军府，设左、右参军。十七年，五军各设左、右断事二人，提控案牍一人，并从九品二十三年，升五军断事官为正五品，总治五军刑狱。分为五司，司设稽仁、稽义、稽礼、稽智、稽信五人，俱正七品，各理其军之刑狱。二十九年，置五军照磨所，专掌文牍。建文中，革断事及五司官。永乐元年，设北京留守行后军都督府，置左、右都督，都督同知，都督佥事，无定员，经历、都事各一人。后又分五府，称行在五军都督府。十八年，除“行在”字，在应天者加“南京”字。洪熙元年，复称行在，仍设行后府。宣德三年又革。正统六年，复除“行在”字。
京营，永乐二十二年，置三大营，曰五军营，曰神机营，曰三千营。五军、神机各设中军、左右哨、左右掖；五军、三千各设五司。每营俱选勋臣二人提督之。其诸营管哨、掖官，曰坐营，曰坐司。各哨、掖官，亦率以勋臣为之。又设把总、把司、把牌等官。又有围子手、幼官、舍人、殚忠、效义诸营，俱附五军营中。景泰元年选三营精锐立十团营，莅以总兵，统以总督，监以内臣。其旧设者，号为老营。三老营凡六提督，内选其二领团营。成化三年，分团营为十二，每营又各分五军、三千统骑兵，神机统火器。其各营统领，俱择都督、都指挥或列爵充之，以总督统辖之。正德中，又选团营精锐，置东西两官厅，另设总兵、参将统领。嘉靖二十九年，革团营官厅，仍并三大营，改三千曰神枢，设副、参、游、佐、坐营、号头、中军、千把总等官。五军营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，参将一；车兵四营，游击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；战兵七营，练勇参将一；车兵八营，参将一；车兵九营，游击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，随征千总四，随营千总二十，选锋把总八，把总一百三十八。已上俱营推。神枢营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，参将一；车兵四营，游击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；车兵七营，练勇参将一；执事八营，参将一；城守九营，佐击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，千总二十，选锋把总六，把总一百五十七。已上俱营推。神机营：战兵一营，左副将一；战兵二营，练勇参将一；车兵三营，游击将军一；车兵四营，佐击将军一；城守五营，佐击将军一；战兵六营，右副将一；车兵七营，练勇参将一；城守八营，佐击将军一；城守九营，佐击将军一；城守十营，佐击将军一；备兵坐营官一，大号头官一。已上部推。监枪号头官一，中军官十一，千总二十，选锋把总六，把总一百二十八。已上俱营推。通计三大营，共五百八十六员。统以提督总兵官一员。已，改提督曰总督，铸“总督京营戎政”印，俾仇鸾佩之。更设侍郎一人，协理京营戎政。定巡视科道官岁一代更，悉革内侍官。增设巡视主事，寻亦革。隆庆初，仍以总督为提督，改协理为阅视，寻并改阅视为提督。四年二月，更京营制，三营各设提督，又各设右都御史一员提督之。九月，罢六提督，仍复总督戎政一人。天启初，增设协理一人，已，仍革一人。崇祯初，复增一人。
京卫指挥使司，指挥使一人，正三品指挥同知二人，从三品指挥佥事四人。正四品镇抚司，镇抚二人，从五品其属，经历司，经历，从七品知事，正八品吏目，从九品仓大使、副使各一人。所辖千户所，多寡各不等。
京卫有上直卫，有南、北京卫，品秩并同。各有掌印，有佥书。其以恩廕寄禄，无定员。凡上直卫亲军指挥使司，二十有六。曰锦衣卫，曰旗手卫，曰金吾前卫。曰金吾后卫，曰羽林左卫，曰羽林右卫，曰府军卫，曰府军左卫，曰府军右卫，曰府军前卫，曰府军后卫，曰虎贲左卫。是为上十二卫，洪武中置。曰金吾左卫，曰金吾右卫，曰羽林前卫，曰燕山左卫，曰燕山右卫，曰燕山前卫，曰大兴左卫，曰济阳卫，曰济州卫，曰通州卫。是为上十卫，永乐中置。曰腾骧左卫，曰腾骧右卫，曰武骧左卫，曰武骧右卫。宣德八年置。番上宿卫名亲军，以护宫禁，不隶五都督府。其京卫隶都督府者，三十有三。曰留守左卫，曰镇南卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰沈阳左卫，曰沈阳右卫，隶左军都督府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰武德卫，隶右军都督府。曰留守中卫，曰神策卫，曰应天卫，曰和阳卫，及牧马千户所、蕃牧千户所，俱隶中军都督府。曰留守前卫，曰龙骧卫，曰豹韬卫，隶前军都督府。曰留守后卫，曰鹰扬卫，曰兴武卫，曰大宁中卫，曰大宁前卫，曰会州卫，曰富峪卫，曰宽河卫，曰神武左卫，曰忠义右卫，曰忠义前卫，曰忠义后卫，曰义勇右卫，曰义勇前卫，曰义勇后卫，曰武成中卫，曰蔚州左卫，隶后军都督府。又京卫非亲军而不隶都督府者，十有五。曰武功中卫，曰武功左卫，曰武功右卫，已上三卫以匠故，隶工部。曰永清左卫，曰永清右卫，曰彭城卫，曰长陵卫，曰献陵卫，曰景陵卫，曰裕陵卫，曰茂陵卫，曰泰陵卫，曰康陵卫，曰永陵卫，曰昭陵卫。
明初，置帐前总制亲军都指挥使司，以冯国用为都指挥使。后改置金吾侍卫亲军都护府，设都护，从二品经历，正六品知事，从七品照磨。从八品。又置各卫亲军指挥使司，设指挥使，正三品同知指挥使，从三品副使，正四品经历，正七品知事，正八品照磨，正九品千户所正千户，正五品副千户，从五品镇抚、百户。正六品因置武德、龙骧、豹韬、飞龙、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、骁骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司，此设亲军卫之始。寻罢金吾侍卫亲军都护府。洪武、永乐间，增设亲军诸卫，名为上二十二卫，分掌宿卫。而锦衣卫主巡察、缉捕、理诏狱，以都督、都指挥领之，盖特异于诸卫焉。留守五卫，旧为都镇抚司，总领禁卫，先属中书省，改隶大都督府，设都镇抚，从四品副镇抚，从五品知事，从八品寻改宿卫镇抚司，设宿卫镇抚、宿卫知事。洪武三年，改为留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣造作之事。后升为留守都卫，统辖天策、豹韬、飞熊、鹰扬、江阴、广洋、横海、龙江、水军左、右十卫。八年，复为留守卫，与天策等八卫俱为亲军指挥使司，惟水军左、右二卫为指挥使司。并隶大都督府。十一年，改为留守中卫，增置留守左、右、前、后四卫，仍为亲军。十三年，始分隶五都督府。
锦衣卫，掌侍卫、缉捕、刑狱之事，恒以勋戚都督领之，恩廕寄禄无常员。凡朝会、巡幸，则具卤簿仪仗，率大汉将军共一千五百七员等侍从扈行。宿卫则分番入直。朝日、夕月、耕耤、视牲，则服飞鱼服，佩绣春刀，侍左右。盗贼奸宄，街途沟洫，密缉而时省之。凡承制鞫狱录囚勘事，偕三法司。五军官舍比试并枪，同兵部莅视。统所凡十有七。中、左、右、前、后五所，领军士。五所分銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢、驯马十司，各领将军校尉，以备法驾。上中、上左、上右、上前、上后、中后六亲军所，分领将军、力士、军匠。驯象所，领象奴养象，以供朝会陈列、驾辇、驮宝之事。
明初，置拱卫司，秩正七品，管领校尉，属都督府。后改拱卫指挥使司，秩正三品。寻又改为都尉司。洪武三年，改为亲军都尉府，管左、右、中、前、后五卫军士，而设仪鸾司隶焉。四年，定仪鸾司为正五品，设大使一人，副使二人。十五年，罢仪鸾司，改置锦衣卫，秩从三品，其属有御椅等七员，皆正六品。设经历司，掌文移出入；镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠。十七年，改锦衣卫指挥使为正三品。二十年，以治锦衣卫者多非法凌虐，乃焚刑具，出系囚，送刑部审录，诏内外狱咸归三法司，罢锦衣狱。成祖时复置。寻增北镇抚司，专治诏狱。成化间，刻印畀之，狱成得专达，不关白锦衣，锦衣官亦不得干预。而以旧所设为南镇抚司，专理军匠。
旗手卫，本旗手千户所，洪武十八年改置。掌大驾金鼓、旗纛，帅力士随驾宿卫。校尉、力士，佥民间壮丁为之。校尉专职擎执卤簿仪杖，及驾前宣召官员，差遣干办，隶锦衣卫。力士专领金鼓、旗帜，随驾出入，及守卫四门，隶旗手卫。凡岁祭旗头六纛之神，八月于坛，十二月于承天门外，皆卫官莅事，统所五。
府军前卫，掌统领幼军，轮番带刀侍卫。明初，有带刀舍人。洪武时，府军等卫皆有习技幼军。永乐十三年，为皇太孙特选幼军，置府军前卫，设官属，指挥使五人，指挥同知十人，指挥佥事二十人，卫镇抚十人，经历五人。统所二十有五。
金吾、羽林等十九卫，掌守卫巡警，统所凡一百有二。
腾骧等四卫，掌帅力士直驾、随驾，统所三十有二。
南京守备一人，协同守备一人。南京以守备及参赞机务为要职。守备，以公、侯、伯充之，兼领中军都督府事。协同守备，以侯、伯、都督充之，领五府事。参赞机务，以南京兵部尚书领之。其治所在中府，掌南都一切留守、防护之事。永乐十九年迁都北京，命中府掌府事官守备南京，节制南京诸卫所。洪熙元年，始以内臣同守备。景泰三年，增设协同守备一人。
南京五军都督府，左、右都督，都督同知，都督佥事，不全设。其掌印、佥书，皆以勋爵及三等都督为之。分掌南京卫所，以达于南京兵部。凡管领大教场及江上操备等事，各府奉敕分掌之。城门之管钥，中府专掌之。初设城门郎，洪武十八年革，以门禁锁钥铜牌，命中军都督府掌之。其属，经历、都事各一人。
南京卫指挥使司，设官详京卫凡四十有九。分隶五都督府者三十有二。曰留守左卫，曰镇南卫，曰水军左卫，曰骁骑右卫，曰龙虎卫，曰龙虎左卫，曰英武卫，曰龙江右卫，曰沈阳左卫，曰沈阳右卫，隶左府。曰留守右卫，曰虎贲右卫，曰水军右卫，曰武德卫，曰广武卫，隶右府。曰留守中卫，曰神策卫，曰广洋卫，曰广天卫，曰和阳卫，及牧马千户所，隶中府。曰留守前卫，曰龙江左卫，曰龙骧卫，曰飞熊卫，曰天策卫，曰豹韬卫，曰豹韬左卫，隶前府。曰留守后卫，曰横海卫，曰鹰扬卫，曰兴武卫，曰江阴卫，隶后府。又亲军卫指挥使司十有七：曰金吾前卫，曰金吾后卫，曰金吾左卫，曰金吾右卫，曰羽林左卫，曰羽林右卫，曰羽林前卫，曰府军卫，曰府军左卫，曰府军右卫，曰府军后卫，曰虎贲左卫，曰锦衣卫，曰旗手卫，曰江淮卫，曰济州卫，曰孝陵卫。与左府所属十卫，右府所属五卫，前府所属七卫，后府所属五卫，并听中府节制。各卫领所一百一十有八。
王府护卫指挥使司，设官如京卫。
王府仪卫司。仪卫正一人，正五品仪卫副二人，从五品典仗六人。正六品仪卫，掌侍卫仪仗。护卫，掌防御非常，护卫王邸。有征调，则听命于朝。明初，诸王府置护军府。洪武三年，置仪卫司，司设正、副各一人，秩比正、副千户；司仗六人，秩比百户。四年，改司仗为典仗。五年，置亲王护卫指挥使司，每王府设三护卫，卫设左、右、前、后、中五所，所千户二人，百户十人。又设围子手二所，每所千户一人。九年，罢护军府。建文中，改仪卫司为仪仗司，增置吏目一人。成祖初复旧制。
总兵官、副总兵、参将、游击将军、守备、把总，无品级，无定员。总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。
凡总兵、副总兵，率以公、侯、伯、都督充之。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西前将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军，辽东曰征虏前将军，宣府曰镇朔将军，甘肃曰平羌将军，宁夏曰征西将军，交阯曰副将军，延绥曰镇西将军。诸印，洪熙元年制颁。其在蓟镇、贵州、湖广、四川及亻赞运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又增设于临洮、山海。天启间，增设登莱。至崇祯时，益纷不可纪，而位权亦非复当日。盖明初，虽参将、游击、把总，亦多有充以勋戚都督等官，至后则杳然矣。
镇守蓟州总兵官一人，旧设。隆庆二年，改为总理练兵事务兼镇守，驻三屯营。协守副总兵三人。东路副总兵，隆庆二年添设，驻建昌营，管理燕河营、台头营、石门寨、山海关四路。中路副总兵，万历四年改设，驻三屯营，带管马兰峪、松棚峪、喜峰口、太平寨四路。西路副总兵，隆庆三年添设，驻石匣营，管理墙子岭、曹家寨、古北口、石塘岭四路。分守参将十一人，曰通州参将，曰山海关参将，曰石门寨参将，曰燕河营参将，曰石塘岭参将，曰台头营参将，曰太平寨参将，曰马兰峪参将，曰墙子岭参将，曰古北口参将，曰喜峰口参将。游击将军六人，统领南兵游击将军三人，领班游击将军七人，坐营官八人，守备八人，把总一人，提调官二十六人。
镇守昌平总兵官一人，旧设副总兵，又有提督武臣。嘉靖三十八年，裁副总兵，以提督改为镇守总兵，驻昌平城，听总督节制。分守参将三人，曰居庸关参将，曰黄花镇参将，曰横岭口参将。游击将军二人，坐营官三人，守备十人，提调官一人。
镇守辽东总兵官一人，旧设，驻广宁。隆庆元年，令冬月移驻河东辽阳适中之地，调度防御，应援海州、沈阳。协守副总兵一人，辽阳副总兵旧为分守，嘉靖四十五年改为协守，驻辽阳城，节制开原、海州、险山、沈阳等处。分守参将五人。曰开原参将，曰锦义右参将，曰海盖右参将，曰宁远参将，曰宽奠堡参将。游击将军八人，守备五人，坐营中军官一人，备御十九人。
镇守保定总兵官一人。弘治十八年，初设保定副总兵，后改为参将。正德九年，复为分守副总兵。嘉靖二十年，改为镇守。三十年，改设镇守总兵官。万历元年，令春秋两防移驻浮图峪，遇有警，移驻紫荆关，以备入援。分守参将四人，曰紫荆关参将，曰龙固二关参将，曰马水口参将，曰倒马关参将。游击将军六人，坐营中军官一人，守备七人，把总七人，忠顺官二人。
镇守宣府总兵官一人，旧设，驻宣府镇城。协守副总兵一人，副总兵旧亦驻镇城，嘉靖二十八年移驻永宁城。分守参将七人，曰北路独石马营参将，曰东路怀来永宁参将，曰上西路万全右卫参将，曰南路顺圣蔚广参将，曰中路葛峪堡参将，曰下西路柴沟堡参将，曰南山参将。游击将军三人，坐营中军官二人，守备三十一人，领班备御二人。万历八年革。
镇守大同总兵官一人，旧设，驻大同镇城。协守副总兵一人，旧为左副总兵，万历五年去左字，驻左卫城。分守参将九人，曰东路参将，曰北东路