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为了促成和谈成功，毛泽东还作了许多相应的部署。从四月二日至十一日，分别致电总前委邓小平、陈毅，第二野战军领导人刘伯承、张际春、李达，第三野战军领导人粟裕、张震，告诉他们：一、李宗仁、白崇禧要求我军勿攻安庆，驻安庆桂军可以撤退等语。我们认为可不攻安庆，让安庆守军向武汉撤退；二、依据谈判情况，决定我军推迟一星期渡江，即由十五日渡江推迟到二十二日渡江；三、目前数日内（十一日至十六日）请令各部不要发生任何战斗（尤其是芜湖、镇江对岸）。
四月十三日晚，以周恩来为首的中共代表团同以张治中为首的南京政府代表团，举行第一次正式谈判，讨论由中共代表团提出的和平协议方案。张治中回忆道：“当时（南京政府）代表团同人有这样的一个共同认识：对国民党方面，认为失败是肯定的，我们既然注定失败，何必还一定拖累国家和人民。”⒀他们在会后提出一个修正案，包括修改意见四十多条。中共方面经过研究，接受了所提修改意见中的过半数，形成《国内和平协定》（最后修正案）。十四日，毛泽东致电前线指挥员告诉他们：“张治中等表示原则上接受我方草案，仅在个别问题上有意见。惟南京李、何、白、顾等是否能拒绝美蒋干涉（此种干涉现已加紧）愿意接受，则尚无把握。”⒁要他们做好多种准备。十五日晚，谈判双方举行第二次会议。张治中回忆道：这次会议以后，“代表团一致的意见，认为尽管条件过高些，如果能了然于‘败战求和’、‘天下为公’的道理，不囿于一派一系的私利，以国家元气、人民生命财产为重，那么就只有毅然接受”。因此，在代表团内部“大家表示只有接受这个《国内和平协定》为是。”⒂并决定派人带文件回南京去，劝国民党政府接受。十六日，毛泽东又致电前线指挥员：“南京是否同意签字，将取决于美国政府及蒋介石的态度。如果他们愿意，则可能于卯哿（四月二十日）签字，否则谈判将破裂。”他历来主张遇事要作好应付各种可能的准备，叮嘱前线指挥员：“你们的立脚点应放在谈判破裂用战斗方法渡江上面，并保证于二十二日（卯养）一举渡江成功。”⒃
四月二十日，南京政府复电，断然拒绝接受《国内和平协定》（最后修正案）。
第二天，作为中国人民革命军事委员会主席的毛泽东和中国人民解放军总司令朱德联名，发出《向全国进军的命令》，命令人民解放军：“奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭中国境内一切敢于抵抗的国民党反动派，解放全国人民，保卫中国领土主权的独立和完整。”⒄
根据毛泽东和朱德发出的《向全国进军的命令》，由总前委书记邓小平统一指挥的第二、第三野战军（原中原野战军和华东野战军），在西起江西湖口、东至江苏江阴的千里战线上，乘风破浪，分三路强渡长江。国民党长期苦心经营的长江防线顷刻瓦解。
四月二十三日，解放军占领国民党的统治中心南京。那天下午，“毛主席起床后，手里拿着《人民日报》号外，从屋里来到了院落的凉亭里。他坐在藤椅上，看起报纸来。因为报纸上登的是人民解放军占领南京的消息，所以他看报纸时心情是很高兴的。看完报纸，也没有在院子里散步，也没有和任何人交谈，他就回到办公室里去了。在办公室里，又把报纸看了一遍，边看边在报纸上画了一些杠杠和圈圈。”⒅看完报纸，他就给刘伯承、邓小平写了贺电，又写了一首《七律·人民解放军占领南京》：
钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而慷。宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。天若有情天亦老，人间正道是沧桑。
“宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。”这两句诗清楚地表达了毛泽东要把革命进行到底的决心。当人民解放军南渡长江时，国民党的总兵力还有二百零四万人，控制全国人口的百分之五十八，城市的百分之六十三，土地面积的百分之七十三。上海、青岛等地还驻有美、英等国的军舰和海军陆战队。但国民党军队的精锐主力已被歼灭，剩余的军队中只有白崇禧部和西北的马步芳、马鸿逵部还有较强的战斗力，胡宗南部正由西北向西南撤退。由于人心已去，士气涣散，已难以组织坚强有力的抵抗。国民党军队和地方实力派中，不少人不愿再打内战，正在酝酿起义。大进军的形势十分有利。
为了实现解放全中国的任务，毛泽东经过同中央军委其他领导人和前线指挥员磋商决定，以第一野战军（包括解放太原后的第十八、第十九两兵团）向西北进军；第二、第三野战军担负渡江解放京、沪、杭、苏南、皖南、赣东、浙、闽全省；第四野战军先以一个兵团牵制武汉白崇禧集团，保障第二、三野战军的渡江，尔后在六、七两月执行江汉战役，并完成渡江准备工作，八月渡江。
随着进军形势的胜利发展，特别是上海即将解放，五月二十三日，毛泽东对进军部署作了新的调整。他在电报中指出：“二野目前任务是准备协助三野对付可能的美国军事干涉，此项准备是必需的，有此准备即可制止美国的干涉野心，使美国有所畏，而不敢出兵干涉。但在上海、宁波、福建等处被我占领，并最好由三野以一部兵力协助山东攻占青岛（假如上海占领后，青岛敌军尚未撤退）以后，美国出兵干涉的可能性就很少了，那时二野就可以西进了。”
根据正在变化的形势，他在这个电报中分别规定了各野战军下一步的进军目标：第三野战军应当迅速准备提早入闽。第二野战军应准备在两个月以后，“以主力或全军向西进军，经营川、黔、康”。第四野战军现有两个军渡江，还有六个军约在六月上、中旬渡江，“十一月或十二月可能占领两广。”并提出：在占领广西之后，四野“应以一部经百色入云南”。第一野战军“年底以前可能占领兰州、宁夏、青海，年底或年初准备分兵两路：一路由彭德怀率领位于西北，并于明春开始经营新疆；一路由贺龙率领经营川北，以便与二野协作解决贵州、四川、西康三省。”⒆七月间，他又决定云南归第二野战军经营。
对解放台湾的问题，毛泽东也在考虑中。七月十日，他写信给周恩来，根据朱德的建议，提出可考虑选派三四百人去苏联学习空军。同时购买飞机一百架左右，连同现有的空军组成一个攻击部队，掩护渡海，准备明年夏季夺取台湾。⒇
这样，毛泽东和他的战友们就制定出了一个“解放全国人民，保卫中国领土主权的独立与完整”的战略规划。为了实现上述任务，毛泽东又提出一系列具体的作战指导方针。
第一，“先占城市，后占乡村”。这是因为，国民党的残余军事、政治、经济力量，主要集中在江南和西北、西南的大中城市和主要交通线上；现在人民解放军在兵力上已占绝对优势，只有把进攻的矛头集中指向各大中城市，才能最快最有效地消灭敌人，加速胜利的到来。
第二，“实行大迂回，大包围”。在渡江后的大进军中，国民党军队几乎是一触即退，尽力避免作战，准备在西南重新站住脚跟，进行顽抗，并在不利时将大批军队撤往国外。如果他们这个意图得逞，将给全国解放和新中国的建设带来不少麻烦。针对这个情况，毛泽东作出大胆而果断的决定：“我对白崇禧及西南各敌均取大迂回动作，插至敌后，先完成包围，然后再回打之方针。”（21）并具体指出：“和白部作战方法”，无论在什么地方，“均不要采取近距离包围迂回方法，而应采远距离包围迂回方法，方能掌握主动，即完全不理白部的临时部署，而远远地超过他，占领他的后方，迫其最后不得不和我作战。”（22）对原在西北，这时正退据陕南汉中的胡宗南部，毛泽东提出：“为使伪府放心迁往重庆，而不迁往台湾”，及使胡宗南部不致早日入川起见，“你们暂时似不宜去占汉中”，以便稳住胡宗南。（23）他又指示：“胡宗南部全军正向四川撤退，并有向昆明撤退消息，蒋介石、何应钦及桂系正在做建都重庆、割据西南梦，而欲消灭胡军及川、康诸敌，非从南面进军断其退路不可。”（24）这种大刀阔斧的远后方、远距离的战略大迂回、大包围，和在陕南拖住胡宗南部以利全歼的方针，具有远见卓识和宏大气魄，是毛泽东歼灭战思想在战略进攻阶段的重要发展。
第三，利用矛盾，“各个歼灭敌人”。在西北，实行“钳马打胡”和“钳胡打马”。国民党在西北的军事力量，有胡宗南集团和青海、宁夏的马步芳、马鸿逵部。胡宗南集团是蒋介石的嫡系部队，二马是地方军阀，两者之间存在一定的矛盾。五月二十日，第一野战军解放西安。接着又控制了渭河南北地区。五月二十六日，毛泽东致电第一野战军：“依你们现有兵力，可以打胡，不能同时对马，而欲同时对马，必须等候十八、十九两兵团开到或至少一个兵团开到，方有把握，否则无把握。因此，你们应耐心等候三四个星期，不要性急，待十八、十九两兵团开到，打几个好仗，即可直取兰州，基本上解决西北问题。只要胡马不走，仗是总有打的。”（25）六月中旬，第一野战军在运动作战中击破了胡宗南和两马所部共二十万人的联合进攻，解放军第十八、十九兵团先头部队也相继开到西安、咸阳等地。胡宗南部退至扶风、宝鸡、凤县地区，二马退至邠州、长武地区，都想借助对方力量，互为犄角，阻止解放军进军甘、宁、青或南下汉中。二十六日，毛泽东致电第一野战军，要求他们以部分兵力钳制两马，集中主力采取迅速行动以包围并歼灭胡宗南部四、五个军。（26）第二天，他又复电彭德怀指出：如二马只作小撤退则先打两马、后打胡宗南是正确的，但打两马比较打胡为费力；如两马作大的撤退，距胡部较远，就实行钳马打胡。（27）根据这个方针，第一野战军七月中旬在扶风、眉县地区，歼灭胡宗南部四个军四万余人，取得西进中的关键性胜利。
这以后，已遭受严重打击的胡宗南部退守佛坪、凤县及陇南地区，二马退至平凉地区，胡、马两部已经远离。七月二十三日，毛泽东批准彭德怀实行“钳胡打马”的计划。八月二十六日，解放兰州，歼灭马步芳部主力二万七千多人。九月二十三日，解放银川，马鸿逵部全部覆灭。
第四，在采行战斗方式的同时，“尚须兼取政治方式去解决”。毛泽东在《向全国进军的命令》中已要求人民解放军：“向任何国民党地方政府和地方军事集团宣布国内和平协定的最后修正案。对于凡愿停止战争、用和平方法解决问题者，你们即可照此最后修正案的大意和他们签订地方性的协定。”（28）
为推动和争取国民党军队和地方政府接受和平解决，毛泽东做了大量工作。渡江战役发起前，他就数次致电前线指挥员，要他们派人同国民党海军第二舰队司令林遵及苏南、皖南国民党军队的一些将领联系，推动他们起义。八月六日，他致电彭德怀说：“我们认为，西北地区甚广，民族甚复杂，我党有威信的回民干部又甚少，欲求彻底而又健全又迅速的解决，必须采用政治方式，以为战斗方式的辅助。现在我军占优势，兼用政治方式利多害少。”（29）
毛泽东还亲自致电、致函给国民党地方高级党政军负责人，勉励他们起义站到人民方面来，如程潜是国民党元老，在国民党内地位很高，过去有过同共产党合作的关系，同蒋介石等有矛盾。一九四五年秋，毛泽东到重庆进行和平谈判时，曾对程潜说过寄予厚望的话。一九四八年七月，程潜受到蒋介石、白崇禧等的排挤，由武汉行辕主任改任长沙绥靖公署主任兼湖南省政府主席。人民解放军渡江前夕，他已在考虑同共产党合作，实行“应变”。一九四九年三月，程潜的故旧章士钊受中国共产党的委托，在南京见到程潜，转达了毛泽东对他的殷切期望，说明不咎既往，还将给予礼遇，使程潜坚定了起义的决心。程潜回湖南后，在六月间将他表示起义决心的“备忘录”通过关系送给毛泽东。七月四日，毛泽东亲笔复电程潜。电文是：
“颂云先生勋鉴：备忘录诵悉。先生决心采取反蒋反桂及和平解决湖南问题之方针，极为佩慰。所提军事小组联合机构及保存贵部予以整编、教育等项意见，均属可行。此间已派李明灏兄至汉口林彪将军处，请先生派员至汉与林将军面洽，商定军事小组联合机构及军事处置诸项问题。为着迅赴事功打击桂系，贵处派员以速为宜。如遇桂系压迫，先生可权宜处置一切，只要先生决心站在人民方面反美、反蒋、反桂，先生权宜处置，敝方均能谅解。诸事待理，借重之处尚多。此间已嘱林彪将军与贵处妥为联络矣。”（30）
程潜在七月十一日收到这个复电，反复看了几遍，高兴地说：“湖南的问题，去年就开始酝酿，由于没有得到毛主席的指示，宝盒子还没有揭盖，顾虑很多，现在有了这封信，真是湖南人的喜讯，喜讯啊！”并表示决心“早日实现湖南和平起义”。
当时，准备追随程潜起义的国民党军第一兵团司令官陈明仁，因一九四七年六月坚守四平曾受到蒋介石的嘉奖，担心共产党不会宽容他，心里有所顾虑。毛泽东估计到这一情况，对章士钊谈过：“当日，陈明仁是坐在他们的船上，各划各的船，都想划赢嘛！这是理所当然的。我们会谅解，只要他站过来就行了，我们还要重用他。”（31）陈明仁看了章士钊给程潜的亲笔信，里面讲到毛泽东这一段话，顾虑尽除，加快了准备起义的步伐。
一九四九年八月四日，程潜、陈明仁等在人民解放军策应下，在长沙宣布起义。这件事在国民党统治区内的震动很大，对加速中国南部的解放起了重要的推动作用。
此外，毛泽东还通过已站到人民方面来的国民党军政要员对国民党剩余军队作争取工作。兰州解放的十三天后，也就是九月八日，毛泽东在中南海约见张治中，对他说：西北野战军已经由兰州及青海分两路进军新疆。希望张治中去电新疆军政当局，敦促他们起义。张治中表示：我早有此意，只是自五月以后，我同陶峙岳、包尔汉没有联系了。毛泽东说，我们已经在伊宁建立了电台，你如有电报，可发至伊宁再转迪化（注：即今乌鲁木齐）。
九月十日，张治中发电给陶、包称：“今全局演进至此，大势已定，且兰州解放，新省孤悬，兄等为革命大义、为新省和平计，亦即为全省人民及全体官兵利害计，亟应及时表明态度，正式宣布与广州政府断绝关系，归向人民民主阵营。在中央人民政府未成立前，接受人民革命军事委员会之领导。治深知毛主席对新省各族人民、全体官兵、军政干部，常表关切，必有妥善与满意之处理。”（32）这个电报，在九月十五日由中国共产党的联络员邓力群从伊宁秘密飞往迪化时，转交给陶峙岳、包尔汉。九月十七日，陶、包联名复电张治中称：“新疆前途，承详切指示，至深感激。”并表示：“在保障国家领土、维护本省和平及避免军队无谓牺牲之三项原则下，选择时机，和平转变�