此后，明桂王（永历帝）与张献忠旧部、李自成余部在南方和西南抗清，张煌言、郑成功在东南沿海抗清，但抵不住清军的攻势，到顺治十六年（公元1659年）清军占领云南，明永历帝逃往缅甸。至此，除福建厦门、金门等地还在忠于明朝的郑成功手中外，清朝已经拥有明朝的全部疆域。
清时期的形势图【点击查看大图】
康熙二十二年（公元1683年），清军攻入台湾，郑成功之孙郑克塽〔shuang爽〕投降。次年，清朝在台湾设府、县、总兵等官，隶属于福建省。从此，长期由当地人民自治的台湾岛由大陆政权设置了正式政区。
早在元朝，已在台湾附近的澎湖岛设置了巡检司，负责这一带的海防和治安。但明朝初年将澎湖列岛的居民撤往大陆，并撤销了行政机构，所以澎湖逐渐成了以日本人为主的倭寇的根据地，福建、广东沿海的“海寇”也在澎湖、台湾一带活动。嘉靖年间（公元1522—1566年），明朝一度收复了澎湖，并重新设置行政机构，但不久又撤销了。尽管如此，明朝对澎湖列岛的管辖一直没有放弃。万历三十一年（公元1603年），荷兰人占领澎湖岛，明朝立即派兵将侵略者赶走。天启二年（公元1622年），荷兰人第二次占领澎湖，到天启四年明军又将他们赶走，并长期驻守，直到明末。
台湾岛与大陆的联系一向非常密切，在明代已有不少大陆人移居台湾，从嘉靖开始，大陆的“海寇”林道乾、颜思齐、郑芝龙（郑成功之父）等先后在台湾建立了自己的政权。明朝虽然没有在岛上设立行政区，但明军在追剿“海寇”时不止一次进入台湾，并一直将台湾及附近海面列为军事防区。荷兰人第二次被从澎湖驱逐后，就转入台湾，侵占了台南一带。1626年（明天启六年），西班牙人侵占了台北一带。当时，郑芝龙在台湾中部的北港一带建有政权，本地的部族大多由自己的首领治理。1642年（明崇祯十五年），趁郑芝龙的活动转向大陆之机，荷兰侵略者独占了台湾。1661年（清顺治十八年），郑成功在大陆抗清不利，决定改以台湾为基地，因此从厦门出兵，驱逐荷兰侵略者。次年初，荷兰侵略者投降后退出，郑成功与子郑经在台湾和澎湖设置了三个安抚司和下属的府、州，建立了继续忠于明朝的地方政权，直到1683年（清康熙二十二年）。
第三节 击败噶尔丹，蒙古归一统
在公元17世纪初，漠北的喀尔喀蒙古（大致分布在今蒙古国境内）分为三部：土谢图汗、车臣汗和札萨克图汗。康熙二十七年（公元1688年）三部发生内乱，准噶尔王噶尔丹乘机入侵。三部联合抵抗，但领土仍被噶尔丹侵占，只得南迁漠南（今内蒙古），投入清朝求援。康熙二十九年噶尔丹进扰漠南，康熙帝下令亲征，开始了对噶尔丹的全面反击。清朝对噶尔丹的反击不仅是为了保卫漠南，收复漠北，而且关系到自己的生存。因为当时准噶尔的势力已经非常强大，成为清朝最大的威胁。
准噶尔是瓦剌的一部。瓦剌到清朝被称为卫拉特，亦作额鲁特、厄鲁特，在17世纪初分为杜尔伯特、准噶尔、土尔扈特、和硕特四部，先后并吞了亦力把里、吉利吉思、哈萨克、叶尔羌、土鲁番诸部。其中和硕特部的固始汗一支，自今新疆乌鲁木齐一带迁至今青海和套西（河套以西，今内蒙古蹬口以西地），于1642年（明崇祯十五年）率军进入西藏，灭了藏巴汗，与五世达赖喇嘛共治西藏。准噶尔部兴起后，强占了和硕特部原有的自今伊犁至乌鲁木齐的牧地，迫使土尔扈特部从塔尔巴哈台附近的雅尔（今哈萨克斯坦塔尔巴哈山以南、阿拉湖以北一带）西迁到额济勒河（今伏尔加河）下游，胁迫杜尔伯特部（原在额尔齐斯河上游）中的辉特部迁往塔尔巴哈台。到17世纪70年代以后，准噶尔部实际上控制了其他三部（土尔扈特部西迁后为辉特部），占有的地域包括今新疆、西藏、青海、四川西部、甘肃西部、内蒙古西部和北部以及境外西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至蒙古高原的广大范围。
康熙二十九年（公元1690年），清军在乌兰布通（今内蒙古赤峰市西北）大败噶尔丹。次年，康熙帝到多伦抚慰喀尔喀各部，并正式任命各部首领，编审成旗，建立了与内蒙古一致的行政区划。康熙三十五年，康熙帝再次亲征，大破噶尔丹军，收复了蒙古高原，喀尔喀三部回到漠北。至此，内外蒙古完全统一于清朝。
当时，噶尔丹之侄策妄阿拉布坦占有阿尔泰山以西各地，受到噶尔丹压迫的和硕特部青海各部乘机脱离噶尔丹。康熙三十六年，清军继续深入，噶尔丹自杀。康熙三十七年，和硕特部固始汗第十子达什巴图尔降清，青海和套西归入清朝版图。
第四节 对西藏主权的确立
在清朝统一蒙古以前，蒙古和西藏的关系已经相当密切了，这是由于从公元16世纪后期开始喇嘛教已流行于今青海地区，所以在蒙古的阿勒坦汗（公元1507—1582年）占领青海以后，喇嘛教就传到蒙古人中间。阿勒坦汗迎来宗喀巴的三传弟子索南嘉措（锁南坚错），尊为达赖喇嘛（三世），又将他迎至归化传教。从此，喇嘛教格鲁派（黄教）就在东西蒙古广泛传播。三世达赖死后，阿勒坦汗的曾孙被认定为转世灵童，立为四世达赖。以后四世达赖派了一位大喇嘛去蒙古主持教务，成为蒙古活佛。1642年（明崇祯十五年，清崇德七年），蒙古和硕特部首领固始汗率军进入西藏，配合五世达赖灭藏巴汗，驱逐了后藏的红教。1645年（清顺治二年），固始汗尊黄教领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅（前三世出于追认），驻后藏扎什伦布寺。至此，在宗教上，黄教统一了蒙古和西藏；在政治上，蒙古统一了青藏地区。
由于漠南蒙古早已归属清朝，西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。固始汗入藏后，就与达赖、班禅共同遣使朝清。顺治四年（公元1647年），清朝派官员到达西藏，册封班禅为金刚上师。顺治九年，达赖到北京朝见清世祖，次年受清朝册封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。康熙四十八年（公元1709年），清朝派侍郎赫寿入藏协助拉藏汗管理地方事务。康熙五十二年（公元1713年），五世班禅被封为“班禅额尔德尼”。西藏政教合一的统治体制得到了清朝的正式承认，清朝在西藏的统治也得到确立。
噶尔丹死后，清朝让策妄阿喇布坦领其余众，停止了军事行动。策妄阿喇布坦乘机扩张，据有杜尔伯特、和硕特和辉特部等各部的统治权，自立为准噶尔汗。康熙五十六年（公元1717年），准噶尔的策零敦多布率6000军队从伊犁经阿里偷袭拉萨，杀拉藏汗，囚禁了拉藏汗所立的达赖。康熙五十七年，清军自青海入藏，但在那曲遭准噶尔军围攻，全军覆没。康熙五十九年，清军从青海和四川分两路入藏，原拉藏汗政权的官员也起兵响应，同年八月消灭了准噶尔军，西藏平定。
雍正六年（公元1728年），清朝在西藏设置了驻藏办事大臣衙门，统率驻藏官兵，督导地方行政。乾隆十六年（公元1751年），设立西藏地方政府——噶厦，规定凡重大行政事务及藏官的任免、藏军的调动等均应由噶厦请示达赖和驻藏大臣办理。在乾隆五十七年击退入侵西藏的廓尔喀军后，又在次年制定了《藏内善后章程》，确定了驻藏大臣的地位及其全面督导藏内事务和统一处理涉外事宜的职权，规定达赖、班禅及各地格鲁派大活佛转世时用金瓶掣签（将最后的候选人名字放在一个金瓶中抽签决定）的办法，并必须受大臣监督，自噶伦（噶厦的最高长官）以下的僧俗官员必须由大臣任免。《藏内善后章程》对西藏的官制、军制、司法、财政、边防、差役及对外事宜等都作了明确的规定。
第五节 天山南北路归入版图
极盛疆域最终形成
雍正五年（公元1727年），策妄阿喇布坦死，子噶尔丹策零继位，又不断侵扰哈密、喀尔喀蒙古等地。清军虽多次取得胜利，但一直没有能彻底平定。乾隆十年（公元1745年）噶尔丹策零死后，准噶尔发生内乱，势力逐渐衰落。乾隆十八年，准噶尔的阿睦尔撒纳袭杀剌麻达尔札，推达瓦齐为汗，车凌乌巴什率部降清。乾隆十九年，乾隆帝决定趁机出兵，以结束数十年未了的战争。阿睦尔撒纳又与达瓦齐相攻，失败后率部降清。次年，清军分两路进兵，不久就进占伊犁，准噶尔部基本平定。但阿睦尔撒纳又发动叛乱，而清军因天寒撤退，阿睦尔撒纳重新控制了准噶尔。乾隆二十二年，清军再次进入伊犁，天山北路从此纳入清朝疆域。阿睦尔撒纳逃往俄国，不久病死。
原来在准噶尔统治下的回（维吾尔）部首领大小和卓木企图割据，清朝出兵，在乾隆二十四年攻入喀什噶尔（今新疆喀什市）和叶尔羌（今新疆莎车县），大小和卓木逃往巴达克山部被杀。天山南路也告平定，清朝统一中国的大业至此完成。
在这以前的康熙二十八年（公元1689年），清朝与俄国订立了《中俄尼布楚条约》，确定了中俄东段的边界是外兴安岭和额尔古纳河。因为当时清朝还没有平定外蒙古，所以中段的界线无法划定。雍正五年（公元1727年），清朝与俄国签订《中俄布连斯奇界约》和《恰克图条约》，规定了东起额尔古纳河及其支流开拉哩河（今海拉尔河）相交处的阿巴该图，经恰克图（今俄罗斯境内的恰克图及蒙古境内的阿尔丹布拉克），西至沙必乃达巴汉（一作沙宾达巴哈，今俄罗斯西萨彦岭）的边界走向。
从秦始皇灭六国，开疆拓土，建立秦帝国开始，经过了近2000年，中国终于形成了一个北起萨彦岭、额尔古纳河、外兴安岭，南至南海诸岛，西起巴尔喀什湖、帕米尔高原，东至库页岛，拥有1000多万平方公里国土的空前统一的国家。
清朝全盛时的疆域分为25个一级政区和内蒙古盟旗：内地十八省，下辖府、州、县、厅，西南几省还保留一些土司土官；盛京、吉林、黑龙江、伊犁、乌里雅苏台（外蒙古）五个将军辖区，或以驻防机构兼理民政，或同时设有民政机构，或保留一些类似土司的当地世袭首领；内蒙古六盟、西套蒙古和察哈尔，下设盟旗，与外蒙古相同，但由中央的理藩院直辖；西宁办事大臣，下辖厄鲁特二十九旗和玉树等四十族土司，前者用蒙古盟旗制，后者用西南土司制；西藏办事大臣，统辖卫、藏、喀木和阿里四地区的营、城、呼图克图领地、部族及寺院。尽管在有些政区或地区实行一定程度的自治，如驻西藏的办事大臣一般不干预其内部政教合一的制度和事务，土司的土官实行世袭，但涉及国家主权和中央权威的重大问题已经完全由朝廷掌握，如西藏与邻国的关系、军队驻防、宗教领袖的继承、内部叛乱的镇压等必须由大臣处理或者上报朝廷决定。这样的统一范围和程度是以往任何朝代从来没有达到过的。
第六节 帝国主义入侵后部分
领土的丧失
明朝嘉靖三十二年（公元1553年）葡萄牙人贿通地方官，在壕镜澳（今澳门）登岸建立居留地。至万历元年（公元1573年），葡萄牙人变贿赂为地租，澳门成为西方国家在中国的第一个租住地。入清后沿用了明朝旧例，但到道光二十九年（公元1849年）后葡方拒交地租，并逐走清朝驻澳门的官员。光绪十三年（公元1887年）中葡签订《中葡天津条约》，允许葡萄牙人“永居管理”澳门。
1840年以后，帝国主义侵入中国，用武力迫使清朝政府签订了一系列不平等条约，攫取了中国的大片领土，甚至连条约都不签订，凭借实力造成既成事实。
鸦片战争中，英国占领了广东广州府新安县的香港岛。道光二十二年（公元1842年），中英签订《中英南京条约》，将香港割让给英国。咸丰十年（公元1860年）第二次鸦片战争结束时，中英订《中英天津条约》，又以香港对岸的九龙司地方一区割归英属。光绪二十四年（公元1898年），中英订立《展拓香港界址专条》。次年勘定以深圳河及深圳、大鹏二湾以南及附近海面（九龙新界）租予英国，期限99年。
侵夺中国领土最多的是沙皇俄国。
《中俄尼布楚条约》中将两国边界最东段乌第河以南一块列为“待议地区”，没有划定归属，但在俄国势力扩张到远东后，不经过任何谈判就占据了这一地区。咸丰八年（公元1858年）第二次鸦片战争期间，俄国乘机迫使黑龙江将军奕山签订《中俄瑷珲条约》，强行割去黑龙江北岸大片中国领土，仅规定瑷珲（今黑龙江黑河市）对岸精奇里江以南“江东六十四屯”仍由原住中国人永远居住，归中国政府管理。乌苏里江以东至海则划为中俄共管。清朝政府当时拒绝批准，但在两年后的《中俄北京条约》中被迫确认此条约。《中俄北京条约》还进一步将乌苏里、松阿察二江直到兴凯湖至图们江口一线以东原中国领土划归俄国。第二年勘定边界，绘图立碑。光绪十二年（公元1886年）重勘，增立、改立界碑多处，中国方面又作了不少退让。光绪二十六年（公元1900年）八国联军侵华战争中，俄国占领东北，用烧杀手段驱赶中国居民，强占了江东六十四屯。
鞑靼海峡东岸的库页岛，本来是吉林三姓副都统辖境，但清朝只接受“纳贡”，从来不加经营，以至在俄国和日本都侵入该岛后还一无所知。道光三十年（公元1850年）俄国单方面宣布库页岛是俄国领土，签订《中俄北京条约》时清廷竟置此岛于不顾，还同意规定岛上的“土人”不能再过海向清朝纳贡，实际上承认了俄国对该岛的占领。光绪元年（公元1875年），库页岛完全归入俄国，1905年日俄战争后以北纬50°以南划归日本。
《中俄北京条约》确定中国外蒙古与俄国的西界“自沙宾达巴哈起至斋桑淖尔”，虽然尚未经过勘定，却已经将在此线以西北的定边左将军所属乌梁海十佐领及科布多所属阿勒泰淖尔乌梁海二旗划到了中国界外。至同治三年（公元1864年）中俄签订《中俄勘分西北界约记》（即《塔城条约》），同治八年（公元1869年）订立科布多、乌里雅苏台两个界约。光绪九年（公元1883年）又勘改科布多边界，按《中俄北京条约》划定了两国边界。
《中俄北京条约》规定的新疆境内的中俄西界，在斋桑淖尔以下为“又西南至特穆尔图淖尔，又南至浩罕为界”，已将原来属于中国的自巴勒喀什（巴尔喀什）湖东南至特穆尔图淖尔之间的土地划归俄国。同治三年（公元1864年）订立《中俄勘分西北界约记》后，俄国又利用具体查勘的过程驱逐中国的卡伦（哨所），抢占沿边土地。同治九年（公元1870年），俄国官员将他们单方面确定的边界强加给中国，清朝官员只能在俄方界碑的左侧另立中方的界碑。但边界刚划定，俄国就开始了新的侵略步骤。当时，俄国已经在中亚吞并了浩罕和布哈拉汗国，就趁阿古柏在新疆叛乱之机于同治十年（公元1871年）占据了中国的伊犁。光绪三年（公元1877年），清朝派左宗棠出兵新疆，平定了叛乱，要求俄国退出伊犁。俄国以改订《中俄北京条约》的有关条款作为撤军的条件，逼清朝于光绪七年签订了《伊犁改订条约》，根据这两个条约而进行的勘界产生了几个具体的界约，至光绪十年划定了从沙宾达巴哈至乌孜别里山口的中俄边界，20多年间中国西部共失地50多万平方公里。
在平定阿古柏之乱时，刘锦棠进军帕米尔高原，光绪初年曾设置了乌满等八个卡伦。《伊犁改订条约》规定，在乌孜别里山口以南