支持的，他们尤其担忧教会在加尔文的带领下，会完全不受政府的控制。因此，加尔文与市议会一直处在相当微妙的紧张但又彼此合作的关系里。在他的努力下，市议会在 1541年通过他所拟订的《教会组织法》，及一份信徒学道集。翌年，再通过颁行他所订定的教会礼仪和音乐。
在加尔文的带领下，各项改革措施渐次推行；但由於他的改革得罪当时的权贵及自由派人士，他受到不少攻击。直到 1555年，由於支持一场武装的民众暴动事败，自由派的好些骨干成员被迫逃亡；在主要的反对者离开後，加尔文才算全面控制日内瓦的大局。他在1559年才被接纳为日内瓦的公民，也就是他到这个城市後二十年，距离他逝世前五年。
加尔文的健康一直不佳，每天只吃一顿饭，每晚只睡四小时；才三十岁便开始疾病缠身，五十岁後更形恶化，最後在五十四岁辞世。
III．加尔文的宗教改革。
A．政教关系。
在《基督教要义》里，加尔文书提到他认为牧师并不具备出任公职的资格，政治和社会事务应由平信徒负责。但在日内瓦期间，他发现宗教与政治事务难以分割，宗教规范同时亦是社会及伦理规范，必须藉赖政治力量来推行，世俗事务与神圣事务同时并进，相辅相成。因此，他积极参与市议会的立法工作，监管社会的日常事务。加尔文热衷投入社会事务，曾为他招来不少批评，他也得多方论此答辩。
1．教会与市议会。
加尔文认为教会的权力应由牧者和平信徒共同分担行使，但在他的眼中，平信徒不是指所有参与聚会的信徒，而是当时的市政府官员（magistrates）。官员与教职人员同属圣职人员，教会的政策方向由他们共同策划厘订；并且，教牧人员并非由平信徒自由选立，乃是由市议会委任。
市议会人员每星期聚集一次。聚会的开始先是查考圣经，然後才商议各种事项，包括委任每个查经班的教员。加尔文积极推行宗教教育，要求全城市民参加。长老是负责纪律的政府官员，他们监察市民的伦理道德，定期递交报告；而牧师也得频繁探访信徒，了解他们的信仰境况。加尔文希望市政府协助推行教会事务，当教会法庭裁定某个人有罪後，便转交市政府执法惩处。
不过，在纯粹的信仰问题上，加尔文却坚持只有由牧师组成的牧师团（pany of Pastors）才有发言权，市议会不得过问。譬如禁止某个犯罪者领圣餐，或将之开除出教，市议会便无权推翻教会的决定。1548年，他曾就停止一位行为不检的信徒鲁斯（Guichard Roux）领圣餐的问题，而与市议会公开决裂，并声言他宁可死亡，也不容许这人分享主餐，结果市议会妥协，他获得胜利。同样地，市政府无权过问牧师的讲道内容，因为加尔文认为这关乎上帝的道，没有任何人间权力可以在上帝的道之上。
加尔文关心社会的圣洁过於其建设，而维护社会圣洁乃透过两方面的途径来施行：一是加强社会纪律的控制，二是加强牧者对信徒的教导；前者由市议会负责，复者则是教会的任务。
日内瓦不是一个大城市，人口不太多，故加尔文有能力对市民的生活作钜细无遗的监控。1550年，市政府授权牧师每年至少探访信徒一次，检查他们的家庭是否遵守教会规定。《教会组织法》规定成立教会法庭（the consistory），由牧师和市议会委任的十二位平信徒身分的长老所组成，专责审理信徒所犯与信仰有关的罪行，但不处理民事和刑事的纠纷。这个属灵的政府模仿自巴塞尔的组织。教会法庭派人彻底搜查信徒家里是否藏有诸如占卜、算命等异教书籍，是否有信徒从事不良的或骗人的买卖以谋取暴利等。教会法庭最高的权力是开除犯罪者出教。
加尔文深信没有人可以在不受监管的情况下自行为善，外在的纪律不但不会妨碍人培养自律精神，反而是必要的辅助。
虽然教会法庭也审理许多牵涉信徒日常生活的案件，但加尔文谨慎地区分出何者属於教会的监管范围，何老是世俗政府的事务。至少在理论上，他没有建立一个政教合一的国家的打算。不过，由於所有居民都是信徒，放政治与宗教事务确实是不易界分的（即使＿界分了亦不见得为所有人接受），例如教会法庭制订银行利率、进出口商品的价格，甚至规定禁食时间。据教会史家察域（Owen，Chadwick ）的分析，加尔文非常抗拒公共社会陷於无秩序的状态中，故才积极参与公众事务。
我们可不要以为加尔文在日内瓦是全无敌人对手，可以像暴君般任意妄为。事实上，一直有许多反对他的人，特别是前述的那些自由派的人。其实不少自由派人士，都出身於日内瓦显赫的高门大族，他们大多在道德操守上有亏，故期望加尔文能对其罪行网开一面，特别对待。但在加尔文看来，即使是世俗君王，在万王之王的上帝跟前亦不过是蝼蚁而已，故毫不容情地予以处分。他们乃因此对加尔文切齿痛恨，屡次找他的麻烦。正因当时日内瓦的政治事务与宗教事务互相纠缠，反对加尔文的人所借助的是政治力量，而他亦得以政治手段予以还击。1547年，长期反对加尔文的古埃（ Jacques Gruet）便因通敌叛国罪被处死。
自从服膺改教思想後，加尔文对人文主义不再感兴趣，对与人文主义共生的「自由主义。（Libertarianism）更是极其厌恶，视之为反基督教的异端。事实上，他在日内瓦工作的初段，主要敌人不是来自天主教，而是自由派的阵营，当中包括不少政府高官。直到1555年他们藉词反对法籍移民以推翻加尔文事败，被迫逃亡後，市议会才落回一群道德主义者的手中。自此以後，日内瓦变成一个纲纪森严的社会。
2．建立『上帝的国』。
加尔文欲使日内瓦变成一可见的「上帝的国』，以圣经教训来管治人民，社会纪律非常森严。
当时市议会通过繁琐的法律，限制人们的衣著、饮食、言行，及生活的每个层面，如监管货品的售卖价格、服务收费、银行利率，以至货品的供求等；甚至禁止用圣经以外的名字为孩子起名。
即使是在家里举行私人聚会，他们也得遵守政府和教会的法令，而在公共场所的规限，便更为严格了。曾有人主张全面禁止跳舞，而玩纸牌等娱乐亦在绝对禁制之列。凡触犯法令玩纸牌者，会以纸牌造成枷锁枷号示众：甚至新娘在出嫁时衣著过分豪奢，也可能会被逮捕入狱。此等规定大都不是由加尔文提出的，他也从未主持过市议会的会议；而我们也有理由相信，以上的严厉规条是得到当时大多数民众所支持的。
加尔文亦极其抗拒卖淫行为，曾企图用火将妓女烧死，却遭到市议会反对。及後在1558年，市议会通过凡第二次触犯卖淫罪的，便须戴上帽子游街示众。加尔文又建议取缔所有酒馆，将之改为咖啡店，其经营方法亦受市议会严格控制，客人严禁在店内说下流的言语，粗鄙的音乐也要禁止。倘若客人不谢饭，便不准为其上菜。
必须公允地说，加尔文并非一个完全不肯妥协的人，他甚至接纳别人对他个人的冒犯。譬如说，1554年，市议会竟然要求审查他所出版的一本新书，他虽然深觉被侮辱，却也作出让步。但是，他却不肯在有关信仰的问题上作任何的妥协。其中一个常为人提及的事例是这样的：生产玩具及纸牌的厂商安姆（Pierre Ameaux），由於日内瓦全城严禁纸牌，他的生意大减。在某个宴会中，他出言攻击加尔文，认为他的教导有欠正确。加尔文得悉後愤怒非常，下令重重惩治他，结果安姆被捕，除公开认罪外，又被囚禁了五个星期。加尔文认为这惩罚仍未足够，进一步要求安姆公开忏悔，市议会最後同意将安姆游街示众，在不同地点下跪认罪。加尔文坚持此事并非仅关乎他个人的声誉，更是牵连到他所作的教导，而这正是与真理相关的，所以必须严肃处理。
1553年，在加尔文强力影响下，一名为塞尔维塔斯（MichaelServetus）的异端者在日内瓦被判以火刑。塞氏是西班牙人，原本修习法律，在天主教会当文书，後来眼膺宗教改革思想，辗转在巴塞尔和施塔斯堡当教师。他自1531年起，便写书公开反对三位一体论，指这教义来自魔鬼，结果招致天主教及更正教的领袖（如布塞）分别谴责，并要将他逮捕延讯，但他以假名匿藏了一段时间。
1540年起，塞氏在维也纳（Vienna）定居，开始写信给加尔文，表达他个人的神学见解，并且撰写了一本《新基督教要义》（ Restitutio）来批判加尔文的说法。他对加尔文的感情是复杂的，既崇拜这位更正教的神学巨人，又志切打倒他以自呜身价。加尔文对塞尔维塔斯标奇立异的神学主张极表憎恶，乃揭穿他在书信往还时所暴露了的真正身分，後来塞氏在法国被天主教会逮捕，幸而逃脱。几年後，塞尔维塔斯竟然来到日内瓦，加尔文得悉此事後，提出控告，结果他被拘捕。在加尔文的指证下，塞尔维塔斯被定为异端，被判处以火刑。这件事并未引起欧洲太大的震动，大概这种做法在当时也不算太罕见，但此事在日後却成为反对加尔文派者指控加尔文的一个主要罪状。
B。崇拜及圣台重新定位。
1．重视讲坛。
加尔文可不是一个仅仅热衷於执行教会纪律的人。他除了监控教会及社会的运作外，更主张树立属灵榜样，鼓励善行。他相信人具有自制和自律的能力，而正确知识是正确行为的先决条件，放正面教育较负面责罚更为重要。为此，他每天藉讲道来教育群众。1549年，日内瓦的市议会通过规定，要求牧者由原来隔天讲道一次改为每天讲道一次，这个规定在1569年为苏格兰所效法。
加尔文强调信徒皆祭司的观念，因此非常看重讲道的地位。他认为每个信徒都有责任了解和认识信仰，教会亦须要求所有人都阅读及明白圣经。当然在那个哈候识字率还不太高，要每个信徒都读圣经是不可能的事，所以教会有责任教导信徒读圣经；而专职宗教人员的身分亦因此由教士（Priest）转变为牧者（Pastor），他们的主要责任是作传道者（Preacher）。讲道是加尔文及改革宗的崇拜神学的重心。
在他看来，牧者必须首先是讲道者，讲道是牧者一生最重要的职事，一个没有定时讲道的人，根本不应保留牧者的衔头；所以天主教的教皇若是以主持会议为其主要的日常职务，他便不配称为主教。在宗教改革以後，特别是在加尔文所开创的改革宗传统里，基督教才将讲道抬举到如此崇高的位置；而讲道亦成了宗教改革得以成功、更正教得以蓬勃发展的主要元素。讲道是改教者成功发动一场灵魂战争的致胜武器。
加尔文是一位极出色的讲者，能用希腊文及希伯来文版本圣经直接教导。他认定圣经作为上帝的话语，必要藉圣灵的引导和印证才能开启揭露，让人发现真理（efficacious confirmation），而讲道正是上帝藉人的口来说话；因此，讲道不是牧师对圣经的理解和体会的个人分享，却是上帝在自行说话，其权威与重要性由此可见。
由於讲道不是人在说话，因此必须受上帝的道所约制，加尔文认为唯一合法的讲道是释经讲道。讲道的内容由圣经限定，讲员不能随意寻觅或剪裁章节（今所谓＇专题讲道＇ ，却要由旧约圣经创世记开始，逐章逐节讲解下去，不能偏废或遗漏。加尔文对讲坛的重视，由此可见一斑。
2．圣礼观的改革。
更正教拒绝接受天主教传统的圣礼观（Sacraments），尤其否认弥撒（主日崇拜）是一个献祭。加尔文大刀阔斧地革除公共崇拜里所有繁琐而又具有神秘主义含义的礼仪，将聚会扣紧在宣讲上帝的道和施行圣餐两方面；一切仪式必须从简，并且必须有正确的教义作为其基础。上帝的道若非藉此被陈明，一切礼仪便都是空洞无物，了无价值的。
在圣餐的问题上，加尔文当然拒绝传统大公教会所倡言的变质说（Transubstantiation），他不相信司祭的有任何神圣活力，可以在祝圣後便把饼和杯转变成耶稣基督的身体及宝血。不过，他对路德宣称耶稣基督亲身及真实地临在（real presence）於圣餐中，使饼和杯同时兼具神性和物性两重性质（Consubstantiation）的说法，也有若干的保留。他宁可说基督的临在是属灵的临在（spiritualpresence），认为他的临在是真实的，但却非机械性地依附在饼和杯的物性中，藉吃喝的行动而进入我们的生命中；而是因著领受圣餐者的信心，他与我们联合，并使信心发生功效。对加尔文而言，圣餐的主要意义和功用，在於具象徵性地说明上帝的道，而非上帝真实的临在。
受加尔文影响下，更正教传统既不相信变质说，也不认为弥撒是一台祭礼；公共崇拜就变成一个聚会，其意义在於让信众聆听上帝的话，并付之实践。因此，讲道成为公共崇拜的中心：离开上帝的道，便没有崇拜可言。
C．教会组织变革。
加尔文拟定的《教会组织法》，对当时及日後的更正教会均有重大影响。
加尔文反对天主教会的教皇制度，认为这既不合乎圣经，亦与初期教会的做法不符。没有一个使徒的地位明显地凌驾於其馀的使徒之上，而初期教会基本上是各地自治的，主教不过是由当地教会所选立的罢了，他们的地位亦不超过扮演协调者（moderator）的角色。
加尔文相信教会最重要的职责是传讲上帝的话语，故教会的组织必须依据这个目标而设计。按照保罗的职事清单，加尔文认为使徒这个职分已成为历史，而负责讲道的先知亦可由牧师和教师统摄，因此教会最重要的两个职事是牧师和教师。牧师最大的职责是宣讲，而教师〔他又称为学者（doctor）则是教导和护卫真理。至於教会的管理权，则落在一群长老及由他们所组成的长老议会身上，而这就是前文提到的教会法庭。这些长老之中，既有牧者亦有平信徒，平信徒便是市议会的成员。他们同时是政治领袖和教会领袖。最後，教会也有一群专责慈惠和庶务工作的执事。因此，教会存在著四重职事：牧师、教师、长老和执事。
日後领导苏格兰进行宗教改革并建立苏格兰改革宗的诺克斯（John Knox， 1514－1572），便进一步将这个长老体制发展成＇长老宗教会＇（Presbyterianism），并将长老分作两种：一种由平信徒组成而专责教会管理事务的，称为＇ 管理长老＇ （RulingElder），而同时负责讲道的牧师称为「教导长老」（TeachingElder）。他们的职权相等，分别只在於是否担负讲道之责。
许多时候，我们对＇ 信徒皆祭司＇ 这个宗教改革的信条有所误解，以为这即等於泯除一切牧师和平信徒的分别。为示平等，所有从前由牧师专责承办的，如今信徒都可以分一杯羹； 因此平信徒可以擘饼、可以施洗、可以讲道。我不反对有人作如是主张，但得指出，这绝非马丁路德、加尔文等改教者的想法，也非＇信徒皆祭司＇此教义的原来或必须蕴含的意思。「信徒皆祭司。的意思是：所有人在上帝面前的地位是均等的； 没有人会比其他人更加神圣。可是，马丁路德和加尔文都强调信徒各有不同的恩赐，并且得按其恩赐来分派在教会里