数不常。万历九年裁兵科五人，户、刑二科各四人，礼科二人。十一年复设户、兵、刑三科各二人，礼科一人。六科，掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而颁之；有失，封还执奏。凡内外所上章疏下，分类抄出，参署付部，驳正其违误。吏科，凡吏部引选，则掌科即都给事中，以掌本科印，故名，六科同。同至御前请旨。外官领文凭，皆先赴科画字。内外官考察自陈后，则与各科具奏。拾遗纠其不职者。户科，监光禄寺岁入金谷，甲字等十库钱钞杂物，与各科兼莅之，皆三月而代。内外有陈乞田土、隐占侵夺者，纠之。礼科，监订礼部仪制，凡大臣曾经纠劾削夺、有玷士论者纪录之，以核赠谥之典。兵科，凡武臣贴黄诰敕，本科一人监视。其引选画凭之制，如吏科。刑科，每岁二月下旬，上前一年南北罪囚之数，岁终类上一岁蔽狱之数，阅十日一上实在罪囚之数，皆凭法司移报而奏御焉。工科，阅试军器局，同御史巡视节慎库，与各科稽查宝源局。而主德阙违，朝政失得，百官贤佞，各科或单疏专达，或公疏联署奏闻。虽分隶六科，其事属重大者，各科皆得通奏。但事属某科，则列其科为首。凡日朝，六科轮一人立殿左右，珥笔记旨。凡题奏，日附科籍，五日一送内阁，备编纂。其诸司奉旨处分事目，五日一注销，核稽缓。内官传旨必覆奏，复得旨而后行。乡试充考试官，会试充同考官，殿试充受卷官。册封宗室、诸蕃或告谕外国，充正、副使。朝参门籍，六科流掌之。登闻鼓楼，日一人，皆锦衣卫官监莅。洪武元年，以监察御史一人监登闻鼓，后令六科与锦衣卫轮直。受牒，则具题本封上。遇决囚，有投牒讼冤者，则判停刑请旨。凡大事廷议，大臣廷推，大狱廷鞫，六掌科皆预焉。
明初，统设给事中，正五品，后数更其秩。与起居注同。洪武六年，设给事中十二人，秩正七品，始分为六科，每科二人，铸给事中印一，推年长者一人掌之。九年，定给事中十人。十年，隶承敕监。十二年，改隶通政司。十三年，置谏院，左、右司谏各一人，正七品左、右正言各二人。从七品十五年，又置谏议大夫。以兵部尚书唐鐸为之。寻皆罢。二十二年，改给事中为源士，增至八十一人。初，魏敏、卓敬等凡八十一人为给事中。上以其适符古元士之数，改为元士。至是，又以六科为事之本源，改为源士。未几，复为给事中。二十四年，更定科员，每科都给事中一人，正八品。左、右给事中二人，从八品。给事中共四十人，正九品。各科分设员数，如前所列。建文中，改都给事中，正七品，给事中，从七品，不置左、右给事中。增设拾遗、补阙。成祖初，革拾遗、补阙，仍置左、右给事中，亦从七品。寻改六科，置于午门外直房莅事。六科衙门旧在砖门内尚宝司西。永乐中灾，移午门外东西，每夜一科直宿。宣德八年，增户科给事中，专理黄册。
中书科。中书舍人二十人，从七品直文华殿东房中书舍人，直武英殿西房中书舍人，内阁诰敕房中书舍人，制敕房中书舍人。并从七品，无定员。
中书科舍人掌书写诰敕、制诏、银册、铁券等事。凡草请诸翰林，宝请诸内府，左券及勘籍，归诸古今通集库。诰敕，公侯伯及一品至五品诰命、六品至九品敕命。勘合籍，初用二十八宿，后用《急就章》为号。诰敕之号，曰仁、义、礼、智，公、侯、伯、蕃王、一品、二品用之；曰十二支，曰文、行、忠、信，文官三品以下用之；曰千字文，武官、续诰用之。皆以千号为满，满则复始。王府及驸马都尉不编号，土官以文武类编。凡大朝会，则侍班。东宫令节朝贺，则导驾侍班于文华殿。册封宗室，则充副使。其乡试、会试、殿试，间有差遣，充授并如科员。大祀南郊，则随驾而供事。员无正贰，印用年深者掌之。文华殿舍人，职掌奉旨书写书籍。武英殿舍人，职掌奉旨篆写册宝、图书、册页。内阁诰敕房舍人，掌书办文官诰敕，番译敕书，并外国文书、揭帖，兵部纪功、勘合底簿。制敕房舍人，掌书办制敕、诏书、诰命、册表、宝文、玉牒、讲章、碑额、题奏、揭帖一应机密文书，各王府敕符底簿。
洪武七年，初设直省舍人十人，秩从八品，隶中书省。九年，为中书舍人，改正七品，寻又改从七品。十年，与给事中皆隶承敕监。建文中，革中书舍人，改为侍书，升正七品，入文翰馆，隶翰林院。成祖复旧制。寻设中书科署于午门外，定设中书舍人二十人。其恩廕带俸者，不在额内。宣德间，内阁置诰敕、制敕两房，皆设中书舍人。嘉靖二十年，选各部主事，大理寺评事，带原衔直诰敕、制敕两房。四十四年，两房员缺，令吏部考选举人为中书舍人。隆庆元年，令两房办事官不得升列九卿。按洪武间，置承敕监、洪武九年置，设令一人，正六品，丞二人，从六品。寻改令正七品，丞正八品。十年改令、丞为承敕郎，设二人，从七品。给事中、中书舍人咸隶焉。后罢。司文监、洪武九年置，设令一人，正六品，丞二人，从六品。寻改令正七品，丞正八品。十年罢。考功监，洪武八年置，设令、丞。九年定设令一人，正六品，丞二人，从六品。寻改令正七品，丞正八品。十八年罢。参掌给授诰敕之事。永乐初，命内阁学士典机务，诏册、制诰皆属之。而誊副、缮正皆中书舍人入办，事竣辄出。宣德初，始选能书者处于阁之西小房，谓之西制敕房。而诸学士掌诰敕者居阁东，具稿付中书缮进，谓之东诰敕房。此系办事。若知制诰衔，惟大学士与诸学士可带。正统后，学士不能视诰敕，内阁悉委于中书、序班、译字等官，于是内阁又有东诰敕房。因刘铉不与辅臣会食始。嘉靖末，复以翰林史官掌外制，而武官诰敕仍自其属为之。若诏赦、敕革之类，必由阁臣，翰林诸臣不得预。其直文华、武英两殿供御笔札者，初为内官职，继以中书分直，后亦专举能书者。大约舍人有两途，由进士部选者，得迁科道部属，其直两殿、两房舍人，不必由部选，自甲科、监生、生儒、布衣能书者，俱可为之。不由科甲者，初授序班，及试中书舍人，不得迁科道部属，后虽加衔九列，仍带衔办事。楷书出身者，或加太常卿衔，沈度、沈粲、潘辰等有加至翰林学士、礼部尚书者。洪武初，又有承天门待诏一人，阁门使四人，观察使十人，后俱革。
行人司。司正一人，正七品左、右司副各一人，从七品行人三十七人。正八品职专捧节、奉使之事。凡颁行诏赦，册封宗室，抚谕诸蕃，征聘贤才，与夫赏赐、慰问、赈济、军旅、祭祀，咸叙差焉。每岁朝审，则行人持节传旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微册，批缴内府。
初，洪武十三年置行人司，设行人，秩正九品。左、右行人，从九品。寻改行人为司正，左、右行人为左、右司副，更设行人三百四十五人。二十七年升品秩，以所任行人多孝廉人材，奉使率不称旨，定设行人司官四十员，咸以进士为之。非奉旨，不得擅遣，行人之职始重。建文中，罢行人司，而以行人隶鸿胪寺。成祖复旧制。
钦天监。监正一人，正五品监副二人。正六品其属，主簿厅，主簿一人，正八品春、夏、中、秋、冬官正各一人，正六品五官灵台郎八人，从七品，后革四人。五官保章正二人，正八品，后革一人。五官挈壶正二人，从八品，后革一人。五官监候三人，正九品，后革一人。五官司历二人，正九品五官司晨八人，从九品，后革六人。漏刻博士六人。从九品，后革五人。
监正、副，掌察天文、定历数、占候、推步之事。凡日月、星辰、风云、气色，率其属而测候焉。有变异，密疏以闻。凡习业分四科：曰天文，曰漏刻，曰回回，曰历。自五官正下至天文生、阴阳人，各分科肄业。每岁冬至日，呈奏明岁《大统历》，成化十五年改颁明岁历于十月朔日。移送礼部颁行。其《御览月令历》、《七政躔度历》、《六壬遁甲历》、《四季天象录》，并先期进呈。凡历注，御历注三十事，如祭祀、颁诏、行幸等类。民历三十二事，壬遁历七十二事。凡祭日，前一年会选以进，移知太常。凡营建、征讨、冠婚、山陵之事，则选地而择日。立春，则预候气于东郊。大朝贺，于文楼设定时鼓、漏刻报时，司晨、鸡唱，各供其事。日月交食，先期算其分秒时刻、起复方位以闻，下礼部，移内外诸司救之，仍按占书条奏。若食不及一分，与《回回历》虽食一分以上，则奏而不救。监官毋得改他官，子孙毋得徙他业。乏人，则移礼部访取而试用焉。五官正推历法，定四时。司历、监候佐之。灵台郎辨日月星辰之躔次、分野，以占候天文之变。观象台四面，面四天文生，轮司测候。保章正专志天文之变，定其吉凶之占。挈壶正知刻漏。孔壶为漏，浮箭为刻，以考中星昏旦之次。漏刻博士定时以漏，换时以牌，报更以鼓，警晨昏以钟鼓。司晨佐之。
明初，即置太史监，设太史令，通判太史监事，佥判太史监事，校事郎，五官正，灵台郎，保章正、副，挈壶正，掌历，管勾等官。以刘基为太史令。吴元年，改监为院，秩正三品。院使，正三品，同知，正四品，院判，正五品，五官正，正六品，典簿、雨旸司、时叙郎、纪候郎，正七品，灵台郎、保章正，正八品，副，从八品，掌历、管勾，从九品。洪武元年，征元太史张佑、张沂等十四人，改太史院为司天监，设监令一人，正三品少监二人，正四品监丞一人，正六品主簿一人，正七品主事一人，正八品五官正五人，正五品五官副五人，正六品灵台郎二人，正七品保章正二人，从七品监候三人，正八品司辰八人，正九品漏刻博士六人。从九品又置回回司天监，设监令一人，正四品少监二人，正五品监丞二人。正六品征元回回司天监郑阿里等议历。三年，改司天监为钦天监。四年，诏监官职专司天，非特旨不得升调。又定监官散官。监令，正仪大夫；少监，分朔大夫；五官司，司玄大夫；监丞，灵台郎；五官保章正，平秩郎；五官灵台郎，司正郎；五官挈壶正，挈壶郎。十四年，改钦天监为正五品，设令一人，丞一人，属官五官正以下，员数如前所列。俱从品级授以文职散官。二十二年，改令为监正，丞为监副。三十一年，罢回回钦天监，以其历法隶本监。明初，又置稽疑司，以掌卜筮，未几罢。洪武十七年，置稽疑司，设司令一人，正六品，左、右丞各一人，从六品，属官司筮，正九品，无定员。寻罢。
太医院。院使一人，正五品院判二人。正六品其属，御医四人，正八品，后增至十八人，隆庆五年定设十人。生药库、惠民药局，各大使一人，副使一人。
太医院掌医疗之法。凡医术十三科，医官、医生、医士，专科肄业：曰大方脉，曰小方脉，曰妇人，曰疮疡，曰针灸，曰眼，曰口齿，曰接骨，曰伤寒，曰咽喉，曰金镞，曰按摩，曰祝由。凡医家子弟，择师而教之。三年、五年一试、再试、三试，乃黜陟之。凡药，辨其土宜，择其良楛，慎其条制而用之。四方解纳药品，院官收贮生药库，时其燥湿，礼部委官一员稽察之。诊视御脉，使、判、御医参看校同，会内臣就内局选药，连名封记药剂，具本开写药性、证治之法以奏。烹调御药，院官与内臣监视。每二剂合为一，候熟，分二器，一御医、内臣先尝，一进御。仍置历簿，用内印钤记，细载年月缘由，以凭考察。王府请医，本院奉旨遣官或医士往。文武大臣及外国君长有疾，亦奉旨往视。其治疗可否，皆具本覆奏。外府州县置惠民药局。边关卫所及人聚处，各设医生、医士或医官，俱由本院试遣。岁终，会察其功过而殿最之，以凭黜陟。
太祖初，置医学提举司，设提举，从五品同提举，从六品副提举，从七品医学教授，正九品学正、官医、提领。从九品寻改为太医监，设少监，正四品监丞。正六品吴元年，改监为院，设院使，秩正三品，同知，正四品，院判，正五品，典簿，正七品。洪武三年，置惠民药局，府设提领，州县设官医。凡军民之贫病者，给之医药。六年，置御药局于内府，始设御医。御医局，秩正六品，设尚药、奉御二人，直长二人，药童十人，俱以内官、内使充之。设御医四人，以太医院医士充之。凡收受四方贡献名药及储蓄药品，奉御一人掌之。凡供御药饵，医官就内局修制；太医院官诊视。十四年， 改太医院为正五品，设令一人，丞一人，吏目一人。属官御医四人，俱如文职授散官。二十二年，复改令为院使，丞为院判。嘉靖十五年，改御药房为圣济殿，又设御药库，诏御医轮直供事。
上林苑监。左、右监正各一人，正五品左、右监副各一人，正六品，监正、监副后不常设，以监丞署职。左、右监丞各一人。正七品其属，典簿厅，典簿一人。正九品良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署，各典署一人，正七品署丞一人，正八品录事一人。正九品
监正掌苑囿、园池、牧畜、树种之事。凡禽兽、草木、蔬果，率其属督其养户、栽户，以时经理其养地、栽地而畜植之，以供祭祀、宾客、宫府之膳羞。凡苑地，东至白河，西至西山，南至武清，北至居庸关，西南至浑河，并禁围猎。良牧，牧牛羊豕，蕃育，育鹅鸭鸡，皆籍其牝牡之数，而课孳卵焉。林衡，典果实、花木，嘉蔬，典莳艺瓜菜，皆计其町畦、树植之数，而以时苞进焉。
洪武二十五年，议开上林院，度地城南。自牛首山接方山，西并河涯。比图上，太祖谓有妨民业，遂止。永乐五年，始置上林苑监，设良牧、蕃育、嘉蔬、林衡、川衡、冰鉴及典察左右前后十属署。洪熙中，并为蕃育、嘉蔬二署。以良牧、川衡并蕃育，冰鉴、林衡并嘉蔬，典察四署分并入。宣德十年，始定四署。正德间，增设监督内臣共九十九员。嘉靖元年，裁汰八十员，革蕃育、嘉蔬二署典署，林衡、嘉蔬二署录事。
中、东、西、南、北五城兵马指挥司。各指挥一人，正六品副指挥四人，正七品吏目一人。
指挥，巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁之事。凡京城内外，各画境而分领之。境内有游民、奸民则逮治。若车驾亲郊，则率夫里供事。凡亲、郡王妃父无官者，亲王授兵马指挥，郡王授副指挥，不管事。
明初，置兵马指挥司，设都指挥、副都指挥、知事。后改设指挥使、副指挥使，各城门设兵马。洪武元年，命在京兵马指挥司并管市司，每三日一次校勘街市斛斗、秤尺，稽考牙侩姓名，时其物价。五年，又设兵马指挥司分司于中都。十年，定京城及中都兵马指挥司秩俱正六品。先是秩正四品。改为指挥、副指挥，职专京城巡捕等事，革知事。二十三年，定设五城兵马指挥司，惟中城止称中兵马指挥司。俱增设吏目。建文中，改为兵马司，改指挥、副指挥为兵马、副兵马。永乐元年复旧。二年，设北京兵马指挥司。嘉靖四十一年，诏巡视五城御史，每年终，将各城兵马指挥会本举劾。隆庆间，御史赵可怀言：“五城兵马司官，宜取科贡正途，职检验死伤，理刑名盗贼，如两京知县。不职者，巡城御史纠劾之。”