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万历二十六年，国亨子疆臣袭职。会播州杨应龙反，疆臣亦以戕杀安定事为有司所案。科臣有言其逆节渐萌者，诏不问，许杀贼图功。疆臣奏称：“播警方殷，臣心未白。”上复优诏报之。巡抚郭子章许疆臣以应龙平后还播所侵水西乌江地六百里以酬功，于是疆臣兵从沙溪入。有蜚语水西佐贼者，总督李化龙檄诘之，疆臣遂执贼二十余人，率所部夺落濛关，至大水田，焚桃溪庄。应龙伏诛。初，应龙之祖以内难走水西，客死。宣慰万铨挟之，索水烟、天旺地，听还葬，其地遂为水西所据。及播州平，分其地为遵义、平越二府，分隶蜀、黔，以渭河中心为界。总督王象乾代化龙，命疆臣归所侵播州地。子章奏言：“侵地始于万铨，而非疆臣。安氏迫取于杨相丧乱之时，非擅取于应龙荡平之日。且臣曾许其裂土，今反夺其故地，臣无面目以谢疆臣，愿罢去。”象乾疏言：“疆臣征番，歼应龙子惟楝不实，首功可知。至佯败弃阵，送药往来，欺君助逆，迹已昭然。令还侵地，不咎既往，已属国家宽大。若因其挟而予之，彼不为恩，我且示弱。疆臣既无功，不与之地，正所以全抚臣之信。宜留抚臣罢臣，以为重臣无能与蕞尔苗噂沓者之戒。”于是清疆之议，累年不决。兵部责令两省巡按御史勘报，而南北言官交章诋象乾贪功起衅。科臣吕邦耀复劾子章纳贿纵奸，子章求去益力。象乾执疆臣所遣入京行贿之人与金，以闻于朝。然议者多右疆臣，尚书萧大亨遂主巡按李时华疏，谓：“征播之役，水西不惟假道，且又助兵。矧失之土司，得之土司，播固输粮，水亦纳赋，不宜以土地之故伤字小之仁，地宜归疆臣。”于是疆臣增官进秩，其母得赐祭，水西尾大之患，亦于是乎不可制矣。
三十六年，疆臣死，弟尧臣袭。四十一年，乌撒土舍谋逐安效良，尧臣以追印为名，领兵数万长驱入滇，直薄沾益州，所过焚掠，备极惨毒。朝廷方以越境擅兵欲加尧臣罪，而尧臣死。子位幼，命其妻奢社辉摄事。社辉，永宁宣抚奢崇明女弟。崇明子寅犷悍，与社辉争地，相仇恨。而安邦彦者，位之叔父也，素怀异志，阴与崇明合。及崇明反，调兵水西，邦彦遂挟位叛以应之，位幼弱不能制。邦彦更招故宣慰土舍宋万化为助，率兵趋毕节，陷之，分兵破安顺、平坝、沾益。而万化亦率苗仲九股陷龙里，遂围贵阳，自称罗甸王，时天启二年二月也。巡抚李枟方受代，闻变，与巡按御史史永安悉力拒守。贼攻不能克，则沿岩制栅，断城中出入。镇将张彦芳将兵二万赴援，隔龙里不得进。贵州总兵杨愈懋、推官郭象仪与贼战于江门而死。外援既绝，攻益急，城中粮尽，人相食，而拒守不遗余力。中朝方急辽，不之省。已，以王三善为巡抚，仓卒调兵食，大会将士，分兵二道进。三日抵龙头营，屡败贼兵，遂夺龙里。邦彦闻新抚自将大兵数十万，惧甚，遂退屯龙洞。前锋杨明楷率乌罗兵击死安邦俊，遂乘胜抵贵阳城下，先以五骑传呼曰：“新抚至矣。”举城欢呼更生。贵阳被围十余月，城中军民男妇四十万，至是饿死几尽，仅余二百人。详《李枟》及《三善传》中。
贵阳围既解，邦彦远遁陆广河外。三善遣使谕社辉母子缚邦彦以降。大军至者日益众，三善欲因粮于敌。又诸军视贼过易，杨明楷营于三十里外。邦彦复纠诸苗来攻，师败，明楷为所执。邦彦势复张，合众欲再围贵阳。三善遣兵三路御之，破生苗寨二百余，擒万化等，焚其积聚数万。龙里、定番四路并通，诸苗畔者相继降。邦彦气夺不敢出，于鸭池、陆广诸要地掘堑屯兵，为自守计。时奢崇明为蜀兵所败，计穷投水西，与邦彦合。
三年，三善督兵攻大方贼巢，擒土司何中尉等，进营红崖。连破天台、水脚等七囤，夺其天险。别将亦破贼于羊耳，追至鸭池河，夺其战象。遂深入至红鸟冈，诸苗奔溃。三善率兵直入大方，奢社辉、安位焚其巢，窜火灼堡，邦彦奔织金。位遂遣人赴镇远，乞降于总督杨述中。许之，令擒崇明父子自赎，一意主抚。而三善责并献邦彦，当并用剿，议不合。往返间已逾数月，邦彦得益兵为备。三善粮不继，焚大方，还贵州，道遇贼，三善为所害。邦彦率数万众来追，总理鲁钦力御之，大战数日，大军无粮，乘夜皆溃，钦自刭。贼烧劫诸堡，苗兵复助逆，贵阳三十里外樵苏不行，城中复大震。初，大方东倚播，北倚蔺，相为掎角。后播、蔺既平，贼惟恃乌撒为援，而毕节为四夷交通处。当三善由贵阳陆广深入大方百七十里，皆罗鬼巢窟，以失地利而陷。天启间，硃燮元为蜀督，建议滇兵出沾益，遏安效良应援，分兵于天生桥、寻甸等处，以绝其走；蜀兵临毕节，扼其交通之路，而别出龙场岩后，以夺其险；黔兵由普定渡思腊河，径趋邦彦巢，由陆广、鸭池捣其虚；粤西兵出泗城，分道策应；然后大军由遵义鼓行而前。寻以忧去，未及用。总督闵梦得继之，亦以贵州抵大方路险，贼惟恃毕节一路外通。我兵宜从永宁始，自永宁而普市，而摩泥，而赤水，百五十里皆坦途。赤水有城郭可凭而守，宜结营进逼。四十里为白岩，六十里为层台，又六十里为毕节。毕节至大方不及六十里，贼必并力来御，须重兵扼之，断其四走之路，然后遵义、贵阳克期而进，亦不果用。及是黔事棘，诏起燮元总督贵、云、川、广。于是燮元再莅黔，时崇祯元年也。
奢崇明自号大梁王，安邦彦自号四裔大长老，其部众悉号元帅。悉力趋永宁，先犯赤水。燮元授意守将佯北，诱深入，度贼已抵永宁，分遣别将林兆鼎从三岔入，王国祯从陆广入，刘养鲲从遵义入。邦彦分兵四应，力不支。罗乾象复以奇兵绕其背，急击之，贼大惊溃，崇明、邦彦皆授首。邦彦乱七年而诛。燮元乃移檄安位，赦其罪，许归附。位竖子不能决，其下谋合溃兵来拒。燮元扼其要害，四面迭攻，斩首万余级。复得向导，辄发窖粟就食，贼益饥。复遣人至大方烧其室庐，位大恐，遂率四十八目出降。燮元奏请许之，报可。而前助邦彦故宣慰宋万化之子嗣殷亦至是始剿灭。乃以宋氏洪边十二马头地置开州，建城设官。燮元复遣兵平摆金五洞诸叛苗，水西势益孤。十年，安位死，无嗣，族属争立。朝议欲乘其敝郡县之。燮元奏未可骤，乃传檄土目，谕以威德，诸苗争纳土献印。贵阳甫定，而明亦旋亡矣。
思南，即唐思州。宋宣和中，番部田祐恭内附，世有其地。元改宣慰司。明洪武初，析为二宣慰，属湖广。永乐十一年置思南府，领长官司四：曰水德江，曰蛮夷，曰沿河祐溪，曰朗溪。思州领长官司四：曰都坪峨异溪，曰都素，曰施溪，曰黄道溪。
初，太祖起兵平伪汉，略地湖南。思南宣慰使田仁智遣都事杨琛来归附，并纳元所授宣慰诰。帝以率先来归，俾仍为思南道宣慰使，以三品银印给之，并授琛为宣抚使。思州宣抚使田仁厚亦遣都事林宪、万户张思温来献镇远、古州军民二府，婺川、功水、常宁等十县，龙泉、瑞溪、沿河等三十四州。于是命改思州宣抚为思南镇西等处宣慰使司，以仁厚为使，俱岁朝贡不绝。
二年，仁厚死，子弘正袭。帝以思南土官世居荒服，未尝诣阙，诏令率其部长入朝。九年，仁智入觐，加赐织金文绮，并谕以敬上爱下保守爵禄之道。仁智辞归，至九江龙城驿病卒。有司以闻，遣官致祭，并敕送柩归思南。时思州田弘正与其弟弘道等来朝，帝命礼部皆优赐。十一年，仁智子大雅袭，奉表谢恩。命思南收集各洞弩手二千人，备征调。十四年，大雅入朝。十八年，思州诸洞蛮作乱，命信国公汤和等讨之。时寇出没不常，闻师至，辄窜山谷间，退则复出剽掠。和等师抵其地，恐蛮人惊溃，乃令军士于诸洞分屯立栅，与蛮人杂耕，使不复疑。久之，以计擒其魁，余党悉定，留兵镇之。二十年移思南宣慰于镇远。大雅来谢恩。思州宣慰弘正死，子琛袭。三十年，大雅母杨氏来朝。
永乐八年，大雅死，子宗鼎袭。初，宗鼎凶暴，与其副使黄禧构怨，奏讦累年。朝廷以田氏世守其土，又先归诚，曲与保全，改禧为辰州知府。未几，思州宣慰田琛与宗鼎争沙坑地有怨。禧遂与琛结，图宗鼎，构兵。琛自称天主，禧为大将，率兵攻思南。宗鼎挈家走，琛杀其弟，发其坟墓，并戮其母尸。宗鼎诉于朝，屡敕琛、禧赴阙自辨，皆拒命不至，潜使奸人入教坊司，伺隙为变。事觉，遣行人蒋廷瓚召之，命镇远侯顾成以兵压其境，执琛、禧械送京师，皆引服。琛妻冉氏尤强悍，遣人招诱台罗等寨苗普亮为乱，冀朝廷遣琛还招抚，以免死。帝闻而锢之。
以宗鼎穷蹙来归，得未减，令复职，还思南。而宗鼎必得报怨，以绝祸根。帝以宗鼎幸免祸，不自惩，乃更逞忿，亦留之。宗鼎出诽言，因发祖母阴事，谓与禧奸，实造祸本。祖母亦发宗鼎缢杀亲母渎乱人伦事。帝命刑部正其罪，谕户部尚书夏原吉曰：“琛、宗鼎分治思州、思南，皆为民害。琛不道，已正其辜。宗鼎灭伦，罪不可宥。其思州、思南三十九长官地，可更郡县，设贵州布政使司总辖之。”命顾成剿台罗诸寨。成斩苗贼普亮，思州乃平。十二年遂分其地为八府四州，贵州为内地，自是始。两宣慰废，田氏遂亡。
正统初，蛮夷长官司奏土官衙门婚姻，皆从土俗，乞颁恩命。帝以土司循袭旧俗，因亲结婚者，既累经赦宥不论，继今悉依朝廷礼法，违者罪之。景泰间，思南府奏府四面皆山，关隘五处，无城可守，乞发附近土军修筑。命巡抚王来经画之。
镇远，故为竖眼大田溪洞。元初，置镇远沿边溪洞招讨使，后改为镇远府。洪武五年改为州，隶湖广。永乐十一年仍改府，属贵州。领长官司二：曰遍桥，曰邛水十五洞。领县二：曰镇远，即金容金达、杨溪公俄二长官司地；曰施秉，即施秉长官司地也。洪武二十年，土官赵士能来朝，贡马。三十年，镇远鬼长菁等处苗民作乱，指挥万继、百户吴彬战死。都指挥许能率兵会偏桥卫军击败之，众散走。永乐初，镇远长官何惠言：“每岁修治清浪、焦溪、镇远三桥，工费浩大。所部临溪部民，皆佯、儣、亻苗、佬，力不胜役，乞令军民参助。”从之。
宣德初，镇远邛水奥洞蛮苗章奴劫掠清浪道中，为思州都坪峨异溪长官司所获。其父苗银总劫取之，聚兵欲攻思州。因令赤溪洞长官杨通谅往抚，银总伏兵杀谅，又掠埂洞。命总兵官萧授调辰、沅诸卫兵万四千人剿之，会于清浪卫，指挥张名讨银总，克奥洞，尽杀其党，银总遁。正统三年革镇远州，以镇远、施秉二长官司隶镇远府。十二年，巡按御史虞祯奏：“贵州蛮贼出没，抚之不从，捕之不得，若非设策，难以控制。臣观清水江等处，峭壁层崖，仅通一径出入，彼得恃险为恶。若将江外山口尽行闭塞，江内山口并津渡俱设关堡，屯兵守御，又择寨长有才干者为办事官，庶毋疏虞。”从之。十四年命振偏桥卫，以被苗寇杀掠，不能自存，有司以请，从之。
天顺七年，镇守湖广太监郭闵奏：“贵州洪江贼苗虫虾等纠合二千余人，伪称王侯，攻劫镇远屯寨。抚谕不服，请合兵进讨。”命总兵官李震、李安等分道入，贼退守平坤寨，官兵追至清水江，获虫虾，并斩贼首飞天侯、苗老底、额头等六百四十余人，并复黎平之赤溪湳洞，贼平。弘治十年改镇远金容金达长官司为镇远州，设流官。时土官碖父子罪死，土人思得流官，守臣以闻，报可。
万历末，邛水长官司杨光春贪暴，土目彭必信济之箕敛。苗不堪，将上诉改设流官，光春与必信遂谋反，言官兵欲剿诸苗，当敛金赎，得金五百余。都御史何起鸣诇知之，捕光春下狱，瘐死。于是每四户择壮兵一人，立四哨，不为兵者佐糗粮鱼盐，简土吏何文奎等掌之。必信复醵诸苗金，诉于朝，言巴也、梁止诸寨为乱，指挥使陶效忠不问，反索土官杨光春金而杀之。改旧例用新法，不便。书上，意自得，归谒知府王一麟。一麟缚之下狱，檄诸苗，言：“若等十五洞所苦者，以兵饷月米三斗过甚耳。然岁给白虫铺米，每洞月八斗，他于平溪驿剩余征银两，皆可足饷。我为若通之，毋为必信所诬。”苗皆悦服，乃坐必信罪。时有土舍杨载清者应袭推官，尝中贵州乡试，命于本卫加俸级优异之。
天启五年，巡抚傅宗龙奏：“苗寇披猖，地方受害，乞敕偏沅抚臣移镇偏桥，勿复回沅，凡思、石、偏、镇等处俾练兵万余人，平时以之剿苗，大征即统为督臣后劲，庶苗患宁而西贼之气亦渐夺矣。”报可。
铜仁，元为铜人大小江等处军民长官司。洪武初，改为铜仁长官司。永乐十一年置铜仁府。万历二十六年始改铜仁长官司为县治。领长官司五：曰省溪，曰提溪，曰大万山，曰乌罗，曰平头著可。乌罗者，本永乐时分置贵州八府之一也，所属有朗溪长官司、答意长官司、治古长官司，而平头著可长官司亦隶焉。
宣德五年，乌罗知府严律己言：“所属治古、答意二长官石各野等聚众出没铜仁、平头、甕桥诸处，诱胁蛮贼石鸡娘并筸子坪长官吴毕郎等共为乱，招抚不从。缘其地与镇溪、酉阳诸蛮接境，恐相煽为乱。请调官土军分据要地，绝其粮道，且捕且抚。事平之后，宜置卫所巡司以守之。”事闻，命总兵官萧授及镇巡诸司议。于是授筑二十四堡，环其地守之。兵力分，卒难扞御。贼四出劫掠，杀清浪卫镇抚叶受，势益獗。七年，巡按御史以闻，且言生苗之地不过三百余里，乞别遣良将督诸军殄灭。授言：“残苗吴不尔等遁入筸子坪，结生苗龙不登等攻劫湖广五寨及白崖诸寨，为患滋甚。宜令川、湖、贵州接境诸官军、土兵分路并力攻剿，庶除边患。”从之。既降敕谕授，言：“暴师久，恐蹉跌为蛮羞，或抚或剿，朕观成功，不从中制。
八年，授奏言：“臣受命统率诸军进攻贼巢，破新郎等寨，前后生擒贼首吴不跳等二百一十二人，斩吴不尔、王老虎、龙安轴等五百九十余级，皆枭以徇，余党悉平。还所掠军民男妇九十八口，悉给所亲。获贼妇女幼弱一千六百余口，以给从征将士。”并械吴不跳等献京师。帝顾谓侍臣曰：“蛮苗好乱，自取灭亡，然于朕心，不能无恻然也。”授威服南荒，前后凡二十余年。
正统三年革乌罗府，所属治古、答意二长官司，乱后残民无几，亦并革之，以乌罗、平头著可隶铜仁，以朗溪隶思南，从巡按御史请也。景泰七年，平头著可长官司奏其地多为蛮贼侵害，乞立土城固守，从之。成化十一年，总兵官李震奏：“乌罗苗人石全州，妄称元末明氏子孙，僭称明王，纠众于执银等处作乱，邻洞多应之。因调官军往剿，石全州已就擒，而诸苗攻劫未已。”命镇巡官设策抚捕，未几平。嘉靖二十二年，平头苗贼龙桑科作乱，流劫湖广桂阳间，甚獗。帝以诸苗再叛，责激乱者，而起都御史万镗往讨之。明年，镗奏叛苗以次殄灭，惟龙母叟虽降，然其罪大，宜置重典。命安置辽东。未几，龙子贤复叛。二十六年，湖�