胡宗宪的幕僚，当时对日本和倭寇、海盗研究最权威的郑若曾在《筹海图编》中曾这样说道：“富而淑者或登贡舶而来，或登商舶而来。凡在寇舶皆贫与为恶者也”，又说“真倭甚少，不过数十人为前锋，寇还岛，皆言做客回矣。……今之海寇动计数万，皆托言倭奴，而其实出于日本者不下数千，其余则皆中国之赤子、无赖者入而附之耳。大略福之漳郡居其大半，而宁绍往往亦间有之，夫岂尽为倭也”，又在《江南经略》中道：“凡海贼一起陆地之贼趁机窃发，所谓土倭子是也”。 郑若曾这里所言的“真倭甚少……今之海寇动计数万，皆托言倭奴……大略福之漳郡居其大半”，和前面提到朱纨笔记的序中记载说：“凡浙之寇皆闽之人也。闽之人始为回易，交通岛夷，以其货挟其人来吾海上，云为贾或有为盗者，非尽为也，然而驾巨舶，运轻帆，行于无涯之浸，飞枪机铳以为利，人莫敢撄之，则皆习为盗矣”的说法，是符合一致的。
由此可见，当时东南沿海最猖獗的海盗实际是福建的漳、泉海盗，而陆地上的一些武装抢劫团伙，也因为“倭寇”的出现而被笼统地归为“倭寇”，甚至包括葡萄牙人也一样被朱纨和当地官府称为“倭寇”。从这里还可以发现，海商们之所以会被视为寇，很大原因是他们在贸易时使用武力来保护自己，即：“然而驾巨舶，运轻帆，行于无涯之浸，飞枪机铳以为利，人莫敢撄之”，所以即使承认他们“非尽为也”，但也由于他们以武力来对抗明政府的这个特征，所以最终的冠名依然只能是“寇”。
至于其中的“倭寇”，如亲身参与平倭的郑若曾所言，一股倭寇中“真倭甚少，不过数十人为前锋，寇还岛，皆言做客回矣”。从这里可以知道几个问题，一是真正的倭寇人数很少，二是即使是真倭寇，在其国内也是不敢大肆声张的，权贵大贾和良民都是以商船和贡船形式来中国，只有那些“贫与为恶者”才来为寇。
这样一来则又出现了一个问题，如前所言，汪直在日本的声望和地位都相当之高，结交来往的都是权贵大贾，包括地方大名和城主，很受人尊敬。而以他如此庞大的势力和名望，不可能受制于那么少数几个即使在日本国内也被视为罪犯而要躲躲藏藏的倭寇。如果再联系后来他说可以在他控制的五岛地区内征兵“以夷攻夷”消灭倭寇这个话，则可以很清楚的知道，汪直并不受制于倭寇，实际是他控制了日本的五岛地区，包括对那一带居住人口的控制权。
而长期以来言之凿凿说是他勾连的倭寇“助、才、门多郎”这几个，其实是商人，《闽书·；岛夷志》就讲的很清楚，许栋、汪直于嘉靖二十四年“始诱博多津倭，助、才、门三人来市双屿”，“市”的意思很清楚，无许再多言了。
不过汪直手下肯定是有武装日本人的，但充其量只是其在日本往来行走达官贵人之间而雇佣浪人保镖以及船队成员而已。之所以这样说，是因为熟悉日本战国历史的人都应该知道，在当时的日本，社会等级制度之森严远过于中国，即使如丰臣秀吉也一样因为出身于农民而一直都被各大名和传统贵族们看不起，而要汪直这个外国商人带着日本罪犯或者无赖、贫民去行走豪门，这简直是不可想象的事情，等于天方夜谭，所以他在日本雇佣的本地护卫，就只能是那些没有藩主的武士，也就是所谓的浪人才可以，不然他根本无法进入日本上层社会的大门，更不用说取得如此之高的声望和地位了。而他船队中雇佣的日本人，明大臣范表在《海寇前议》中说汪直船队在日本有“哄带日本各岛贫穷倭奴”，谓是被“哄带”来的贫穷之人，且称之为“奴”，这些人在船队中地位之低下可想而知。因此，没有一处记载能证明日本人在汪直船队中具有领导地位，甚至连具备一定指挥权的小头目也没有。汪直船队的重要头领，一直都是清一色的是中国人，而且大多是他的同乡和亲属，如前期包括徐惟学、徐海叔侄，以及叶碧川（宗满）、王清溪（汝贤）、义子毛海峰以及他的侄子等人。
因此，这些都是在看待倭寇、海盗、海商和汪直等人时需要注意的问题。不能仅仅因为徐海曾经是汪直部下，就把早已经和汪直分道扬镳乃至敌对，最后在汪直的协助下才被消灭的徐海集团所为，都扣在汪直头上，也不能凡是倭寇和海盗的账，全都要算到汪直头上。
但是汪直所部，确实是和明政府在进行对抗的武装集团，而且他们人数众多船队规模庞大，又是多股部队在活动，如果说其中部分成员有掳掠行为，这并不值得奇怪。毕竟这是一群提着脑袋跑海的人，如果被抓住随时会被砍头，而其中更有相当部分的雇佣军和赤贫人员甚至罪犯，因此在这样的人员构成的武装势力中出现这些情况是正常的，也是不可避免的。而汪直势力从事的海外贸易，在当时原本也是“违法”行业，他们是当时的“违法”武装集团，因此不能以政治势力的高度去要求他们，他们的本质，就是一股为了商业利益而采用武力和政府对抗的武装势力。而汪直本人主观上也是不希望发生这样的事的，为了防止出现这样的情况，在其制定的船队规则中有一条就是不得擅自上岸，违者当众刺穿双耳，再犯立即处死。
这其中最关键的问题，在于汪直和他的船队绝不是靠烧杀掳掠为生的，这和“海盗”和“倭寇”有着本质上的区别。无论从什么样的记载中，都可以知道汪直船队的主要生存手段，是进行海外贸易和互市，而且汪直也确实在不断地努力，试图和明政府达成开放海禁的协议，从他当上真正的船队首领那天起，他就在追求这个目标，甚至于他的被捕也是因为他相信明政府会招安并同意互市而导致的，即使在知道自己有可能被杀的时候，他也没有放弃这个追求。
所以单只从这点来说，汪直势力就既不具备典型的海盗特征，也不符合倭寇的定义，而更符合海商的特征。
五，“吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓”
嘉靖三十六年（公元1557年）正月，胡宗宪兼任浙江巡抚事。这个时候蒋洲在汪直的帮助下，和日本山口、丰后二岛的岛主源义长、源义镇都达成了协议，日本归还被掠人口，并备方物入贡。胡宗宪以此事上奏朝廷，得到了支持，圣旨诏胡宗宪厚赉其使，使之还。
汪直经过两年和胡宗宪的接触，现在又得到了胡宗宪本人的正式保证，同时见到源义长、源义镇的使者被善待，因此开始慢慢打消了因为以前明政府官吏对他背信袭击而造成的不信任，同时也因为他自一开始的目的就是互市，而不是为寇，于是在这强烈愿望的驱使下，同年十月，汪直终于率领部分人马和贸易船队，前往浙江，而日本政府则派出的使者善妙等人，也一起搭乘汪直船队前来通贡互市，最后到达浙江岑港，汪直对胡宗宪说他此次的目的，依然还是希望“胡军门代为疏请通商”，“言不效徐海作俘囚，且欲一巡检职，使得稽压海上，开市以息兵。”（《胡梅林行实》）
此刻即使是朝廷，对招安汪直一事的态度也是支持的，但对互市一事的态度，却还是模糊不清，因为胡宗宪在此前在将汪直事宜上奏后，得到兵部的回答是：“直等本编民，既称效顺，即当释兵。乃绝不言及，第求开市通贡，隐若属国然，其奸叵测。宜令督臣振扬国威，严加备御。移檄直等，俾剿除舟山诸贼巢以自明。果海疆廓清，自有恩赉。”
而后汪直所部积极和明军配合，剿灭海盗、倭寇，于是“两浙倭渐平”，所以胡宗宪又继续上奏为汪直等人说话道：“贼首毛海峰自陈可愿还，一败倭寇于舟山，再败之沥表，又遣其党招谕各岛，相率效顺，乞加重赏。”（《明史》）
对这次的上奏，兵部则令胡宗宪便宜行事，所以才有了汪直的这次归还。可惜，其时朝中还有一派反对开互市的势力，譬如当时的巡按御史王本固等人。
由于上次徐海等人大规模入侵内地的原因，“倭寇”名声实在太盛，时人闻有武装船队自日本复来，顿时大是惊恐，纷纷传言倭寇复犯：“是时，浙东西伤于倭暴，闻直等以倭船大至，则甚惧，竟言其不便。”（《明世宗实录》）这恰好为王本固等人提供了攻击的口实，谓“直等意不可测，纳之恐招侮”，而不少朝臣也有如惊弓之鸟，既未见战事复起，也全然不顾汪直等人此前协助剿灭倭寇的和其图谋被招安及互市的事实，就纷纷开始指责胡宗宪即将酿成大祸：“宗宪且酿东南大祸，而浙中文武将吏亦阴持两可。”（《皇明驭倭录》）因此各路兵马严阵以待。
虽然以汪直此前所为，对他列兵严防并无什么不对，但在胡宗宪经过两年努力即将招安他的关键时刻，这实在容易让汪直怀疑明官吏们准备再次对他背信弃义，利用完了他卸磨杀驴，鸟兽尽而烹走狗。
汪直因此派出毛海峰前去责问胡宗宪道：“我等奉诏来，将息兵安境。谓宜使者远迎，宴犒交至。今盛陈军容，禁舟楫往来，公绐我耶？”
胡宗宪虽然一再解释，但汪直始终不相信，于是胡宗贤又令被他软禁在府中的汪直儿子写书招之，汪直对此则直截了当地回信说道：“儿何愚也。汝父在，厚汝。父来，阖门死矣。”
但汪直却有个致命的弱点，那就是他始终想能取得官方的互市许可。
所以最后他终于还是没能忍住这个诱惑，决定冒险一试，为了安全，他要求胡宗宪派一人质为押。而胡宗宪也确实是没想要算计他，确实是想招安他这股东南沿海最大的船队为己用的，于是派汪直表弟方大忠、把总刘朝恩、陈光祖，指挥夏正、通判吴成器等人和毛海峰一起前往汪直的船队，并以指挥夏正为人质。胡宗宪又预先写了为汪直请赦免的上疏，并引毛海峰入其卧室让毛看见，所以当毛海峰在回去后告知了汪直这个情况后，汪直决定晋见胡宗宪面谈。
汪直终于只和叶碧川（宗满）、王清溪（汝贤）三人极少数随从，前去入谒胡宗宪。
胡宗宪因为确实真想招抚汪直和开放互市，所以对他们慰藉之至，又为了改善他们和反对派巡按御史王本固等人的关系，建议他们前去拜见王本固，汪直等人则慨然应承。
但是，意外发生了。他们三人一到杭州就被王本固下了大狱。
胡宗宪闻讯大惊，知道出了大事，因为毛海峰的船队还在那里停着，这是会引发严重后果的，所以急忙上疏为汪直分辨，一面为汪直说好话，一面降低要求，请求让汪直带罪立功，“俾戍海上，系番夷心”，希望能保住汪直，而王本固则固争之。
这个时候，外边突然纷纷谣传胡宗宪是接受了贿赂的才这样卖力为汪直分辨，同时弹劾他在当地横征暴敛，额外征收而侵扰百姓，要求朝廷清查：“浙、直、福建近因军兴，经费不敷，额外提编，以济一时之急。比以奉行非人，因公倍敛，民不堪命。今事势稍宁，正宜培植休息，别求生财之道。而督抚胡宗宪、阮鹗乃于加征、存留外，仍前提编。节年所费，漫无稽考。前南京御史慎蒙奏止提编，并请以军门钱粮岁给，差给事中清查。”（《皇明驭倭录》）。
胡宗宪对这样的局面始料不及，顿时陷入了困境，在丢乌纱帽乃至杀头的压力下，他最后和以前那些为了本身利益默许汪直互市的官员一样，终于“易词以闻”，同时展开了对汪直所部毛海峰等人的进攻。
于是，“直论死，碧川、清溪戍边”，汪直最后在系狱近二年后被杀。
汪直在死前于狱中曾有一份上疏，也许我们可以从中看见一些正史不载的东西：
“带罪犯人汪直，即汪五峰，南直隶徽州府歙县民，奏为陈悃报国，以靖边疆，以弭群凶事：窃臣觅利商海，卖货浙福，与人同利，为国捍边，绝无勾引贼党侵扰情事，此天地神人所共知者。夫何屡立微功，蒙蔽不能上达，反遭藉没家产，举家监禁之厄，臣心实有不甘。连年倭贼犯边，为浙直等处患，皆贼众所掳奸民，反为响导，劫掠满载，致使来贼闻风仿效，纷至沓来，致成中国大患。旧年四月，贼船大小千余，盟誓复行深入，分途抢掠；幸我朝福德格天，海神默佑，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬。但其间先得渡者，已至中国地方，余党乘风顺流海上，南侵琉球，北掠高丽，后归聚本国萨摩州尚众。此臣拊心刻骨，欲插翅上达愚衷，请为说客游说诸国，自相禁治。日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。其国尚有六十六国，互相雄长。其犯中国之贼，大致出于沿海九州，其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束，今年夷船殆少至矣。臣料九州诸夷，经臣抚谕，必不敢仍请攻犯。臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷，此臣之素志，事犹反掌也。如皇上慈仁恩宥，赦臣之罪，得效犬马之微劳驰驱，浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期；宣谕诸岛，其主各为禁制，倭奴不得复为跋扈，所谓不战而屈人兵者也。敢不捐躯报效，赎万死之罪。”
其中“日本虽统于一君，近来君弱臣强，不过徒存名号而已。……其他十有二岛，臣已遍历，劝自约束，今年夷船殆少至矣”，和陈可愿等人出使日本回来的汇报是相符合的，“幸我朝福德格天，海神默佑，反风阻滞，久泊食尽，遂劫本国五岛地方，纵烧庐舍，自相吞噬”、“臣当自五岛征兵剿灭，以夷攻夷”云云，也可证实他在五岛并不受倭人管制，乃是自为其政，并无附倭之事，而他协助浙江海道官员屡次剿灭海盗和倭寇，以及和胡宗宪合作，提前通报徐海和倭寇的入侵动向等事，都是消灭徐海等人以及倭寇的重要环节。
而最关键的是他最后在上疏中，很明显地还念念不忘希望明政府能够开放海禁，通商互市：“浙江定海外港，仍如粤中事例，通关纳税，又使不失贡期”，可见其一贯志向确实是在于此。
汪直的养子毛海峰在闻其下狱后，一方面觉得因为自己轻信胡宗宪导致汪直被捕而大惭，一方面又为遭受欺骗而大怒，于是与谢和两人将人质夏正杀害分尸，并在舟山岑港和明军开战，但因力量悬殊而最后败退出海。
由于失去了汪直这个领头人而受到了惨重打击，汪直所部自此慢慢衰落，最后彻底退出了历史舞台。
嘉靖三十八年（公元1559年）十二月二十五日，“诏斩王直于杭城官巷口”。在临刑前，汪直要求与儿子见面，并把束发金簪交与其子，而后相拥而泣，既而伸颈受死。在他死后，他的妻、子被“没入成国公家，至今子孙尚在不绝。”
他在临刑前唯一的公开遗言，则是长叹道：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓！”
果然，他这临刑前的预言，在他死后很快得到了应验。
六，倭寇的消灭和开放海禁
倭寇的活动并没有如明政府一些官吏们所想象的那样，因为汪直这个“倭寇”头目的被杀被消弭下去，而是在汪直死后慢慢地达到了高峰，渐渐地频繁出现数万人的大规模入寇。 并且活动范围大大增加，从江苏、浙江蔓延到福建、广东，大约在嘉靖四十年前后最为猖獗规模也最大，一直到隆庆年间才渐渐被荡平。
《明史》：“逾年，新倭大至，屡寇浙东三郡。……十一月，贼扬帆南去，泊泉州之浯屿，掠同安、惠安、南安诸县，攻福宁州，破福安、宁德。明年四月遂围福州，经月不解。福清、永福诸城皆