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这次顾顺章被捕，由武汉发给徐恩曾亲译的电报，是钱壮飞首先看到的，但因时间万分紧急，他译好电文交徐恩曾后，马上奔赴上海直接通知了周恩来，周恩来亲自指挥了两天三夜，才得以使上海所有中央重要办事机关、与顾顺章有过联系的负责人和关系单位全部转移、搬出。
等到徐恩曾率特务赶到上海，却晚了一步。尽管他也三天三夜没有睡觉，但他设想的把中国共产党中共中央及上海市地下党的一切机关、组织、负责人一网打尽的计划却基本落了空。只有少数一批来不及迁移的机关如赤旗报社、保卫组办公处及个别接头处等受到查抄破坏。尽管周恩来做了详尽布置，但连他自己也险遭毒手。他常去办公的地下办公处，也被中统特务破坏，而特务们赶到时，周恩来刚刚离去10分钟。而且，由于顾顺章领导过中央特科，不少行动组地下党员（这些行动人员大部分是苏区红军战士，身经百战后调到上海搞地下行动）被捕，大多数人被杀害，但少数人受顾顺章影响也叛变革命，并参加中统成为骨干力量，继续破坏上海地下党组织。
除此之外，当时中共承受的另一大损失就是顾顺章供出了已被国民党关押一年多，即将被保释出狱的恽代英。恽代英曾为黄埔军校政治教官，参加过南昌起义、广州起义，是中央委员。上海党的领导人之一。他只是被敌人以为是嫌疑犯才被捕的，中共中央一直千方百计在营救他，他自己也一直没有暴露，在即将释放出狱时，顾顺章将恽代英供出。由于恽代英有秘密通道与中共中央联系，以顾顺章在党内的地位，所以知之甚详。他甚至知道恽代英的代名、牢房监号，致使恽代英被查出。这件事是一件大事，所以徐恩曾非常兴奋，直接面报二陈并转报蒋介石。
蒋介石下令尽可能诱降，因恽代英在中共党内有一定地位和影响。但恽代英虽受酷刑亦不屈服，蒋介石无可奈何，只好下令予以枪决。
这次由于顾的叛变，恽代英被查出杀害，上海一些党中央机关被破坏，一些地下党员被捕、被杀。在蒋介石的心中引以为是一个很大的胜利。但是钱壮飞逃逸、中共首脑机关转移等重大失误，蒋介石并不知情。当时任国民党中央组织部副部长、也是中统特务头目的张道藩就警告知情者：“这是党内大事，只能告知立夫先生，切不可径向蒋公报告！”又再三叮嘱：“不可多事”。这些重大失误终于被陈立夫压下而没有汇报给蒋介石，反而夸大、吹嘘成果，使蒋介石极其高兴。
蒋介石亲自召见徐恩曾，发给奖金，并极为鼓励。蒋对徐恩曾说：有共无我，有我无共。共产党是心腹大患，必须放手大干。只求确有实效，一切（指人力、钱）不成问题。借此机会，徐恩曾也得到了蒋介石的批准和支持，使调查科加以扩大发展。扩充编制，开办特工训练班，成立特工总部，在全国各地、各省市、各铁路，设立肃反专员和特务室。在蒋介石的支持下，调查科从此走向了一个新阶段，从刚开始草创时的十几人、二十几人，发展成以后的约二十万人。在蒋介石的支持下，还成立、扩成了中统局，成为蒋介石最亲近、最得力的特务组织。徐恩曾也由此成为中统特务组织的实际领导人，成为蒋介石的亲信，成为危害中国共产党最凶猛的一条鹰犬。
因为也是从此时起，徐恩曾领教了真正的共产党的人可怕。恽代英烈士就义前毫无惧色，凛然大义高呼“共产党万岁！”并引吭高歌“国际歌”，给徐恩曾留下了极为深刻且恐惧的印象。以后无论何时，徐恩曾只要提及此情此景，就会惊恐而言：“共产党人的可怕就在于此”，所以徐恩曾从此领悟了蒋介石总强调共产党是“心腹大患”的指示。
中统特务组织一贯重视叛徒。因为他们认为这是破坏共产党组织的一个极其有效的办法。确实，因叛徒导致组织破坏占很大比重，所以，蒋介石曾亲自接见过一次顾顺章，但蒋介石本人也很瞧不起屈膝的叛徒，尽管顾顺章准备了一肚子计划要诉说，但蒋介石只是站着和他说了几句话，什么“归回中央很好”。“戴罪立功”之类，根本没有经顾顺章进一句话的机会。所以，蒋介石以后多次给中统、军统做过很具体的指示：对共产党的叛徒，“只可利用，不可重用”。
顺便提一句，顾顺章的下场并不美妙，尽管他想尽一切办法、绞尽脑汁继续破坏党的组织，但等特务们发现他已无油水之后，还是被一脚踢开。特别是发现他想投靠军统戴笠手下时，便动了杀机。顾顺章之死有不同的说法。一种说法是，因顾顺章想投靠军统，引起徐恩曾的愤怒；在1935年，指使中统干将顾建中，以开会为名，给顾顺章扣上“不服从命令，企图别树一帜”的罪名，拔出手枪，立将顾顺章当场击毙。另一种说法是，中统借口顾顺章图谋不轨，欲行刺国民党权要，由江苏省保安司令部奉命在镇江执行枪决，由当时的省秘书长罗时实监斩。还一种说法是由中统申报，经蒋介石于1935年手谕：“顾顺章既估恶不俊，着即枪毙可也”。最后一种说法比较可信，因为顾顺章毕竟不是无名鼠辈。私自枪杀，万一蒋介石查询此人，恐怕不好交待。但无论如何说法，顾顺章油水被榨干。再也没有任何作用，被一脚踢开则是事实。
但顾顺章的叛变最终还是带来了恶果。上海中央领导机关自此以后再也没有象钱壮飞在敌人内部时的稳定状况了，那时周恩来从容不迫，竟在白色恐怖中为苏区办了多期军事、政治干部训练班。可到了1932年…1935年期间，中共白区党组织承受了以前不曾有过的损失。在上海的中共临时中央和中央局，连年遭到中统的破坏；共青团中央、全国赤色总工会也受到破坏；中共江苏省委几年中差不多每年要被破坏一、二次。导致中共中央无法在上海立足（当然还有一个原因是执行左倾路线），被迫撤出上海。
徐恩曾忠实执行蒋介石的指示，使调查科受到蒋介石的宠爱，变为调查处，成立了特工总部，后又正式成立中统局（正式名称是国民党中央执委会调查统计局）。
凡是有国民党省市党部、铁路公路特别党部的地方，都有中统的特务室或工作区。省市党部除定期拨经费外，无权干涉他们的特务活动。除此之外，社会各个角落都有他们的外围组织和情报人员。由于中统特务组织极端秘密，比军统组织更隐敝，所以危害也极大。中共地下组织因此付出了很高的代价。
抗战前，中共中央委员邓中夏等被捕牺牲于雨花台，即为中统特工总部所干。中共中央负责人之一霍秋白被捕后，也是由中统部门过问、审讯后遭到杀害的。三十年代左翼作家如田汉。丁玲、阳翰笙等的被捕，也是中统特务直接经手的。中共浙江省委书记刘英被捕、被害，中共贵州省委书记茅戈被捕，均为中统行为。抗战以后，中共各省的领导机关，一些地区的特委及县委，很多都被中统破坏。徐恩曾自以最得意之作是1942年中共南方工委被破坏一案。中统组织秘密打进工委，逮捕了工委负责人廖承志以下多人。徐恩曾的这些“成绩”，多次受到蒋介石的召见与嘉奖。徐恩曾成为蒋的重要亲信，在中统组织领导的位置上干了十五六年。但是最终也被蒋介石一脚踢开，这其中到底有何缘故呢？
2．徐恩曾失宠
蒋介石用人从来都是本着“人才兼奴才”的原则，本来对于徐恩曾，自以为培植了一条最忠实的走狗。以干特务工作来说，徐恩曾确实是个人才，长期领导中统，为蒋介石立下了汗马功劳，其忠心耿耿的奴才程度，蒋介石也是极满意的。
但1945年，即徐恩曾担任中统领导职务的第15年，蒋介石却突然颁下了“撤去徐恩曾本兼各职永不录用”的手渝。l月30日手令下发，2月1日上午9时即举行交接仪式。徐恩曾最主要的职务中统局副局长（与军统的戴笠一样，正局长由他人兼却并不管事）丢掉了，其速度之快令人咋舌。
半个月之后，他所兼的交通部次长被免去。1945年5月，他的国民党中央委员一职也落选。
徐恩曾的被撤职。当时一般人均感到莫名其妙。其实原因很简单，他的一些所作所为引起了蒋介石本人的严重不满。
徐恩曾本人极贪恋女色，本身已有两个老婆。后来又爱上中共叛徒费侠，此人早年留学苏联，后与中统特务组织挂上了钩。徐恩曾如果光与费侠勾搭倒也罢了，不料爱之弥深，徐恩曾非要与费侠结婚不可。陈果失、陈立夫一致认为不妥，他们怕费侠曾为中共党员，多少会影响徐恩曾，干特务工作不利。因之他们力劝徐恩曾以事业为重，不要与费侠结婚。不料徐已被费快的姿色深深迷住，竟向陈氏兄弟表示：如果因此不能做中统领导人，也要与费侠结百年之好。弄得二陈无可奈何识好上报蒋介石。蒋也认为是一个问题，竟因此事召见徐恩曾询问：“你驾驭得了她吗？”徐恩曾仍坚持己见并表示毫无问题，蒋介石见他意志坚决，也只好默允。这件事徐恩曾虽然拂了蒋介石的意愿，但因徐恩曾对蒋忠心不二，且反共坚决，又颇具才干，蒋对他的这件婚姻之事虽有芥蒂，但并无影响。
真正引起蒋介石不快的是在徐恩曾兼任交通部政务次长之后。1941年以前，蒋介石一直认为中统开展工作还可以，但后期在反共活动上却远远落后于军统，就是因为徐恩曾不像戴笠那样，甘心专心始终如一的以搞特务工作为己任。1941年徐恩曾被任命（兼任）交通部次长以后，蒋介石专门予以召见，谆谆叮嘱他：派你担任交通部次长，目的是要你在全国范围内在交通方面布置一个完整的调查网。蒋介石的意图很明显，是让徐恩曾借交通部次长的便利条件，强化中统在铁路、公路、轮船、飞机等各个系统的特务统治。
但徐恩曾却有些昏了头。他一直想利用中统的势力向上爬。在担任交通部次长以后，他还到处联络，疏通关系，为争取当经济部长奔走不已。致使中统的业务工作漏洞百出。蒋介石早有觉察，他以为徐恩曾不听指挥、不务正业才导致中统落后于军统。而且，徐恩曾能当上中统负责人，是陈氏兄弟的功劳。本来徐对二陈是感恩戴德的。但后来徐恩曾为了向上爬，逐渐疏远二陈，投入国民党中央秘书长吴铁城怀抱，并倚靠吴取得交通部次长一职。二陈以为，中统得到交通部次长职位，对中统特务工作发展有利，尚隐忍不发。待徐恩曾再欲争夺经济部长职位时，便引起陈氏兄弟的气愤，因为陈立夫恰好也想争取经济部长的职位。当他们看到徐恩曾的离心倾向后，在蒋介石面前就不再为徐恩曾说话，并还推荐他人为徐的继任。
1943年开始，徐恩曾到处组织有关经济问题的计划，直接送给蒋介石，希图引起蒋的注意，争取当上经济部长。但蒋认为徐恩曾并不懂得经济，认为如果按他的计划办，只会“徒生滋乱”。这实际是蒋对徐的轻微警告。不料徐利令智昏，便利用中统职权千方百计找经济部问题，以打击经济部长翁文颁，使其下台。
有一次，中统特务发现经济部某职员有共产党的嫌疑，徐恩曾得知，如获至宝，马上下令重庆区特务到经济部抓人。谁知特务行动受到经济部大多数职员抵制，逮捕行动失败。翁文濒也十分愤怒，认为不通过部长抓人太不尊重人格，马上到蒋介石那里告了中统一状。
蒋介石本来已对徐恩曾窥测经济部长职位、不安心本职工作十分不满，而且中统公开捕人亦不利于蒋的统治形象。蒋介石先下了手令，对徐恩曾大加申斥，警告徐恩曾不得滥加捕人，捕人应由有权机关办理，中统局只是党务机关。
确实，中统公开抓人违反了中统的一贯作法，这也可见徐恩曾欲倒经济部长翁文颁的急迫之心。蒋介石后来犹不解恨，又亲自召见徐恩曾，将其大骂一通，勒令他将执行这次任务的中统重庆区头目及具体人员一律撤职，扣押查办。
这件事的风波仅平息一、二个月，到1943年冬，一向与中统有矛盾的军统将徐恩曾第二个老婆王素卿在成都放高利贷、做投机生意、逼死人命的不法行为，一古脑密报蒋介石。蒋介石在中统、军统、宪兵等各单位召开的“甲种会报”会议，痛斥徐恩曾“你应该好好管教管教”。蒋一贯对部下不听指挥不务正业和贪污最为不满，这是借徐恩曾老婆的不法行为再次申斥徐恩曾。
1944年4月，又在一次“甲种会报”上，蒋介石向特务情报机关负责人询问河北、山东中共敌后抗日根据地及中共抗日武装情况，因徐恩曾精力都用到钻营官位上去了，事先没有充分准备，一时张口结舌，顾左右而言它。而戴笠则精心准备，口若悬河说得头头是道。蒋介石大发脾气，严责徐恩曾没有集中精力办事。
随后在国民党的一次中央全会开会期间，忽然在国民党中央党部发现一条标语，赫然大书：“总裁独裁中正不中”。徐恩曾不敢怠慢，马上报告给蒋介石。蒋介石严令徐恩曾必须彻查予以严办。虽然，徐恩曾动员了庞大的特务网，费时日久，始终未能破获此案，也无法向蒋介石交待。这更引起了蒋介石的愤怒，他又一次严厉斥骂徐恩曾：“在我们的心腹重地，出现这等事，既未能事先加以防止，事后又不能查出究竟，实在有亏职守。”
一波未平，一波又起。蒋介石在1944年秋又在一次“甲种会报”上第五次严厉责问徐恩曾：“共产党造谣言，说我与护士同居，破坏我的威信，你为何不对我报告？”《新华日报》天天登载反对我、反对党国的言论，你为何不负责任，听任其发行传播？这充分表现了你的腐败无能！”措施之严厉真是前所未有。
当时重庆广为流传着蒋与某女如何如何的流言，早已是公开的秘密。徐恩曾认为“没有报告的价值”，主要怕报告了蒋恼羞成怒，又要彻查。据说流言都是从蒋的侍从人员中传出来的，徐恩曾觉得多一事不如少一事。至于中共的《新华日报》，不惟中统，连军统、三青团等单位一直在拼命破坏，同样不能阻止《新华日报》的发行。有这样一个真实的小故事：某一次军统重庆稽查处处长陶一珊，在戴笠面前夸口，他已有办法让《新华日报》第二天不在重庆露面。他的办法是让军统特务带领流氓打手分别在各要道路口把《新华日报》报童的报纸全部抢光。第二天，报纸果然没有来，陶一珊正打电话向戴笠报功时，报纸都到了只不过比平常迟到而已……这说明，军统办不到，中统也不可能有更高明的办法阻止报纸的发行。但蒋介石单拿徐恩曾加以痛斥责骂，这足以说明问题。徐恩曾此时才有所醒悟，但为时已晚。
其实，蒋介石不光当面加以痛斥，在一些书面文中也常常加以训斥。如 1944年蒋介石的美籍顾问拉铁摩尔访问解放区，归来写了报告呈蒋介石阅。内容叙述解放区如何振作，组织如何之好，特务汉奸在此无任何活动缝子可钻等等。蒋介石越看越心头火起，批阅给徐恩曾，警告他“如再因循泄沓，尸位素餐，将来死无葬身之地矣”。
还有，蒋介石很重视与汪伪集团的打入、联系工作。但徐恩曾是个亡国论者，曾哀鸣：“我们拿什么来同日本人打？枪炮不如人，训练不如人，工业更不如