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孙元起知道此时已经事不可为，便取出自己的存钱，大约两千多两银子，开始未雨绸缪。
先分出四百两给老赵和老郑，嘱咐他们出去买粮食和各种生活用品。这战乱一起，谁知道什么时候结束？战乱可以旷日持久，但肚子却不能一日空着。尤其是这个院子里有十多口人，“手中有粮，心中不慌”。所以，当务之急是准备好粮食和各种日用品。；
老赵从来没见过那么多钱，说话都结巴了：“先生，这些银票，可买不老少粮食呢，都够俺们吃三四年的啦！一口气买那么多，只怕存不住，霉烂了！”
孙元起也不解释，只是让他不用担心，尽管买就是。
接着，把自己的一些紧要东西收起来，有些就直接在书房里挖个大坑，埋了进去。上面再摆上书架。自春节以来，孙元起给自己院子里学生的上课速度明显加快，编书速度也提速不少。一方面，学生少，有问题也可以迅速解决；一方面，日子也在渐渐变长，上课时间跟着加长，学生自然无话，学生家长更是欢欣鼓舞，认为孙先生是尽心尽力。只是这样，忙了编写教材的学生。不过，加上崇实中学新来的学生，人多力量大，倒不是太苦。到了农历四月底（西历5月底）的时候，小学堂的各科教材已经编到五年级上学期，而《中等物理教科书》、《中等化学教科书》、《中等数学教科书》第三册已经编完，着手编著第四册了。孙元起用拍电报的方式通知商务印书馆，让他们尽快来取。
等这些都忙完了，孙元起先去拜访丁韪良先生。
果然，一见面，丁韪良就开始向他抱怨“那伙暴民”杀害传教士，毁坏教堂，攻击教徒的卑鄙行径，并严厉谴责中国地方政府对于这种野蛮举动的不作为，希望清政府能够给予暴民应有的惩罚，以保障教民的人身和财产安全。
孙元起对于这个唠叨的老人能有什么办法？总不能在他面前斥责这些传教士对于中国地方事务的干涉，以及他们的为非作歹吧？等他唠叨完毕，才表面自己的来意：希望他积极关注义和团的动向，以免受到人身伤害。
丁韪良一方面感谢孙元起的帮助；另一方面，则表示不用担心，因为他属于美国侨民，美国公使馆会给予帮助，同时，他又是清政府的高级官员，可以得到中国人的协助。这样，还有什么可担心的呢？
孙元起心里苦笑了一下：等到战乱一起，各国公使馆自顾不暇，皇帝、太后也被人撵得如同丧家之犬，如何顾及你？
等到告辞的时候，出于好心，孙元起还是再次提到自己的来意。至于那个唠叨而倔强的老头到底能听进多少，那就得看他的那位上帝怎么安排了！
第二天，孙元起又去美国公使馆拜访康格先生一家。
很显然，在这个暴风雨到来之前的平静中，康格先生非常忙，因为在和孙元起见面的时候都没有握手，他正在批阅一份文件：“对不起，york，请随便坐。我实在是太忙了，有一大堆该死的事情需要紧急处理！”
“应该说‘对不起’的是我，请原谅我的冒昧来访。”孙元起随便找个地方坐下来，“我想我不会耽误您太多的时间。”
“好的，york，你说吧，我在听着呢。”康格先生头也不抬，仿佛已经埋没在文件的海洋中了。
孙元起决定开门见山：“首先，是想提醒你关于义和团的事情，义和团，就是——”
“你不用解释，我知道什么是‘义和团’。你瞧，我面前这一堆文件，都是传教士和侨民发回来的求助信！这群暴民简直要毁了一切——对不起，york，我不是要诋毁你们同胞，你明白我意思的。”康格扭了扭酸涩的脖子，抱怨道。
“即便如此，我还是提醒你，对义和团要给予其极大的关注，应该说，无论怎么加以关注都不为过，尤其是要保护好侨民的生命安全。”孙元起继续说道。
“好的，我会给予足够的关注。谢谢你，york。”康格先生抬起头看了孙元起一眼，然后继续低头批改文件。
“义和团极端仇视外国人，随着实力的增长，在得到朝廷的默许后，他们会攻击教堂，乃至使领馆。”孙元起不顾康格的惊愕，继续往下说，“是的，他们会的！所以你们要做好准备，比如撤侨。这样一来，事端就会扩大。然后，各**队一定会介入。虽然欧美自诩为文明国家，但是要求他们的士兵在中国领土上保持绅士风度，不亚于让撒旦皈依上帝。”；
说到这里，孙元起顿了顿，然后诚恳地说：“如果欧美各国真的派军队进攻中国，尤其是到北京，作为中国人，我恳请公使先生能监督和督促各**队，遵守文明社会最基本的准则，不要纵火、抢劫、强奸、杀人。这里毕竟是中国的首都，汇聚了中华民族几千年的文化瑰宝，不能因为一场战争而给后人留下永久的遗憾。否则，暴行会被历史铭记，遭受全世界人民的鄙弃！”
历史记载，在镇压义和团的过程中，侵略军到处烧杀抢掠，犯下累累暴行。在攻陷大沽后，连日纵火，将繁华的市区夷为平地。攻入天津后，联军对着逃难群众任意开枪、放炮，天津城内“但见死人满地，房屋无存”。占领北京后，八国联军开始了更加疯狂的屠杀和掠夺。他们大肆杀戮义和团民，仅在庄王府一处，就杀戮、烧死了1700多位团民。时任八国联军总司令的德国元帅瓦德西还纵兵大掠三日，其后更继以私人抢劫。当时，从公使、将军直到传教士、士兵，都参与了这一暴行。日军从户部抢去白银300万两，并烧房毁灭罪证。各官衙所存库款被抢劫一空，损失约计6000万两。堆满金银和历朝宝物的皇宫、颐和园等地，也遭到洗劫，大量的珍贵文物被抢掠、毁坏。这些，孙元起自然不知道，或者知道得不那么详细。只是纵火、抢劫、强奸、杀人，是每次外国侵略者进入中国的“必修课”。所以，孙元起觉得有必要事先提出来。
“事实上，驻北京的各国公使将在两天后举行会议，决定是否以‘保护使馆’为名，联合出兵北京。”康格先生站起来，来回踱了几步，然后慢慢地说：“如果事情到了那一步，我想我会约束美利坚士兵遵守基本的约法。至于其他国家的军队，我只能对他们的将军和公使提出建议。很抱歉，我想我所做的只能是这些。万一，我说的是万一，事情发展超出控制，你的亲友可以到美国公使馆来避难。”
“谢谢。”孙元起知道自己能做的只是这些——即便是大清国的皇帝、太后，能够获得的承诺也就这样。弱国无外交啊！
又聊了几句，孙元起见康格先生实在太忙，也不多打扰，起身告辞。才走几步，就听康格先生叫他，转过身，看见康格先生在抽屉里面乱翻一通，最后抽出一个信封，递了过来。
接过信封，打量了一下，上面印有“yaleuniversity”的字样，上面还有两行打印上去的小字：“美利坚合众国驻中国公使馆康格先生，转交yorkjohnson先生”。
康格先生解释道：“耶鲁大学给我们发来公函，希望我们能联系到你。嗯，他们对你非常感兴趣。”
孙元起自知是假冒耶鲁大学的物理学硕士，只当是他们发来的质疑函，也不敢多说，敷衍了几句，匆匆离开了。
回到家，在书房里拆开了耶鲁大学的来信，信是用打字机打印的，是份很简短的公函。内容如下：
尊敬的校友yorkjohnson先生：
您好！
据信，先生是本校的理学硕士。因为本校管理的疏漏，无法查到你的资料，我们在此表示歉意。如果有可能，本校诚挚邀请先生来学校讲课，并将你的资料补充完整。
谨致敬意。
耶鲁大学
把这封简短的公函来回看了几遍，发觉耶鲁大学似乎没有什么责难的意思。心想，最好是有时间去趟美国，把自己的来历给摘清。
隔了一天，5月份的邮包到了。打开一看，有刊登自己论文的《science》样刊，因为那篇《论动体的电动力学以及质量与能量的关系》有**十页，孙元起以为《science》的编辑会把它作为杂志某期中的一篇。结果，他还是小看了编辑们的能耐，因为现在拿到手里的又是一期周刊。前面有编辑所加的按语，一方面肯定孙元起对于物理学的精湛研究，一方面也表示对该篇论文持谨慎态度，因为他们也无法验证论文正确与否，不过即便如此，谁也无法对论文提出有力的质疑，希望读者能够自行分辨。论文后面是特约评论员的文章，首先对于论文中的两个基本公设“相对性原理”“光速不变原理”提出质疑，从而认定整篇论文不过是沙堆上的凡尔赛宫，都是无稽之谈；对“以太不存在”的结论，认为是荒诞不经的；而对“质能方程e=mc2”，“虽然看上去非常优美，但事实会证明，这是一厢情愿的臆想”。总之，这篇论文一无是处。
除了《science》样刊，还有mit、美国化学会的邀请，以及一些学者的来信，值得注意的是那封卢瑟福的来信，信中讨论了几个问题，并再次邀请孙元起前往加拿大访学。
对于去欧美求学、拜访一些稀世罕见的学界大牛，孙元起本来就有一些心动。现在，义和团运动如火如荼，没准那天，就把自己烧成一堆灰烬，还没地方说理去。如此朝不保夕的境遇中，出国似乎是一个不错的选择。加上卢瑟福的邀请，孙元起一瞬间决定下来：
出国！
二十、亦任东风起蛰雷
孙元起突然想起，前天见康格先生的时候，好像说起今天驻北京的各国公使将要举行会议，决定是否以‘保护使馆’为名，联合出兵北京。也就是说，外国干涉即将到来，局势将恶化到不可收拾的地步。恐怕此时不走，再想走就来不及了！
平日里，孙元起是个优柔寡断的人。但有重大决定的时候，却绝对称得上是雷厉风行。当下，先让老佟去京师大学堂给自己请假，其实这只是走个过场。因为义和团一闹，京师大学堂肯定停办。这一停，就得到1902年全国情势转好后才能重新开张，这也是为什么中国很多大学都是1902年建校的缘故。
让老郑去崇实中学给自己请假，顺便去前门火车站买了明天去天津的车票；老赵帮忙收拾屋子，把一些紧要的东西收拾进一件空屋子，锁好门。又让老赵家的、老郑家的帮自己收拾衣物、日用品。自己则去电报局，分别给美国的耶鲁大学、mit、化学会，加拿大的卢瑟福发电报，表示自己6月份将到美洲。
三家人都不知道孙元起干什么，只好按照吩咐去做。学生们有的在给小学堂上课，有的在整理、编写教材，有的在温习功课，尚不知道外面的变故。
等到了下午，孙元起先召集齐物理传习所的学生，对他们说：“你们都知道，现在外面在闹义和团，京畿一带形势变幻莫测。义和团的口号是‘扶清灭洋’，‘扶清’，这就不用说了；‘灭洋’，不单纯是消灭洋人、铲除洋教，还包括所有来自西方的物品，比如铁路、比如电线。在这种环境里，恐怕科学知识传播，包括物理，会受到较大的影响。形势不稳，加上美国的一些大学相邀，我可能暂时出国一段时间。所以物理传习所恐怕要——”
下面的学生都惊呆了，一个个目瞪口呆。过了半晌，陈骥德才问道：“那先生，你还回来了？”
“会回来的！”在学生急切的目光里，孙元起非常肯定地点点头。
“那要多久？”周宗武迫不及待地问。
多久？孙元起也不知道义和团到底坚持了多久，不过既然叫“庚子国变”，那么多数不会闹到1901年吧？思忖一会儿，回答道：“少则半年，多则一载。”
韩蘧、张纯他们才算放下心。
顾之麟答道：“先生，您就放心去吧。我们留在这里，和师弟们一起温习以前的功课就行，还可以教教小学堂。我们不会让传习所关门的！”
“对，我们不会让传习所关门的！”学生们纷纷叫道。
孙元起鼻子有些发酸，过了好久，才说道：“你们这些学生，在这个风雨飘摇的时代里，还能够喜欢科学，尤其是物理，作为老师，我倍感欣慰。中国的进步和发展，就寄希望于你们了！只是，我这个老师不称职，却要提前出走。我，我，对不起你们啊。”说着，冲学生鞠了一躬。
那群学生顿时手忙脚乱，好几个都跪倒在地上。
刘斌带着鼻音：“先生，你就安心地去吧，这里有我们呢！”
还没说完，后脑勺挨了陈骥德一巴掌：“咋说话呢！”
孙元起又谆谆告诫他们：在紧要时期，不要轻易出门；家里准备好粮食和日用品；生命第一，必要时放弃财产；紧迫时，可以进入美国公使馆避难，只要说是yorkjohnson的亲友即可；不要放弃学习，我会从美国给你们寄送教科书的……
说了一番，孙元起才离开屋子。小学堂的事儿就不用管了，反正有物理传习所的学生教他们，学生又都是院子里的，教材也有。接着，又叫老佟、老赵、老郑三家人过来，告诉他们自己最近要出国去。
这三家人和那群学生一样，都慌了手脚。尤其是老佟，顿时眼泪就下来了：“孙先生，您老可千万不要扔下老佟不管啊……”
老佟一嗓子嚎开，老赵家的、老郑家的眼泪也下来了，哭得咿咿呀呀的。老赵也时不时地拿袖子擦眼角，老郑则耷拉着一张脸，在一旁唉声叹气。；
孙元起只好哄他们：“哭什么，哭什么……哎呀，我只是去几个月就回来啦！你看看，我又不是一走不回来，你们哭什么呀？”
老佟这才止住哭：“孙先生，你这一去，到底要多久？你说实话，可不能骗咱老佟啊。”
“少则半年，多则一载。”孙元起答道，“粮食、油盐酱醋什么的，我都让你们买好了。这外面不太平，你们也少往外面去。这些东西，你们都尽管用，就是注意别放坏了。”
三家人都低声回答：“知道了！”
“外面真要闹起来，这柴米油盐的价格可定往上涨，你们如果有亲朋好友，能接济就接济点。但不要给得太多，这不是吝啬，主要是怕有人起了歹心，反而不好。如果真有什么不测，这院子丢了也就丢了，关键要人好好的。实在不行，你们就去美国公使馆，老佟认识那个美国公使，你跟他说，你们就是我的亲友，他们就让你进去了。……”孙元起仔细地说了几点能想到，最后，自己都觉得自己有些碎碎叨叨的。
老佟他们都点点头，表示记下了。
说完，孙元起从口袋里掏出六张一百两银票，这是《science》刚寄给自己的稿酬，准备给每家分两张：“我要走一段时间，怕你们手头拮据，先给你们一些花着，不够，回来再补。”
三家人都连连推脱：“孙先生，你还是自己留着吧！”
“是啊，在家千日好，出门一时难。我们在家的穷不着！”
“孙先生，你给俺们吃的、用的都准备好了，还花什么钱？”
……
老赵、老赵两家都逃也似的跑出门去，只有老佟年龄大了没走脱，被孙元起逮住。老佟一看孙元起要往自己身上塞钱，眼泪又下来了：“孙先生，老佟承您的情还少么？你给的钱，还剩不