使用的战法是撞击，将他的楼船每两艘用铁锁连在一起，加强撞击时的质量（庞统的连环计，是不是有点眼熟？）。
面对卢循大军的来犯，刘裕先分派马步军准备了大量火攻的用具，设伏于西岸（关于这次战役发生的具体地点，史书的记载有些模糊，这个西岸，在下怀疑是指雷池的西岸，如是在长江内，此段长江差不多平行于纬度线，似应记成南岸或北岸。故此役的主战场可能就在雷池内，以下的叙述有一部分出自在下这个猜测，无史料可确证）。
刘裕先命令航速快的斗舰出击，且战且走，将卢循水军诱入雷池。待卢循水军进入雷池，刘裕已率晋军水军在其东面列阵完毕。布置妥当后，刘裕亲自敲响战鼓，挥动令旗，指挥晋军全力迎战。由于之前卢循军在水战上曾经次屡打败晋军，此时声势又有颇有些浩大，晋军有不少将领仍有些怯战，右军参军庾乐生登上战船上之后，拒绝执行刘裕的命令，就是不前进。刘裕二话不说，立即命将庾乐生斩首，这下子诸将再不敢迟疑，纷纷踊跃向前。
此时晋军战船本身的质量，已不逊色于卢循军，更配备了大量当时的先进武器——万钧神弩，用它打穿卢循军战船上的船板，就像用手指捅破窗户纸，这种无坚不摧的威力，让卢循军的士兵深受震撼，惧意顿生。同时刘裕亲自座镇中流，晋军将士全都奋力攻击，再加上此时刮起东风，战不多时，卢循军便受到压制，渐渐被逼得一步步后退，逐渐靠近西岸。早已在西岸等候多时的晋军步骑兵一待卢循军的战船近岸，立即冲出，用准备好的纵火器具投向这些战船。卢循军船大，又有铁链连锁，在近岸的浅水区越发行动不便，顿时纷纷被点燃，变成水面上的一个个大火炬，整个战场都被遮天蔽日的烟雾所笼罩。曹**在赤壁犯下的老错误，卢循又犯一次，结局竟也相同，这些船上的士兵哪还有什么战意，不是被烧死，就是跳水逃生。但岸上就是晋军，又能往哪儿逃？卢循军那些还没有被烧着的战船已顾不得落难的战友，慌忙掉头，向寻阳方向逃跑。刘裕乘势挥动水陆大军紧紧追赶，卢循的败军又一路抛下无数的沉船和尸体。直至深夜，刘裕军停止追击，卢循等人才得以逃回寻阳。
中国古代战船：楼船
我国古代一种甲板建筑特别巨大，船高首宽，外观似楼，所以被称作“楼船”。船大楼高，可远攻近战，由于古代水战多以弓箭对**以及船只对撞和跳帮肉搏为主，舰船的大小直接决定单舰所能容纳的水手和战士的数量以及舰船的撞击力，所以楼船在古代很大程度上担任了水战主力舰只。但由于船只过高，重心不稳，故多在内河水战中担任主力。
中国古代战船：斗舰
古代一种装备较好的战船，自三国时期一直使用到唐代。船上设女墙，可高三尺，船下开擎棹孔。船内五尺，又建棚，与女墙齐。棚上又建女墙，重列战士。前后左右树旗，幡，金鼓。舷上有女墙，墙下船舷开棹孔，甲板上有棚，棚上又有女墙，棚上无覆背，前后左右竖旗帜金鼓，用来指挥作战，可壮声势。《武经总要》：“斗舰者，船舷上设女墙可蔽半身，墙下开掣棹空，船内五尺又建棚与女墙，其棚上又建女墙重列。战士上无覆背，前后左右树牙旗金鼓。” 船身两旁开有插桨用的孔，船周围建有女墙，女墙上皆有箭孔，用以攻击敌人。船尾高台上有士兵负责观察水面情形。
中国古代战船：蒙冲
中国古代具有良好防护的进攻性快艇。又作艨冲、艨艟。东汉刘熙《释名．释船》载：“外狭而长曰蒙冲，以冲突敌船也。”可见蒙冲船形狭而长，航速快，专用以突击敌方船只。蒙冲有3个特点：①以生牛皮蒙背，具有良好的防御性能。②开弩窗矛穴，具有出击和还击敌船的作战能力。③以桨为动力，具有快速航行的性能。
左里之战
卢循、徐道覆经过雷池大败之后，发现形势已经很明显，原来水战他们也不再是刘裕的对手！东进肯定是无望了，再等下去必然陷入刘裕与刘道规兄弟的两面夹攻。现在唯一的出路，好像只有南逃回广州了（此时他们尚不知道广州已失）。
没等卢、徐二人议出结果，刘裕已经不想让道爷们久等了，他将雷池之役中未参战的王仲德部从吉阳招至，任命他为先锋，留辅国将军孟怀玉守雷池，大军再次对卢循军发起进攻。
得到刘裕军将至消息的卢循，很快放弃了寻阳，沿赣江南走，向豫章方向撤退。但刘裕军紧追不止，为了能够带着抢掠来的物资从容撤走，卢循决定在彭蠡泽（古鄱阳湖，比今天的鄱阳湖小得多）中段最狭窄的腰部，一个叫作左里（又名左蠡镇或左麟镇，在今江西省都昌县西北的左蠡山下）的地方据险阻击刘裕追兵。
为了守住左里，卢循投入了他剩下的全部主力部队，并全套照抄了在建康之战中从刘裕那里学来的战术：在河道口打下木桩，阻止刘裕水军进入赣江，在沿岸布设木栅，构筑防御阵地。可谓精心设防，严阵以待。十二月十八日，刘裕所率的大军追至左里，大战即将再次打响。
开战前，刘裕从远处仔细察看了卢循军的布防，对他们防御部署嗤之以鼻（山寨版的质量岂能超过原版？），立即指挥各军，准备攻击。正当刘裕手挥令旗，指挥各军行动的时候，不知是否因他一时用力过猛，令旗竟然“咔嚓”一声折为两断，旗子顺势飘落到湖水中。在场的人都大惊失色，认为这是不详之兆。但刘裕是干什么出身的，撒谎从来不用打草稿，立刻“大喜”说：“当初我讨伐桓玄，在进攻覆舟山之前令旗也曾折断，没想到现在又碰上这个好兆头，看来今天破贼是确凿无疑的了！”
随后，晋军开始进攻。果然在刘裕的指挥下，看似严密的卢循军防线，顿时变得像纸糊一般，一道道被晋军突破，不多时，卢循军就在战场上被晋军完全压制。面对这种一面倒的战况，卢循、徐道覆大感意外之余，也都急红了眼：这是最后的决战了，岂容再败？两人都赶到前线，拿出最大的勇气，指挥五斗米道军拼死抵抗。但差一筹就是差一筹，不论卢、徐二人如何拼命，他们无法仍阻止刘裕军的强大攻势！恶战到最后，卢循军的抵抗最终还是毫无悬念地被压垮了，被杀的和投江淹死的卢循部众达一万多人，卢循和徐道覆分别乘小船逃走。五斗米道军其余的大部分兵士，不是投降，就是四处逃散。
得胜之后，刘裕收容了降兵，并大赦所有被胁迫的参与者。在下估计，逃散和被俘的卢循军兵士，肯定绝大部份都会称自己是被胁迫的，以刘裕的明智，当然不会去调查谁说得是真话，谁说得是假话。通过这项措施，使得卢循这些旧部的人心很快安定下来，重新成为晋朝的百姓。
差不多半年前，刘裕就对孙处、沈田子说过，他将在十二月破贼，果然说到做到。就在这个月，刘裕通过雷池、左里两次会战，将卢循与徐道覆的主力全部歼灭，而且他们的根据地广州也丢失了，基本上已丧失了东山再起的机会，剩下的扫尾工作，难度已经不大了。考虑到刘毅和不少对自己心怀不满的士族在朝，自己不能离开建康太远太久，以免生变。所以等左里之战结束后，刘裕本人就班师回朝了，只命令刘藩和孟怀玉二将率轻装部队继续南下，追击逃亡的卢循和徐道覆二人。
击斩徐道覆
在另一方，大败之后的卢循一路南逃，沿途收拾残兵败将，勉强又凑起数千人，赶往始兴。到始兴见到从番禺逃来的老父卢嘏和长史孙建之等人，才知道广州已经弄丢了，气急攻心的卢循只带着老父，拉上队伍，重新去反攻番禺。稍后，与卢循跑散了的徐道覆也带千余残兵逃到始兴，闭城据守，正好当了卢循的断后。
在他们身后，刘藩与孟怀玉的追兵正沿赣江南下，一路追来，于义熙七年（公元411年）正月越过南岭，围攻始兴。随后，已平定广州各郡的振武将军沈田子听到消息，也率部赶来与刘藩、孟怀玉会师，共攻始兴。说来也有些巧，他在路上与正南下的卢循擦肩而过，竟彼此都未发现对方。
尽管兵力悬殊、士气低落、外援断绝，但徐道覆不失为名将，仍咬牙坚持了近一个月，直到二月五日，始兴城才被攻克，徐道覆被斩，不过他也为卢循赢得了一个月的逃命时间。
假如卢循把这一个月时间用来逃命，像后来明朝海盗们常干的那样，泛舟东南亚，去欺负当地的土著居民，说不定还有一线生机，可他偏偏还想要夺回广州。因为当初刘裕派孙处、沈田子渡海远攻时，就只给了他们三千人马，打下番禺后又分了一大半给沈田子去攻取各郡，所以此时番禺的守军实力非常薄弱。卢循部虽然是残败之师，但还是要比守城的孙处部强大不少，而且五斗米道毕竟也在这里经营六年了，再加上又是善于蛊惑人心宗教组织，根基还是有点的。所以卢循围城后，又有不少当地教徒响应，连同原有败兵，竟然又凑起万余人，虽是乌合之众，但也可壮声势。因而就在始兴城中的徐道覆即将覆灭之际，番禺城中的孙处也处境艰难。
攻下始兴后，刘藩等人也得知了卢循正在围攻番禺的消息，沈田子便对刘藩说：“广州城虽然算得上险固，但原本是妖贼的巢穴，如今又被卢循围住，城中很难说不会发生内变。而且季高（孙处的字）兵力薄弱，不能坚持太久，一旦让卢循得手，重新占据广州，贼军的声势又会恢复。并且下官和季高一起历艰险，泛沧海，于万死之中收复广州，现在又怎么能看着他遭遇危险，不去拯救？”刘藩认为有理，于是就将兵力交付沈田子，让他率军南下救援番禺。
晋军援兵到达番禺郊外，卢循闻讯，忙统军前来交战。沈田子学韩信的战术，背水列阵，然后身先士卒，冲锋陷阵。不是败兵就是新兵的卢循军质量很差，马上就被沈田子一举击溃，晋军乘胜进击，卢循大败，只得率残部沿郁水（今珠江及其上游西江、邕江、浔江）向西逃命。孙处与沈田子合兵一处，继续追击卢循，先后又在苍梧（今广西梧州市）、郁林（今广西贵平县西南）、宁浦（今广西横县）三次打败卢循。卢循军眼看要全灭了，孙处却突发重病，沈田子停止追击，护送他回番禺（回到番禺后不久，孙处病死）。得到这个喘息的机会，卢循又死里逃走，南下袭占合浦（今广西合浦县东北），并从这里乘船下海，准备进袭交州。
交州杜慧度
此时交州的当家人，是还未接到正式委任状的交州代理刺史杜慧度。
杜慧度的祖上，原本是长安人，在曾祖父杜元这一代移居交趾，此后逐渐发展成为当地最有实力的地方豪族，到杜慧度的父亲杜瑗时，已官居日南、九德、交趾三郡太守。当时晋朝派腾遁之来担任交州刺史，在交州很有势力的另一地方豪族，九真太守李逊不愿意接受这位中央领导，派两个儿子阻断水陆要道。杜瑗便出兵击斩李逊，迎接腾遁之到任，并因这项功绩加授为龙骧将军。
谁知这位新来的腾刺史，水平和后来共产国际派到中央苏区的李德顾问差不多，上任之后草率行事，与南方林邑国（统治今天越南南方的古国，又称占城或占婆）不断发生武装冲突，还连连失利，眼看形势不妙，拍拍**走人，林邑王范胡达（世界史常称其梵名：拔陀罗拔摩一世）乘势大举进犯，连破日南、九德、九真三郡，围攻州政府所在地交趾郡。危急时刻，杜瑗捡起腾遁之扔下了烂摊子，与第三子杜玄之一道守住了郡城，并与林邑军队几次恶战，大破敌军，收复三郡，把范胡达赶回林邑。此次事件以后，杜氏家族在交州的统治地位已无可争议，杜瑗顺利成为交州刺史，实际上处于半独立状态。卢循占据广州时，以为杜瑗可用为援手，曾遣使通好，结果被杜瑗斩杀，从此双方结仇。
义熙六年，八十四岁高龄的杜瑗病逝，交州当地官员共同推举他的第五子杜慧度继承父职，因为晋朝中央实际上已不能左右交州的人事任免，而且杜家一向也很尊重朝廷，便很爽快地批准了杜慧度的继任，只是由于路途遥远，又受战乱阻隔，诏书暂时还没有送到。
卢循之所以选择进攻交州，原因有三：一、双方本来就有仇，过去的杜瑗老爷子不好惹，现在的杜慧度应该好欺负一点，就让他子还父债吧；二、原先被杜瑗击斩的李逊，有两个儿子李弈和李脱还活着，并集结了当地的俚、獠等少数民族武装近五千人，时时准备报仇，所以进攻交州有一支现成的同盟军；三、这一点更重要，合浦不是久留之地，等过几天晋军再杀来，不去交州，还有地方可去吗？从后来的历史看，卢循进攻交州的第二、三项原因是比较中肯的，第一项则属于判断失误，因为杜慧度比他父亲更不好惹！
四月，卢循率领他已经不多部众下海，穿过今天的北部湾，从红河入海口进入交州，逆流而上，直取交州首府龙编。杜慧度的消息也挺灵通，率州中文武官员与当地武装共六千人在龙编东南的石崎迎击卢循。因为石崎是卢循与李弈、李脱约定好会师的地方，卢循大概把岸上这么多人都误当成友军了，突遭杜慧度迎头痛击，战败，卢循的长史孙建之当了俘虏。等李弈、李脱的人赶到石崎，杜慧度已经得胜回师龙编了。
此时，卢循的部众据说还有三千人，加上李弈、李脱带来会合俚、獠山民，又凑起了八千人，兵仍不算少。于是卢循并不因石崎的失利而气馁，明知山有虎，偏向虎山行（只可惜他不是武松）！继续向龙编前进。
卢循之死
六月二十五日，卢循军逼近龙编南郊的渡口，他事先已下令三军，今天要打进城后再吃饭！可怜的卢循部众，连饱死鬼都当不上了，因为杜慧度正在这里等着他。杜慧度一回到龙编，就尽出杜家私产，犒赏三军，他的弟弟交趾太守杜慧期和九真太守杜章民也带人来援。因为在水军方面交州军仍弱于卢循军，故而杜慧度选择了河面较窄的南郊渡口作为战场，事先将步军埋伏于河两岸，而杜慧度本人则率船队迎击，将卢循诱进伏击河段。
不知是因为卢循轻敌，还是因为李氏兄弟报仇心切，卢循军很快就上当，冲进了杜慧度设下的口袋。两岸伏兵齐出，向河中央的卢循船队投掷一种特制的武器——雉尾炬。所谓雉尾炬，是以锋利的铁簇为芯，在它后面绑上浸油的束草，再用铁皮捆扎，外形有的像野鸡尾巴，或者是放大的鸡毛毽子，故称雉尾炬。使用的时候，先将尾部的束草点燃，然后迅速扔出去。和羽毛球的原理类似，它一旦飞出去，就一定是铁簇尖朝前，撞上敌船往往就钉了上去，而它的尾部已经是一团火，所以一旦钉上就几乎没法拔下了，用来近距离攻击古代木制的各种战船、车辆，非常有效。在满天飞舞的雉尾炬攻击下，不一会儿，卢循的船队便化成了河面上的火龙，部众完全溃散。
卢循自己也中了箭，又突围不得，知道这次算玩完了，要想不当俘虏，最好是自己了断。卢循是一个很讲究生活档次的人，虽然他之前屡屡失败，手下只剩下几千人，但身边仍有一群娇媚的妻妾歌妓跟随，行军之余，仍可随意进出花丛中。现在他要走了，却没有徐志摩的洒脱，决心在挥一挥手之余，也要带走他的花丛。卢循走进自已的座舱，先毒死妻子（大概就是孙恩的妹妹），然后招集妓妾们问：