与教条主义，不研究历史与具体现实情况。”⑿
博古诚恳地作了自我批评。他说：“一九三二年至一九三五年的错误，我是主要负责的一人。当时我们完全没有实际经验，在苏联学的是德波林主义的哲学教条，又搬运了一些苏联社会主义建设的教条和西欧党的经验到中国来。过去许多党的决议是照抄国际的。”⒀他表示：现在我有勇气公开研究自己过去的错误，希望在大家帮助下逐渐克服。
王稼祥总结了主观主义产生的根源，他说：除中国的社会原因外，“就是经验不够，学了一些理论而没有实际工作经验的人，易做教条主义者，从莫斯科共产国际回来没有实际工作经验的人，更易做教条主义者；实际工作经验多的人，不易做教条主义者，而容易成为狭隘经验主义者”。⒁
这次九月会议，特别是毛泽东在第一天所作的反对主观主义和宗派主义的报告，为以后全面开展的延安整风运动确定了基调，并且在党的领导层内取得了大体一致的认识。
只有王明在会上丝毫不作自我批评。他发了两次言，虽然表示同意毛泽东的发言，承认一九三二年至一九三五年的错误是路线错误，但却完全推卸责任，说自己对博古、张闻天在中央苏区的政策和作法是不同意的，强调博古是苏维埃运动后期错误最主要的负责者。
鉴于这种状况，毛泽东、王稼祥、任弼时一起多次找王明交谈，希望他能够转变态度认识错误。在十月七日的谈话中，王明不但避而不谈自己的问题，反而攻击中共中央自抗战以来的方针是太“左”了。他指责毛泽东的《新民主主义论》和《陕甘宁边区施政纲领》是只要民族资产阶级，不要大资产阶级，这是不好的。认为目前应当以国民党为主，我党跟从之。建议中共中央发表声明不实行新民主主义，同蒋介石设法妥协。最后表示决心同中央争论到底，到共产国际去打官司。第二天，王明在中央书记处工作会议上更系统地阐述他的观点。王明的观点受到会上许多人的批评。毛泽东严肃地指出：王明在武汉时期有许多错误，我们等待他许久，最近我和他谈过几次，但还没有谈通。他认为我们过去的方针是错误的，太“左”了。恰好相反，我们认为他的观点太右了，对大资产阶级让步太多了，只是让步是弄不好的。
因为王明在争论中提出了对目前时局的严重的原则性问题，毛泽东提议停止讨论苏维埃后期的错误问题，集中讨论抗战以来中央的政治路线。他希望王明把他的意见在政治局会议上加以说明。但王明却突然称病不肯出席政治局会议，使会议未能举行。以后，他就长期称病，拒绝参加中央的整风会议。
十月十三日，毛泽东在中央书记处工作会议上宣布，因为王明生病，政治局会议停止讨论。关于王明在武汉时期工作中的错误，依照十月八日书记处工作会议提出的“在武汉时期政治上组织上都有原则的错误，但不是路线的错误”作为定论。⒂
关于苏维埃运动后期的错误，毛泽东起草了一份书面结论草案，题目是《关于四中全会以来中央领导路线结论草案》。草案概括地说明：“这条路线的性质是‘左’倾机会主义的，而在形态的完备上，在时间的长久上，在结果的严重上，则超过了陈独秀、李立三两次的错误路线。”草案分析：这条路线在思想方面犯了主观主义与形式主义的错误；在政治方面，对形势的估计，对策略任务的提出与实施，对中国革命许多根本问题都犯了过“左”的错误；在军事方面，犯了从攻打大城市中的军事冒险主义转到第五次反“围剿”中的军事保守主义（同时也包含着拼命主义），最后在长征中转到完全的逃跑主义的错误；组织方面犯了宗派主义错误。草案还指出，一九三五年一月召开的遵义会议“实际上克服了当作路线的‘左’倾机会主义，解决了当时最主要的问题——错误的军事路线、错误的领导方式和错误的干部政策，实际上完成了由一个路线到另一个路线的转变，即是说克服了错误路线，恢复了正确路线。”⒃这个结论草案的许多重要内容后来被吸收到中共六届七中全会通过的《关于若干历史问题的决议》中。为了进一步弄清党的历史上的路线是非，十月十三日中共中央书记处工作会议决定组织一个研究党的历史的委员会，由毛泽东、王稼祥、任弼时、康生、彭真组成，以毛泽东为首。
大概就在起草这份结论草案以前，毛泽东还写了题为《关于一九三一年九月至一九三五年一月期间中央路线的批判》的长篇文章，从思想上、政治上、组织上以及策略方面逐篇地系统地批判了王明“左”倾路线统治时期的九篇有代表性的重要文献，指出它们的主观主义、冒险主义、宗派主义和关门主义的特征。毛泽东当时只把这篇文章给刘少奇、任弼时看过，一直没有发表。关于没有发表的原因，一九六五年五月毛泽东曾这样写道：“这篇文章是在延安写的，曾经送给刘少奇、任弼时两同志看过，没有发表。送出去后也就忘记了。一九六四年有人从档案馆里找出这篇文章的原稿，送给我看，方才记起确有这回事。在延安之所以没有发表，甚至没有在中央委员内部传阅，只给两位政治局委员看了一下，就再不提起了，大概是因为这篇文章写得太尖锐了，不利于团结犯错误的同志们吧。”⒄因此，当时这篇文章不但在社会上，并且在党内也没有直接发生影响。但通过写作这篇长文，使毛泽东对那个时期中央的路线错误的认识大大深化了。
同一九四○年底政治局讨论党的历史的那次会议相比，一九四一年的九月会议大大跨进了一步，因为它使党的领导层对必须反对主观主义和宗派主义这个根本问题大体上取得了共识。毛泽东曾这样评价：“九月会议是关键，否则我是不敢到党校去报告整风的，我的《农村调查》等书也不能出版”，“整风也整不成”。⒅
九月会议后，毛泽东集中力量领导高级干部的整风学习，他认为“犯思想病最顽固”的是高级干部，“将多数高级及中级干部的思想打通，又能保存党与军的骨干，那我们就算是胜利了。”⒆根据九月会议的决定，成立了中央研究组（又称中央学习组），毛泽东任组长，王稼祥任副组长。延安及各地方也成立高级学习组，归中央学习组管理指导。毛泽东规定中央学习组的任务是：“一方面研究马克思主义思想方法论，一方面研究六大以来的决议。”他还提出，“延安开一个动员大会，中央政治局同志全体出马，大家都出台讲话，集中力量反对主观主义和宗派主义”，但要注意“把犯了错误的干部健全地保留下来”。⒇
对如何研究党的历史，第二年三月，毛泽东在中央学习组上作了讲话。他说：“我们要研究哪些是过去的成功和胜利，哪些是失败，前车之覆，后车之鉴。”“现在来考虑我们过去所走的路和经验，要有系统地去考虑。路是一步一步走过来的，虽然在走每一步的时候也曾考虑过昨天是怎样走的，明天应该怎样走，但是整个党的历史却没有哪个人去考虑过。”他提倡在研究中要用“古今中外法”，把问题当作一定历史条件下的历史过程去研究。他说：“所谓‘古今’就是历史的发展，所谓‘中外’就是中国和外国，就是己方和彼方。”毛泽东强调：“研究中国党史，应该以中国做中心”，“不研究中国的特点，而去搬外国的东西，就不能解决中国的问题。”“我们要把马、恩、列、斯的方法用到中国来，在中国创造出一些新的东西。”他还指出：“研究党史上的错误，不应该只是恨几个人，如果只恨几个人，那就是把历史看成是少数人创造的”。（21）
在毛泽东精心部署下，从一九四一年冬季开始，全国各地高级干部的整风学习普遍开展起来，为全党范围开展整风运动准备了条件。
经过几个月的学习，高级干部的思想发生了深刻变化，达到了基本一致的认识。这样，在全党普遍整风的条件就成熟了。一九四二年一月二十六日，毛泽东为中央宣传部起草的《宣传要点》在叙述了主观主义和宗派主义在党内的种种表现后写道：“凡此主观主义与宗派主义的思想与行动，如不来一个彻底的认真的深刻的斗争，便不能加以克服，便不能争取革命的胜利。而要进行斗争，加以克服，非有一个全党的动员是不会有多大效力的”。（22）
整风学习在党的各级干部和党员中普遍进行，是从一九四二年二月毛泽东在中央党校开学典礼上作《整顿党的作风》的报告和在中央宣传部干部会议上作《反对党八股》的报告后开始的。在报告中，毛泽东全面论述了整风的任务、内容、办法和意义。
他明确地指出：“反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风，这就是我们的任务。”他说：党内的主观主义有两种，一种是教条主义，一种是经验主义，“现在在我们党内还是教条主义更为危险”。这两种主观主义，都是理论与实际相脱离的。“马克思列宁主义理论和中国革命实际，怎样互相联系呢？拿一句通俗的话来讲，就是‘有的放矢’。”“马克思列宁主义之箭，必须用了去射中国革命之的。这个问题不讲明白，我们党的理论水平永远不会提高，中国革命也永远不会胜利。”关于宗派主义，毛泽东认为是主观主义在组织关系上的一种表现。他要求正确处理党内的各种相互关系，以达到队伍整齐、步调一致的目的；同时也要消灭党外关系上的宗派主义，“其理由就是：单是团结全党同志还不能战胜敌人，必须团结全国人民才能战胜敌人”。他着重地说：“对于一切愿意同我们合作以及可能同我们合作的人，我们只有同他们合作的义务，绝无排斥他们的权利。”关于党八股，毛泽东认为它是主观主义和宗派主义的宣传工具或表现形式。如果不把党八股除去，那末，生动活泼的革命精神就不能启发，拿不正确态度对待马克思主义的恶习就不能肃清，真正的马克思主义就不能得到广泛的传播和发展。他说：“主观主义、宗派主义和党八股，这三种东西，都是反马克思主义的，都不是无产阶级所需要的”。“这些东西在我们党内，是小资产阶级思想的反映。”
关于整风的意义，毛泽东强调：“只要我们党的作风完全正派了，全国人民就